sbioselect

Поиск объектов с указанными ограничениями

Синтаксис

Out = sbioselect('PropertyName', PropertyValue) Out = sbioselect('Where', 'PropertyName', 'Condition', PropertyValue) Out = sbioselect(Obj, 'PropertyName', PropertyValue) Out = sbioselect(Obj, 'Type', 'TypeValue', 'PropertyName', PropertyValue) Out = sbioselect(Obj, 'Where', 'PropertyName', 'Condition', PropertyValue) Out = sbioselect(Obj, 'Where', 'PropertyNameCondition', 'PropertyNamePattern', 'Condition', PropertyValue) Out = sbioselect(Obj, 'Where', 'PropertyName1', 'Condition1', PropertyValue1, 'Where', 'PropertyName2', 'Condition2', PropertyValue2,...) Out = sbioselect(Obj, 'Where', 'PropertyName1', 'Condition1', PropertyValue1,Bool_Operator, 'Where', 'PropertyName2', 'Condition2', PropertyValue2,...) Out = sbioselect(Obj, 'Depth', DepthValue,...)

Аргументы

`Out`	Объект или массив объектов, возвращенных `sbioselect` функция. `Out` может содержать смесь типов объектов (например, видов и параметров) в зависимости от выбранного выбора. Если `PropertyValue` является массивом ячеек, то функция возвращает все объекты со свойством `'PropertyName'` который соответствует любому элементу `PropertyValue`.
`Obj`	Объект SimBiology ® или массив объектов для поиска. Если объект не указан ,`sbioselect` выполняет поиск в корне.
`PropertyName`	Любое свойство искомого объекта.
`PropertyValue`	Определить `PropertyValue` для включения в критерии выбора.
`TypeValue`	Тип объекта для включения в выделенный фрагмент, например: `sbiomodel`, `species`, `reaction`, или `kineticlaw`.
`Condition`	Условие поиска. Список условий см. в таблице в разделе Описание.
`PropertyNameCondition`	Условие поиска, применяемое только к свойству name. См. таблицу «Условия для имен» ниже.
`PropertyNamePattern`	Символьный вектор или строка, используемая для выбора имени свойства в соответствии с условием `PropertyNameCondition`.
`DepthValue`	Укажите номер глубины для поиска. Допустимыми числами являются положительные целочисленные значения и `inf`. Если `DepthValue` является `inf`, `sbioselect` поиски `Obj` и всех его детей. Если `DepthValue` является `1`, `sbioselect` только поиск `Obj` а не его детей. По умолчанию `DepthValue` является `inf`.

Описание

sbioselect поиск объектов с указанными ограничениями.

Out = sbioselect('PropertyName', PropertyValue) выполняет поиск корневого объекта (включая все объекты модели, содержащиеся в корневом объекте) и возвращает объекты с именем свойства (PropertyName) и стоимость свойства (PropertyValue) содержится в корневом объекте.

Out = sbioselect('Where', 'PropertyName', 'Condition', PropertyValue) выполняет поиск корневого объекта и находит объекты, имеющие имя свойства (PropertyName) и значение (PropertyValue), который соответствует условию (Condition).

Out = sbioselect(Obj, 'PropertyName', PropertyValue) возвращает объекты с именем свойства (PropertyName) и стоимость свойства (PropertyValue), найденные в любом объекте (Obj). Если имя свойства в паре свойство-значение содержит '?' или '*', то имя автоматически интерпретируется как подстановочное выражение, эквивалентное условию where ('Where', 'wildcard', 'PropertyName', '==', PropertyValue).

Out = sbioselect(Obj, 'Type', 'TypeValue', 'PropertyName', PropertyValue) находит объекты типа (TypeValue), с именем свойства (PropertyName) и стоимость свойства (PropertyValue), найденные в любом объекте (Obj). TypeValue - тип объекта SimBiology, который должен быть включен в выборку, например, species, reaction, или kineticlaw.

Out = sbioselect(Obj, 'Where', 'PropertyName', 'Condition', PropertyValue) находит объекты, имеющие имя свойства (PropertyName) и значение (PropertyValueкоторые соответствуют условию (Condition).

