Табличные данные можно импортировать в приложение SimBiology Model Analyzer или в рабочую область MATLAB ®. Поддерживаемые типы файлов: файлы Excel ® (.xls, .xlsx), текстовые файлы (.csv, .txt) и файлы SAS ® XPORT (.xpt). Можно также указать, что данные находятся в файле в формате NONMEM ®. Процесс импорта интерпретирует столбцы в соответствии с определениями NONMEM. Дополнительные сведения см. в разделе Поддержка импорта форматированных файлов NONMEM.
Примечание
Если набор данных содержит информацию о дозировке, которая является данными инфузии, набор данных должен содержать скорость, а не продолжительность инфузии.
Независимо от того, включена или выключена функция преобразования единиц измерения, дозировка в файле данных должна быть выражена в количествах (или как amount/time для скорости инфузии). По умолчанию преобразование единиц измерения отключено, поэтому необходимо убедиться, что единицы измерения для данных согласуются друг с другом. Если требуется включить преобразование единиц измерения, см. раздел Преобразование единиц измерения для импортированных данных.
При создании файла, содержащего данные временного курса, которые необходимо импортировать в SimBiology для подгонки, создайте файл данных со следующими столбцами:
Столбец группы - укажите текст, числовые или категориальные значения. Например, этот столбец можно использовать для группировки нескольких отдельных пользователей в отдельные группы. Затем можно использовать эту группировку или категориальную информацию для иерархических посадок. Этот столбец является необязательным.
Столбец ID - укажите текст, числовые или категориальные значения. Строки в файле, имеющие одно и то же значение столбца идентификатора, предназначены для одного и того же пользователя. Этот столбец является необязательным, если данные измерения получены только от одного отдельного пользователя.
Столбец времени - укажите монотонно увеличивающиеся положительные значения в каждом идентификаторе, которые определяют время дозы, наблюдаемые измерения и ковариатные измерения.
Ноль или более дозирующих колонн - создать одну дозирующую колонку для каждого дозированного отсека. В каждом столбце укажите положительные значения, представляющие количества доз, которые добавляются к виду. Использовать NaN (не число), чтобы указать, что доза не применялась в указанное время. Другими словами, укажите количество дозы как NaN когда было зарегистрировано наблюдение, но доза не применялась.
Столбцы нулевой или более ставок - укажите положительные значения, ноль или NaN. Ноль задает бесконечную скорость и NaN указывает, что ставка не применяется. Колонка скорости связана с дозирующей колонкой и определяет скорость, с которой вводят дозу. Например, если вы можете указать дозу инфузии в Dose1 укажите его курс в столбце Rate1 столбец.
Ноль или несколько столбцов наблюдения - укажите числовые значения или NaN. NaN значения определяют, что наблюдение не было зарегистрировано в указанное время. Использовать NaN для случаев, когда применяли дозу, но наблюдения не регистрировали. Для каждого идентификатора можно указать одно значение наблюдения в конкретный момент времени. При наличии репликаций укажите несколько значений наблюдения для одной и той же точки времени путем добавления дополнительных строк с одним и тем же значением времени. Для примера см. строки 2 и 3 на снимке экрана ниже, где CentralConc имеет два измерения в момент времени = 0.
Ноль или несколько ковариатных столбцов - укажите текст, числовые или категориальные значения или NaN. Каждое значение определяет ковариатное значение в указанное время. NaN значения указывают, что ковариатное наблюдение не было зарегистрировано в указанное время. SimBiology поддерживает только ковариаты, не изменяющиеся во времени. Например, см. столбцы «Пол и возраст» в приведенном ниже примере. Пример использования категорий для фитинга см. в разделе Оценка параметров PK для нескольких категорий.
Ниже приводится снимок экрана образца файла данных.
Образец файла Excel можно загрузить из следующего расположения: matlabroot/examples/simbio/data/sample_data_simbiology.xlsx. matlabroot - корневой каталог, в котором установлен MATLAB. Также можно ввести matlabroot в командной строке для просмотра пути к файлу корневого каталога.
Можно указать, что данные находятся в файле в формате NONMEM. В следующей таблице представлена интерпретация этих данных в программном обеспечении SimBiology ®.
| Заголовок столбца | Интерпретация | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ID | Текст (символьный вектор), числовые или категориальные значения, идентифицирующие запись или группу. Процесс импорта предполагает, что непрерывные данные с одинаковым значением содержат данные от одного отдельного пользователя. Если данные содержат несмежные ссылки на одно и то же значение, процесс импорта присваивает второму идентификатору обнаруженное индексированное значение, полученное из первой обнаруженной группы. Например, если столбцы ID содержат | ||||||||||
TIME | Монотонно возрастающие положительные значения внутри каждой группы, указывающие время наблюдения или дозу или текст (символьный вектор). Файл данных может указывать часы ( В следующей таблице приведен пример того, как процесс импорта интерпретирует значения часов как десятичные значения.
Если файл данных также содержит | ||||||||||
DATE, DAT1, DAT2, или DAT3 | Определяет день наблюдения или дозу. Столбец может содержать месяц как число (
Примечание
| ||||||||||
DV | Числовое значение наблюдения. Столбец не может содержать Inf или –Inf. | ||||||||||
MDV | Определяет, описывает ли строка наблюдение:
| ||||||||||
EVID | Определяет тип события, описанного для строки в записи:
Если столбец содержит значения для дозы, но Если Процесс импорта не поддерживает значения | ||||||||||
CMT | Указывает, какой отсек используется для значения наблюдения или для полученной дозы. Интерпретация также зависит от EVID:
Примечание SimBiology нумерует отсеки, начиная с 1, в то время как NONMEM нумерует их, начиная с 0. Например, если файл данных NONMEM содержит дозы и измерения для | ||||||||||
AMT | Положительное число, указывающее дозу. 0 или NaN указывает на отсутствие введенной дозы. Столбец не может содержать Inf. | ||||||||||
RATE | Положительное число, указывающее скорость инфузии. 0 задает бесконечную скорость (эквивалентную болюсной дозе), и NaN указывает на отсутствие скорости. Столбец не может содержать Inf. | ||||||||||
II | Положительное число, определяющее время между дозами. | ||||||||||
ADDL | Когда данные указывают количество идентичных последовательных доз через определенные интервалы (определенные II), ADDL определяет количество доз в серии, исключая начальную дозу. Если данные указаны II но не ADDL, то SimBiology предполагает, что дозирование происходит в течение этой записи данных. |
Процесс импорта не поддерживает (и, следовательно, игнорирует) строки, содержащие следующие значения или определения:
EVID значения 3 и 4
SS столбец для указания доз в установившемся режиме
PCMT столбец для определения необходимости вычисления прогноза для строки
CALL столбец для вызова подпрограммы ERROR или PK
Если скорость указана как меньше нуля, предполагается, что она равна нулю
При импорте данных из таблицы с помощью SimBiology Model Analyzer приложение поддерживает следующие типы данных столбцов: double, char, массив ячеек символьных векторов, categorical, duration, logical, и datetime.
При импорте многомерного SimData массив к приложению, приложение выравнивает SimData и использует один индекс (линейное индексирование) в соответствующей таблице данных. Например, при импорте 2x2x2 SimData массив A, приложение создает таблицу данных с 8 группами (по одной для каждой SimData объект), индексация от 1 до 8. Приложение по-прежнему отображает исходный размер SimData массив в браузере.