Документация

Изменение количества видов во время моделирования

Количество вида может оставаться постоянным или изменяться во время моделирования модели. Использовать следующие свойства species object чтобы указать, как изменяется количество вида во время моделирования:

Сохранение количества видов без изменений

Набор ConstantAmount кому true и BoundaryCondition кому false для постоянного вида, количество которого не изменяется реакцией или правилом. При этом вид действует как параметр. Он не может быть в реакции, и его нельзя варьировать по правилу.

Пример - Вид Е не является частью реакции, но является частью уравнения скорости реакции. E является константой и может быть заменен константой Vm = k2*E.

     reaction: S -> P
reaction rate: kcat*E*S/(Km + S)

Изменение количества видов с помощью реакции или правила

Набор ConstantAmount кому false и BoundaryCondition кому false для вида, количество которого изменяется реакцией или правилом, но не и тем, и другим.

Пример 1 - Вид А является частью реакции и находится в уравнении скорости реакции. Количество или концентрацию частиц определяют по реакции. Это самая распространенная категория вида. Дифференциальное уравнение скорости для вида создается из реакций.

     reaction: A -> B
reaction rate: k*A

Пример 2 - Вид Е не является частью реакции, но он находится в уравнении скорости реакции. E изменяется в зависимости от другой реакции или правила.

     reaction: S -> P
reaction rate: kcat*E*S/(Km + S)

Пример 3 - Вид G не является частью реакции и не входит в уравнение скорости. G изменяется в зависимости от алгебраического правила или правила скорости.

    rate rule: dG/dt = k

Изменение количества видов с помощью правила, когда виды являются частью реакции

Набор ConstantAmount кому false и BoundaryCondition кому true для вида, количество которого изменяется по правилу, но вид также является частью реакции, и дифференциальный член скорости от реакции не создается. Количество вида изменяется вместе с правилом, и из правила создается дифференциальный термин скорости.

Пример 1 - Вид А не изменяется уравнением скорости, а изменяется в соответствии с правилом скорости. Однако А может быть в уравнении скорости, которое изменяет другие виды реакции.

     reaction: A -> B
reaction rate: k1 or k1*A
    rate rule: dA/dt = k2*A (solution is  A = k2*t)
               (enter in SimBiology as A = k2*A)

Пример 2 - Виды А не входят в уравнение скорости, а изменяются в соответствии с алгебраическим правилом.

      reaction: A -> B + C
 reaction rate: k or k*A
algebraic rule: A = 2*C 
                (enter in SimBiology as 2*C - A)

Сохранение количества видов неизменным, когда виды являются частью реакции, которая добавляет или удаляет массу

Набор ConstantAmount кому false и BoundaryCondition кому true для постоянного вида, который является частью реакции, но член дифференциальной скорости не создается из реакции. Член дифференциальной ставки создается из правила.

Во время моделирования уравнение дифференциальной скорости не создается для вида. dSpecies/dt не существует.

Пример 1 - A представляет собой infinite source и его сумма не меняется. B увеличивается с нулевой скоростью заказа (k и k*A оба константы). Источник относится к виду, где в систему добавляется масса.

     reaction: A -> B
reaction rate: k or k*A

Пример 2 - B уменьшается со скоростью первого порядка, но A является infinite sink и его сумма не меняется. A sink относится к виду, где масса вычитается из системы.

     reaction: B -> A
reaction rate: k*B

Пример 3 - Нулевой вид - это зарезервированное имя вида, которое может выступать в качестве источника или раковины.

     reaction: null -> B
reaction rate: k

     reaction: B -> null
reaction rate: k*B

Пример 4 - АТФ и АДФ присутствуют в реакции и имеют постоянные значения, но их нет в уравнении скорости реакции.

     reaction: S + ATP -> P + ADP
reaction rate: Vm*S/(Km + S)