sbiosimulate

Моделирование модели SimBiology

свернуть все на странице

Синтаксис

[time, x, names] = sbiosimulate (modelObj)

[time, x, names] = sbiosimulate (modelObj, csObj)

[time, x, names] = sbiosimulate (modelObj, dvObj)

[time, x, names] = sbiosimulate (modelObj, csObj, dvObj)

[время, x, имена] = sbiosimulate (modelObj, csObj, variantObj, doseObj)

simDataObj = sbiosimulate (___)

Описание

пример

[time,x,names] = sbiosimulate(modelObj) возвращает результаты моделирования в трех выходах, time, вектор отсчетов времени, x, данные моделирования и names, метки столбцов данных моделирования x. Эта функция моделирует модель SimBiology ®modelObj при использовании набора активной конфигурации вместе с его активными дозами и активными вариантами, если таковые имеются.

пример

[time,x,names] = sbiosimulate(modelObj,csObj) возвращает результаты моделирования с использованием указанного объекта configset csObjлюбые активные варианты и любые активные дозы. Любые другие конфигурационные элементы игнорируются. Если установить csObj опустеть [], функция использует активный конфигурационный набор.

пример

[time,x,names] = sbiosimulate(modelObj,dvObj) возвращает результаты моделирования с использованием доз или вариантов, указанных в dvObj и активный конфигурационный набор. dvObj может быть одним из следующих:

Variant object
ScheduleDose object
RepeatDose object
Массив доз или вариантов

Если установить dvObj опустеть []функция использует активный конфигурационный набор, активные варианты и активные дозы.

При указании dvObj в качестве вариантов функция использует указанные варианты и активные дозы. Любые другие варианты игнорируются.

При указании dvObj в качестве доз функция использует указанные дозы и активные варианты. Любые другие дозы игнорируются.

пример

[time,x,names] = sbiosimulate(modelObj,csObj,dvObj) возвращает результаты моделирования с использованием объекта configset csObj и доза, вариант или массив доз или вариантов, указанных dvObj.

Если установить csObj кому [], то функция использует активный объект configset.

Если установить dvObj кому [], то функция не использует вариантов, но использует активные дозы.

пример

[time,x,names] = sbiosimulate(modelObj,csObj,variantObj,doseObj) возвращает результаты моделирования с использованием объекта configset csObj, объект variant или массив variant, указанный variantObjи объект дозы или массив доз, указанный doseObj.

Если установить csObj кому [], то функция использует активный объект configset.

Если установить variantObj кому [], то функция не использует вариантов.

Если установить doseObj кому [], тогда функция не использует дозы.

пример

simDataObj = sbiosimulate(___) возвращает результаты моделирования в SimData object simDataObj с использованием любого из входных аргументов в предыдущих синтаксисах.

Примеры

свернуть все

Моделирование модели SimBiology

Загрузите образец модели SimBiology.

sbioloadproject radiodecay.sbproj

Измените время остановки моделирования на 15 секунд.

csObj = getconfigset(m1,'active');
set(csObj,'Stoptime',15);

Моделирование модели и возврат выходных данных в массиве.

[t,x,n] = sbiosimulate(m1);

Постройте график смоделированных результатов для видов x и z.

figure;
plot(t,x)
xlabel('Time')
ylabel('States')
title('States vs Time')
legend('species x','species z')

Можно также вернуть результаты в SimData object .

simData = sbiosimulate(m1);

Постройте график смоделированных результатов.

sbioplot(simData);

Моделирование модели SimBiology с использованием массива объектов дозы

Загрузите образец модели SimBiology.

sbioloadproject radiodecay.sbproj

Добавьте две дозы по 100 молекул каждая для видов x, запланированные на 2 и 4 секунды соответственно.

dObj1 = adddose(m1,'d1','schedule');
dObj1.Amount = 100;
dObj1.AmountUnits = 'molecule';
dObj1.TimeUnits = 'second';
dObj1.Time = 2;
dObj1.TargetName = 'unnamed.x';

dObj2 = adddose(m1,'d2','schedule');
dObj2.Amount = 100;
dObj2.AmountUnits = 'molecule';
dObj2.TimeUnits = 'second';
dObj2.Time = 4;
dObj2.TargetName = 'unnamed.x';

