В этом примере показано, как создать и применить вариант к G-белковой модели штамма дикого типа. Вариант представляет значение параметра для модели G-белка мутантного штамма. Таким образом, при моделировании модели без применения варианта отображаются результаты для штамма дикого типа, а при моделировании модели с помощью варианта - результаты для мутантного штамма. В этом примере используется модель, описанная в Model of the Yeast Heterotrimeric G Protein Cycle.
Значение параметра kGd является 0.11 для штамма дикого типа и 0.004 для мутантного штамма. Чтобы представить мутантный штамм, вы будете хранить альтернативное значение 0.004 для kGd в объекте исполнения и применить этот вариант при моделировании модели.
Сведения о вариантах см. в разделе Варианты в моделях SimBiology.
Загрузить gprotein.sbproj проект, включающий переменную m1, объект модели SimBiology ®.
sbioloadproject gproteinМожно создать вариант исходной модели, указав другое значение параметра для kGd параметр модели. Сначала добавьте вариант в m1 объект модели.
v1 = addvariant(m1,'mutant_strain');Затем добавьте параметр kGd со значением 0.004 к объекту-варианту v1.
addcontent(v1,{'parameter','kGd','Value',0.004});Смоделировать модель дикого типа.
[t,x,names] = sbiosimulate(m1);
Смоделировать модель мутантного штамма, применив вариант.
[tV,xV,names] = sbiosimulate(m1,v1);
Постройте график и сравните смоделированные результаты.
subplot(1,2,1) plot(t,x); legend(names); xlabel('Time'); ylabel('Amount'); title('Wild Type'); subplot(1,2,2) plot(tV,xV); legend(names); xlabel('Time'); ylabel('Amount'); title('Mutant Strain');