При поиске значения свойства вектора символа без указания условия необходимо использовать тот же формат, что и get возвращает. Например, если get возвращает значение Name как 'MyObject', sbioselect не найдет объект с Name значение свойства 'myobject'. Поэтому в этом примере необходимо указать:

modelObj = sbioselect ('Name', 'MyObject')

Вместо этого при использовании условия можно указать:

modelObj = sbioselect ('Where', 'Name', '==i', 'myobject')

Таким образом, условия позволяют контролировать специфику выбора.

sbioselect поиск объектов модели в корне в обоих случаях.

Out = sbioselect(Obj, 'Where', 'PropertyNameCondition', 'PropertyNamePattern', 'Condition', PropertyValue) находит объекты с именем свойства, которое соответствует образцу в (PropertyNamePattern) с условием (PropertyNameCondition) и соответствует значению (PropertyValue) с условием (Condition). Этот синтаксис используется для условий поиска как по именам свойств, так и по значениям свойств.

Условия с примерами имен свойств и соответствующими примерами значений свойств, которые можно использовать, перечислены в следующих таблицах. В этой таблице представлены условия для числовых свойств.

Условия для числовых свойств	Пример синтаксиса
`==`	Поиск в объекте модели (`modelObj`) и вернуть объекты параметров, имеющие `Value` равно `0.5`. `sbioselect` возвращает объекты параметров, поскольку только объекты параметров имеют свойство с именем `Value`. parameterObj = sbioselect (modelObj,... 'Where', 'Value', '==', 0.5) В случае `==`, это эквивалентно отсутствию условия, как показано: parameterObj = sbioselect (modelObj,... 'Value', 0.5) Поиск в объекте модели (`modelObj`) и вернуть объекты параметров, имеющие `ConstantValue` `false` (некондиционные параметры). parameterObj = sbioselect (modelObj,... 'Where', 'ConstantValue', '==', false)
`~=`	Поиск в объекте модели (`modelObj`) и вернуть объекты параметров, не имеющие `Value` равно `0.5`. parameterObj = sbioselect (modelObj,... 'Where', 'Value', '~=', 0.5)
`>`,`<`,`>=`,`<=`	Поиск в объекте модели (`modelObj`) и вернуть видовые объекты, которые имеют начальную сумму (`InitialAmount`) больше, чем `50`. speciesObj = sbioselect (modelObj, ... 'Where', 'InitialAmount', '>', 50) Поиск в объекте модели (`modelObj`) и вернуть видовые объекты, которые имеют начальную сумму (`InitialAmount`) меньше или равно `50`. speciesObj = sbioselect (modelObj,... 'Where', 'InitialAmount', '<=', 50)
`between`	Поиск в объекте модели (`modelObj`) и вернуть видовые объекты, которые имеют начальную сумму (`InitialAmount`) между `200` и `300`. speciesObj = sbioselect (modelObj,... 'Where', 'InitialAmount',... 'between', [200 300])
`~between`	Поиск в объекте модели (`modelObj`) и вернуть видовые объекты, которые имеют начальную сумму (`InitialAmount`), который не находится между `200` и `300`. speciesObj = sbioselect (modelObj,... 'Where', 'InitialAmount',... '~between', [200 300])
equal_and_same_type	Аналогично `==`, но, кроме того, требуется, чтобы значение свойства было того же типа. Поиск в объекте модели (`modelObj`) и возвращает все объекты, содержащие свойство типа `double` и значение, равное `0`. (Использование `'=='` также выбирает объекты, содержащие свойство со значением false.) zeroObj = sbioselect(modelObj, ... 'Where', '*', 'equal_and_same_type', 0);
unequal_and_same_type	Аналогично `~=`, но, кроме того, требуется, чтобы значение свойства было того же типа. Выберите все объекты, содержащие свойство типа double и значение, не равное 0. (Использование `'~='` также будут выбраны объекты, содержащие свойство со значением true.) nonzeroObj = sbioselect(modelObj, ... 'Where', '*', 'unequal_and_same_type', 0);

В следующей таблице приведены условия для свойства name или для свойств, значения которых являются векторами символов.

