Создайте заблокированное изображение, используя измененную версию изображения «tumor_091.tif» из набора данных CAMELYON16. Исходное изображение представляет собой тренировочное изображение лимфатического узла, содержащего опухолевую ткань. Исходное изображение имеет восемь уровней разрешения, а лучший уровень имеет разрешение 53760 на 61440. Измененное изображение имеет только три уровня грубого разрешения. Пространственная привязка модифицированного изображения была отрегулирована для обеспечения согласованного отношения сторон и регистрации признаков на каждом уровне.

bim = blockedImage('tumor_091R.tif');

Отображение всего заблокированного изображения на самом высоком уровне разрешения. Отображение сетки границ блока.

bshow = bigimageshow(bim,'ResolutionLevel','fine',...
    'GridVisible','on','GridLevel',1);

Создайте маску самого крупного уровня разрешения.

Сначала получите изображение с одним разрешением самого крупного уровня разрешения. По умолчанию gather получает данные с самого высокого уровня разрешения.

imcoarse = gather(bim);
% Convert the coarse image to grayscale.
graycoarse = rgb2gray(imcoarse);
% Binarize the grayscale image. In the binarized image, the object of
% interest is black and the background is white.
bwcoarse = imbinarize(graycoarse);
% Take the complement of the binarized image. The resulting mask follows
% the convention in which the object of interest is white and the
% background is black.
mask = imcomplement(bwcoarse);

Создание заблокированного изображения, содержащего маску.

Используйте те же пространственные ссылки, что и исходное заблокированное изображение. Определите самый грубый уровень разрешения и запишите пространственную ссылочную информацию заблокированного изображения в первых двух измерениях на этом уровне.

coarsestLevel = bim.NumLevels;
originalWorldStartcoarsest = bim.WorldStart(coarsestLevel,1:2);
originalWorldEndcoarsest = bim.WorldEnd(coarsestLevel,1:2);
%
% Create the blocked image for the mask.
bmask = blockedImage(mask,'WorldStart',originalWorldStartcoarsest,...
   'WorldEnd',originalWorldEndcoarsest);

Отображение изображения маски.

figure
bigimageshow(bmask);

Наложение маски на исходное заблокированное изображение. Чтобы выделить все блоки, содержащие хотя бы один ненулевой пиксель маски, укажите порог включения 0.

showmask(bshow,bmask,'InclusionThreshold',0);