(Не рекомендуется) Внешняя обработка очень больших изображений
bigimage объект не рекомендуется. Используйте blockedImage вместо этого объект. Дополнительные сведения см. в разделе Вопросы совместимости.
A bigimage объект хранит информацию о большом файле изображения TIFF и содержащихся в нем данных изображения. A bigimage представляет изображения как меньшие блоки данных, которые могут быть независимо загружены и обработаны.
Использовать bigimage объект для визуализации и обработки изображений, которые слишком велики для размещения в памяти, или при обработке изображения требуется больше памяти, чем доступно. Кроме того, объект может:
Чтение, обработка и отображение изображений с различными уровнями разрешения (пирамиды изображений).
Считывание произвольных областей изображения.
Считывание, установка и запись блоков данных.
Для больших изображений с несколькими уровнями разрешения самым низким или самым крупным уровнем разрешения является уровень, на котором каждый пиксель покрывает наибольшую площадь. Самым высоким или лучшим уровнем разрешения является уровень, на котором каждый пиксель покрывает наименьшую область.
bigimg = bigimage( создает filename)bigimage объект из большого файла изображения с именем filename.
bigimg = bigimage( создает dirname)bigimage объект из каталога с именем dirname содержит файлы с данными больших изображений.
bigimg = bigimage( создает varname)bigimage объект из переменной varname в рабочей области.
bigimg = bigimage(spatialReferencing,channels,classUnderlying) создает записываемый bigimage и устанавливает свойства TravingReferencing, Channel и ClassBasing без инициализации данных изображения.
bigimg = bigimage(levelSizes,channels,classUnderlying) создает записываемый bigimage и устанавливает свойства Learch Size, Channel и ClassBasing без инициализации данных изображения.
bigimg = bigimage(___,'Classes',classes,'PixelLabelIDs',pixelLabelIDs) создает bigimage объект с категориальными данными. Укажите имена классов с помощью свойства Classes и сопоставления значений меток пикселей изображения с категориальными именами классов с помощью свойства PixelLabelID.
bigimg = bigimage(___,Name,Value) использует пары «имя-значение» для задания одного или нескольких свойств BlockSize, ReadingReferencing, UndingID, UnloadingValue. Можно указать несколько пар имя-значение. Заключите каждое имя свойства в кавычки.
Например, bigimage(bigfile,'BlockSize',[256 256],'UnloadedValue',128) создает большое изображение из файла bigfile размер блока 256 на 256 пикселей и значение пикселя по умолчанию 128.
apply | Технологические блоки большого изображения |
isequal | Сравнение двух bigimages за равенство |
getBlock | Считывание блока большого изображения |
getFullLevel | Получить все данные на одном уровне большого образа |
getRegion | Чтение произвольной области большого изображения |
setBlock | Поместить данные в определенный блок большого изображения |
write | Написать bigimage содержимое в новый файл |
Создайте заблокированное изображение, используя измененную версию изображения «tumor_091.tif» из набора данных CAMELYON16. Исходное изображение представляет собой тренировочное изображение лимфатического узла, содержащего опухолевую ткань. Исходное изображение имеет восемь уровней разрешения, а лучший уровень имеет разрешение 53760 на 61440. Измененное изображение имеет только три уровня грубого разрешения. Пространственная привязка модифицированного изображения была отрегулирована для обеспечения согласованного отношения сторон и регистрации признаков на каждом уровне.
bim = blockedImage('tumor_091R.tif');
Отображение всего заблокированного изображения на самом высоком уровне разрешения. Отображение сетки границ блока.
bshow = bigimageshow(bim,'ResolutionLevel','fine',... 'GridVisible','on','GridLevel',1);
Создайте маску самого крупного уровня разрешения.
Сначала получите изображение с одним разрешением самого крупного уровня разрешения. По умолчанию gather получает данные с самого высокого уровня разрешения.
imcoarse = gather(bim); % Convert the coarse image to grayscale. graycoarse = rgb2gray(imcoarse); % Binarize the grayscale image. In the binarized image, the object of % interest is black and the background is white. bwcoarse = imbinarize(graycoarse); % Take the complement of the binarized image. The resulting mask follows % the convention in which the object of interest is white and the % background is black. mask = imcomplement(bwcoarse);
Создание заблокированного изображения, содержащего маску.
Используйте те же пространственные ссылки, что и исходное заблокированное изображение. Определите самый грубый уровень разрешения и запишите пространственную ссылочную информацию заблокированного изображения в первых двух измерениях на этом уровне.
coarsestLevel = bim.NumLevels; originalWorldStartcoarsest = bim.WorldStart(coarsestLevel,1:2); originalWorldEndcoarsest = bim.WorldEnd(coarsestLevel,1:2); % % Create the blocked image for the mask. bmask = blockedImage(mask,'WorldStart',originalWorldStartcoarsest,... 'WorldEnd',originalWorldEndcoarsest);
Отображение изображения маски.
figure bigimageshow(bmask);
Наложение маски на исходное заблокированное изображение. Чтобы выделить все блоки, содержащие хотя бы один ненулевой пиксель маски, укажите порог включения 0.
showmask(bshow,bmask,'InclusionThreshold',0);
Вы можете писать в bigimage объекты, которые созданы, используя синтаксисы SpatialReferencing или LevelSizes. Записать в эти bigimage с помощью setBlock функция. Запись в bigimage объектов, созданных с помощью filename, dirname, или varname синтаксисы.
A bigimage объект использует свойство UnployedValue в двух ситуациях. Первая ситуация - создание записываемого bigimage объект. Блоки записываемого bigimage для объекта установлено значение UnloadedValue пока вы не запишите данные блока с помощью setBlock функция. Вторая ситуация - когда apply функция останавливает обработку блоков bigimage перед обработкой всех блоков.
[1]
bigimageshow | blockedImage | blockedImageDatastore | blockLocationSet | selectBlockLocations