Условия для имен	Пример синтаксиса
`==`	Поиск в объекте модели (`modelObj`) и вернуть видовые объекты с именами `'Glucose'`. speciesObj = sbioselect (modelObj,... 'Type', 'species', 'Where',... 'Name', '==', 'Glucose')
`~=`	Поиск в объекте модели (`modelObj`) и вернуть объекты видов, которые не названы `'Glucose'`. speciesObj = sbioselect (modelObj,... 'Type', 'species', 'Where',... 'Name', '~=', 'Glucose')
`==i`	То же, что и `==`; кроме того, это нечувствительно к регистру.
`~=i`	Поиск в объекте модели (`modelObj`) и вернуть объекты видов, которые не названы `'Glucose'`, игнорируя дело. speciesObj = sbioselect (modelObj,... 'Type', 'species', 'Where',... 'Name', '~=i', 'glucose')
`regexp`. Поддерживает выражения, поддерживаемые функциями `regexp` и `regexpi`.	Поиск в объекте модели (`modelObj`) и вернуть объекты, имеющие `'ese'` или `'ase'` в любом месте в пределах имени. Obj = sbioselect (modelObj, 'Where',... 'Name', 'regexp', '[ea]se') Поиск в корне и возврат объектов, имеющих `kinase` в любом месте в пределах имени. Obj = sbioselect ('Where',... 'Name', 'regexp', 'kinase') Следует отметить, что этот запрос может привести к смешению типов объектов (например, видов и параметров).
`regexpi`	То же, что и `regexp`; кроме того, это нечувствительно к регистру.
`~regexp`	Поиск в объекте модели (`modelObj`) и вернуть объекты, которые не имеют `kinase` в любом месте в пределах имени. Obj = sbioselect (modelObj, 'Where',... 'Name', '~regexp', 'kinase')
`~regexpi`	То же, что и `~regexp`; кроме того, это нечувствительно к регистру.
`wildcard`	Поддержки `DOS-style` подстановочные знаки ('`?`«соответствует любому одиночному символу,»`*`«соответствует любому числу символов, и шаблон должен соответствовать всему вектору символов»). Посмотрите `regexptranslate` для получения дополнительной информации.
`wildcardi`	То же, что и `wildcard`; кроме того, это нечувствительно к регистру.
`~wildcard`	Поиск в объекте модели (`modelObj`) и возвращает объекты, имена которых не начинаются с `kin`. Obj = sbioselect (modelObj, 'Where',... 'Name', '~wildcard', 'kin')
`~wildcardi`	То же, что и `~wildcard`; кроме того, это нечувствительно к регистру.

Использовать вид условия function для любого свойства. Указанное значение должно быть дескриптором функции, который при применении к значению свойства возвращает логическое значение, указывающее, существует ли совпадение. В следующей таблице показан пример использования function.

Состояние Пример синтаксиса

Состояние	Пример синтаксиса
`'function'`	Поиск в объекте модели и возврат объектов реакции, `Stoichiometry` содержит указанную стехиометрию. Out = sbioselect(modelObj, 'Where',... 'Stoichiometry', 'function',... @(x)any(x>2)) Выберите все объекты с четным числовым значением. iseven = @(x) isnumeric(x)... && isvector(x) && mod(x, 2) == 0; evenValuedObj = sbioselect(modelObj, ... 'where', 'Value', 'function', iseven);

'function'

Поиск в объекте модели и возврат объектов реакции, Stoichiometry содержит указанную стехиометрию.

Out = sbioselect(modelObj, 'Where',...
'Stoichiometry', 'function',...
 @(x)any(x>2))

Выберите все объекты с четным числовым значением.

iseven = @(x) isnumeric(x)...
 && isvector(x) && mod(x, 2) == 0; 
evenValuedObj = sbioselect(modelObj, ...
'where', 'Value', 'function', iseven);

Условие 'contains' может использоваться только для тех свойств, значения которых являются массивом объектов SimBiology. В следующей таблице показан пример использования contains.

Состояние Пример синтаксиса

Состояние	Пример синтаксиса
`'contains'`	Поиск в объекте модели и возврат объектов реакции, `Reactant` содержит указанный вид. Out = sbioselect(modelObj, 'Where',... 'Reactants', 'contains',... modelObj.Species(1))

'contains'

Поиск в объекте модели и возврат объектов реакции, Reactant содержит указанный вид.