Моделирование модели без использования дозы или какого-либо подмножества массива доз.

sim1 = sbiosimulate(m1);
sim2 = sbiosimulate(m1,dObj1);
sim3 = sbiosimulate(m1,dObj2);
sim4 = sbiosimulate(m1,[dObj1,dObj2]);

Постройте график результатов.

sbioplot(sim1)

sbioplot(sim2)

sbioplot(sim3)

sbioplot(sim4)

Моделирование модели SimBiology с использованием объектов Configset и Dose

Загрузите образец модели SimBiology.

sbioloadproject radiodecay.sbproj

Получение набора конфигурации по умолчанию из модели.

defaultConfigSet = getconfigset(m1,'default');

Добавить запланированную дозу 100 молекул через 2 секунды для видов x.

dObj = adddose(m1,'d1','schedule');
dObj.Amount = 100;
dObj.AmountUnits = 'molecule';
dObj.TimeUnits = 'second';
dObj.Time = 2;
dObj.TargetName = 'unnamed.x';

Моделирование модели с использованием объектов configset и dose.

sim = sbiosimulate(m1,defaultConfigSet,dObj);

Постройте график результата.

sbioplot(sim);

Моделирование модели SimBiology с использованием объектов Configset, Dose и Variant

Загрузите образец модели SimBiology.

sbioloadproject radiodecay.sbproj

Добавьте новый набор конфигурации, используя время остановки 15 секунд.

csObj = m1.addconfigset('newStopTimeConfigSet');
csObj.StopTime = 15;

Добавить запланированную дозу 100 молекул через 2 секунды для видов x.

dObj = adddose(m1,'d1','schedule');
dObj.Amount = 100;
dObj.AmountUnits = 'molecule';
dObj.TimeUnits = 'second';
dObj.Time = 2;
dObj.TargetName = 'unnamed.x';

Добавление варианта вида x с использованием другого начального количества 500 молекул.

vObj = addvariant(m1,'v1');
addcontent(vObj,{'species','x','InitialAmount',500});

Моделирование модели с использованием тех же объектов configset, variant и dose. Используйте тот же порядок входных аргументов, что и следующий.

sim = sbiosimulate(m1,csObj,vObj,dObj);

Постройте график результата.

sbioplot(sim);

Входные аргументы

свернуть все

`modelObj` - модель SimBiology
Объект модели SimBiology

Модель SimBiology, заданная как объект модели SimBiology. Модель минимально нуждается в одной реакции или правиле скорости для моделирования.

`csObj` - Объект набора конфигурации
объект configset | `[]`

Объект набора конфигурации, указанный как configset object хранит специфичную для моделирования информацию. При указании csObj как [], sbiosimulate использует активный объект configset.

Если модель содержит события, csObj объект не может указывать 'expltau' или 'impltau' для SolverType собственность.

Если модель содержит дозы, csObj объект не может указывать 'ssa', 'expltau', или 'impltau' для SolverType собственность.

`dvObj` - Доза или вариант объекта
объект дозы или массив объектов дозы | объект варианта или массив объектов варианта | `[]`

Доза или вариационный объект, указанный как ScheduleDose object , RepeatDose object , массив дозовых объектов, Variant object или массив исполнительных объектов.

Использовать [] если требуется явным образом исключить любые исполнительные объекты из sbiosimulate функция.
Когда dvObj является дозовым объектом, sbiosimulate использует указанный объект дозы, а также все активные объекты вариантов, если они доступны.
Когда dvObj является объектом-вариантом, sbiosimulate использует указанный объект варианта, а также любые объекты активной дозы, если они доступны.

`variantObj` - Объект-вариант
объект variant или массив объектов variant | `[]`

Объект Variant, указанный как Variant object или массив объектов-вариантов. Использовать [] если требуется явным образом исключить любые исполнительные объекты из sbiosimulate.

`doseObj` - Дозовый объект
объект дозы или массив объектов дозы | `[]`

Дозовый объект, указанный как ScheduleDose object , RepeatDose object или массив дозовых объектов. Дозовый объект определяет добавления, которые вносятся в количества видов или значения параметров. Использовать [] когда вы хотите явно исключить любые объекты дозы из sbiosimulate.

