Подготовка объекта SimFunction к ускоренному моделированию
accelerate(F)
F | SimFunction object , созданной createSimFunction метод модели SimBiology. |
accelerate(F) готовится SimFunction object F для ускоренного моделирования.
Примечание
F автоматически ускоряется при выполнении первой функции. Однако при необходимости ускорьте объект вручную в приложениях развертывания.
В этом примере используется модель Лотка-Вольтерра (хищник-добыча), описанная Гиллеспи [1].
Загрузите образец проекта, содержащий модель lotka.
sbioloadproject lotka;Создание объекта SimFunction f с c1 и c2 в качестве входных параметров, подлежащих сканированию, и y1 и y2 как выход функции без дозы.
f = createSimFunction(m1,{'Reaction1.c1', 'Reaction2.c2'},{'y1', 'y2'}, [])f =
SimFunction
Parameters:
Name Value Type
______________ _____ ___________
'Reaction1.c1' 10 'parameter'
'Reaction2.c2' 0.01 'parameter'
Observables:
Name Type
____ _________
'y1' 'species'
'y2' 'species'
Dosed: None SimFunction объект f не настроен на ускорение во время создания. Но она будет автоматически ускорена при выполнении.
f.isAccelerated
ans =
0Определение входной матрицы, содержащей значения параметров для c1 и c2.
phi = [10 0.01];
Выполните моделирование, пока время остановки не достигнет 5, и постройте график результатов моделирования.
sbioplot(f(phi,5))
Подтвердите SimFunction объект f был ускорен во время исполнения.
f.isAccelerated
ans =
1[1] Гиллеспи Д. Т. «Точное стохатическое моделирование связанных химических реакций», (1977) The Journal of Physical Chemistry, 81 (25), 2340-2361.