Out = sbioselect(modelObj, 'Where',...
'Reactants', 'contains',...
 modelObj.Species(1))

Out = sbioselect(Obj, 'Where', 'PropertyName1', 'Condition1', PropertyValue1, 'Where', 'PropertyName2', 'Condition2', PropertyValue2,...) находит объекты, содержащиеся в Obj соответствует всем указанным условиям.

Можно объединить любое количество пар имя/значение свойства и условий в sbioselect команда.

Out = sbioselect(Obj, 'Where', 'PropertyName1', 'Condition1', PropertyValue1,Bool_Operator, 'Where', 'PropertyName2', 'Condition2', PropertyValue2,...) находит объекты, содержащиеся в Obj соответствует всем указанным условиям. Поддерживаемые векторы символов для Bool_Operator являются следующими.

`'and'`	True, если ( `'Where'`, `'PropertyName1'`,`'Condition1'`,`PropertyValue1`) и ( `'Where'`, `'PropertyName2'`,`'Condition2'`,`PropertyValue2`) являются истинными.
`'or'`	True, если ( `'Where'`, `'PropertyName1'`,`'Condition1'`,`PropertyValue1`) или ( `'Where'`, `'PropertyName2'`,`'Condition2'`,`PropertyValue2`) имеет значение true.
`'xor'`	True, если точно один из ( `'Where'`, `'PropertyName1'`,`'Condition1'`,`PropertyValue1`) или ( `'Where'`, `'PropertyName2'`,`'Condition2'`,`PropertyValue2`) имеет значение true.
`'not'`	True, если ( `'Where'`, `'PropertyName1'`,`'Condition1'`,`PropertyValue1`) имеет значение true и ( `'Where'`, `'PropertyName2'`,`'Condition2'`,`PropertyValue2`) не соответствует действительности.

Поддерживаются составные выражения с несколькими булевыми операторами. Приоритет операторов следует за порядком операций для булевой алгебры not –> and –> xor –> or.

Out = sbioselect(Obj, 'Depth', DepthValue,...) поиск объектов с использованием глубины поиска модели DepthValue.

Примечание

Порядок результатов из sbioselect не гарантируется. Поэтому не рекомендуется зависеть от порядка результатов.

Примеры

свернуть все

Найти виды по модели SimBiology

Открыть сценарий в реальном времени

Импорт модели.

modelObj = sbmlimport('oscillator');

Поиск и возврат объекта с именем pA.

pA = sbioselect(modelObj, 'Name', 'pA')

pA = 
   SimBiology Species Array

   Index:    Compartment:    Name:    Value:    Units:
   1         unnamed         pA       100

Поиск и возврат видовых объектов, чьи Name начинается с p и иметь A или B в качестве следующей буквы в названии.

speciesObjs = sbioselect(modelObj, 'Type', 'species', 'Where',...
                        'Name', 'regexp', '^p[AB]')

speciesObjs = 
   SimBiology Species Array

   Index:    Compartment:    Name:        Value:    Units:
   1         unnamed         pA           100             
   2         unnamed         pB           0               
   3         unnamed         pA_OpB1      0               
   4         unnamed         pB_OpC1      0               
   5         unnamed         pA_OpB_pA    20              
   6         unnamed         pA_OpB2      0               
   7         unnamed         pB_OpC2      0               
   8         unnamed         pB_OpC_pB    0

Найдите массив ячеек. Обратите внимание, как значения массива ячеек должны быть указаны внутри другого массива ячеек.

modelObj.Species(2).UserData = {'a' 'b'}; 
Obj = sbioselect(modelObj, 'UserData', {{'a' 'b'}})

Obj = 
   SimBiology Species Array

   Index:    Compartment:    Name:    Value:    Units:
   1         unnamed         pB       0

Поиск и возврат объектов, для которых не заданы единицы измерения.

unitlessObj = sbioselect(modelObj, 'Where', 'wildcard', '*Units', '==', '');

Кроме того, можно выполнить следующие действия.

unitlessObj = sbioselect(modelObj, '*Units', '');

См. также

regexp

Представлен до R2006a

Документация