Выходные аргументы

свернуть все

`time` - Вектор отсчетов времени
вектор

Вектор отсчетов времени, возвращаемый как n-by-1 вектор, содержащий временные шаги моделирования. n - количество отсчетов времени.

`x` - Данные моделирования
множество

Данные моделирования, возвращенные как n-by-m массив данных, где n - количество отсчетов времени и m - количество состояний, зарегистрированных в моделировании. Каждый столбец x описывает изменение количества вида, отделения или параметра во времени.

`names` - названия видов, отделений или параметров;
массив ячеек символьных векторов

Названия видов, отсеков или параметров, возвращаемых в виде m-by-1 клеточный массив символьных векторов. Другими словами, names содержит метки столбцов данных моделирования, x. Если виды находятся в нескольких отсеках, названия видов квалифицируются с указанием названия отсека в форме compartmentName.speciesName.

`simDataObj` - Данные моделирования
Объект SimData

Данные моделирования, возвращенные как SimData object содержит данные о времени и состоянии, а также метаданные, такие как типы и имена зарегистрированных состояний или набор конфигурации, используемый при моделировании. Вы можете получить доступ к времени, данным и именам, хранящимся в SimData object используя его свойства.

См. также

Темы

Представлен до R2006a

Документация

sbiosimulate

Синтаксис

Описание

Примеры

Моделирование модели SimBiology

Моделирование модели SimBiology с использованием массива объектов дозы

Моделирование модели SimBiology с использованием объектов Configset и Dose

Моделирование модели SimBiology с использованием объектов Configset, Dose и Variant

Входные аргументы

`modelObj` - модель SimBiology
Объект модели SimBiology

`csObj` - Объект набора конфигурации
объект configset | `[]`

`dvObj` - Доза или вариант объекта
объект дозы или массив объектов дозы | объект варианта или массив объектов варианта | `[]`

`variantObj` - Объект-вариант
объект variant или массив объектов variant | `[]`

`doseObj` - Дозовый объект
объект дозы или массив объектов дозы | `[]`

Выходные аргументы

`time` - Вектор отсчетов времени
вектор

`x` - Данные моделирования
множество

`names` - названия видов, отделений или параметров;
массив ячеек символьных векторов

`simDataObj` - Данные моделирования
Объект SimData

См. также

Темы

Документация по SimBiology

Поддержка

Документация

sbiosimulate

Синтаксис

Описание

Примеры

Моделирование модели SimBiology

Моделирование модели SimBiology с использованием массива объектов дозы

Моделирование модели SimBiology с использованием объектов Configset и Dose

Моделирование модели SimBiology с использованием объектов Configset, Dose и Variant

Входные аргументы

modelObj - модель SimBiology Объект модели SimBiology

csObj - Объект набора конфигурации объект configset | []

dvObj - Доза или вариант объекта объект дозы или массив объектов дозы | объект варианта или массив объектов варианта | []

variantObj - Объект-вариант объект variant или массив объектов variant | []

doseObj - Дозовый объект объект дозы или массив объектов дозы | []

Выходные аргументы

time - Вектор отсчетов времени вектор

x - Данные моделирования множество

names - названия видов, отделений или параметров; массив ячеек символьных векторов

simDataObj - Данные моделирования Объект SimData

См. также

Темы

Документация по SimBiology

Поддержка

`modelObj` - модель SimBiology
Объект модели SimBiology

`csObj` - Объект набора конфигурации
объект configset | `[]`

`dvObj` - Доза или вариант объекта
объект дозы или массив объектов дозы | объект варианта или массив объектов варианта | `[]`

`variantObj` - Объект-вариант
объект variant или массив объектов variant | `[]`

`doseObj` - Дозовый объект
объект дозы или массив объектов дозы | `[]`

`time` - Вектор отсчетов времени
вектор

`x` - Данные моделирования
множество

`names` - названия видов, отделений или параметров;
массив ячеек символьных векторов

`simDataObj` - Данные моделирования
Объект SimData