addspecies (модель, отсек)

Создание видового объекта и добавление к объекту-отсеку в объекте-модели

Синтаксис

speciesObj = addspecies(compObj, 'NameValue') speciesObj = addspecies(compObj, 'NameValue', InitialAmountValue) speciesObj = addspecies(modelObj, 'NameValue') speciesObj = addspecies(modelObj, 'NameValue', InitialAmountValue) speciesObj = addspecies(...'PropertyName', PropertyValue...)

Аргументы

`compObj`	`Compartment object`.
`modelObj`	`Model object` содержащий ноль или один отсек.
`NameValue`	Имя видового объекта. Введите уникальный вектор символов для видов в пределах `modelObj` или `compObj`. Видовые объекты идентифицируются по имени в пределах `Event`, `ReactionRate`, и `Rule` свойства. Сведения об именовании видов см. в разделе `Name`. Можно использовать функцию `sbioselect` поиск объекта с определенным `Name` значение свойства.
`InitialAmountValue`	Начальное значение суммы для видового объекта. Войти `double`. Положительное вещественное число, по умолчанию `0`.
`PropertyName`	Введите имя допустимого свойства. Допустимые имена свойств перечислены в разделе «Сводка свойств».
`PropertyValue`	Введите значение свойства, указанного в `PropertyName`. Допустимые значения свойств перечислены на каждой странице ссылки на свойства.

Описание

speciesObj = addspecies(compObj, 'NameValue') создает speciesObj, видовой объект и добавляет его в compObj, объект-отсек. В видовом объекте этот метод присваивает NameValue в Name свойство, присваивает compObj в Parent свойство и присваивает 0 в InitialAmount собственность. В объекте-отсеке этот метод добавляет видовой объект к Species собственность.

speciesObj = addspecies(compObj, 'NameValue', InitialAmountValue), в дополнение к вышеизложенному, присваивает InitialAmountValue в InitialAmount свойство для видового объекта.

speciesObj = addspecies(modelObj, 'NameValue') создает speciesObj, видовой объект и добавляет его в compObj, объект отсека в modelObj, a Model object. Если modelObj не содержит отсеков, создает compObj с Name имущество 'unnamed'. В видовом объекте этот метод присваивает NameValue в Name свойство, присваивает compObj в Parent свойство и присваивает 0 в InitialAmount собственность. В объекте-отсеке этот метод добавляет видовой объект к Species собственность.

speciesObj = addspecies(modelObj, 'NameValue', InitialAmountValue), в дополнение к вышеизложенному, присваивает InitialAmountValue в InitialAmount свойство для видового объекта.

Можно также добавить вид к реакции с помощью методов addreactant и addproduct.

Объект вида должен иметь уникальное имя на уровне, на котором он создан. Например, объект-отсек не может содержать два видовых объекта с именами H2O. Однако другой отсек может иметь вид, названный H2O.

Просмотр свойств видового объекта с помощью get и измените свойства для объекта вида с помощью команды set команда. Можно просмотреть сводную таблицу видовых объектов в отсеке (compObj) с get(compObj, 'Species') или свойства первого вида с get(compObj.Species(1)).

speciesObj = addspecies(...'PropertyName', PropertyValue...) определяет дополнительные свойства. Пары имя/значение свойства могут быть в любом формате, поддерживаемом функцией set (например, пары «имя-значение», структуры и пары массивов ячеек «имя-значение»). Сводка свойств на этой странице показывает список свойств.

При наличии более одного объекта отсека (compObj) в модели необходимо определить название вида с именем отсека. Например, cell.glucose обозначает, что вы хотите поместить вид с именем glucose в отсек с именем cell. Дополнительно, если отсек назван cell не существует, процесс добавления реакции создает отсек и называет его cell.

При изменении имени вида необходимо настроить все применимые элементы, такие как события и правила, использующие этот вид, любые указанные пользователем ReactionRateили свойство объекта kinetic law SpeciesVariableNames. Используйте метод setspecies настроить SpeciesVariableNames.

Чтобы обновить имена видов в графическом интерфейсе пользователя SimBiology ®, откройте каждую соответствующую панель в обозревателе проектов. Можно также использовать функцию Найти (Find), чтобы найти имена, которые требуется обновить. Откроется панель Вывод (Output) с результатами поиска. Дважды щелкните строку результата, чтобы перейти в расположение компонента модели.

Названия видов автоматически обновляются для реакций, которые используют MassAction кинетический закон.

Сводка по методу

Методы для видовых объектов

copyobj	Копировать объект SimBiology и его нижестоящие элементы
удалить	Удалить объект SimBiology
показ	Отображение сводки объекта SimBiology
findUsages (вид, параметр, отсек)	Узнайте, как в модели используется вид, параметр или отсек
добраться	Получение свойств объекта SimBiology
двинуться	Переместить виды SimBiology или объект параметра в новый родительский объект
переименовать	Переименование объекта и обновление выражений
набор	Задать свойства объекта SimBiology

Сводка по свойствам

Свойства видовых объектов

Активный	Указать объект, используемый во время моделирования
BoundaryCondition	Указать видовое граничное условие
Постоянный	Укажите переменное или постоянное количество видов, значение параметра или вместимость отсека
ConstantAmount	Укажите переменное или постоянное количество видов
InitialAmount	Исходное количество видов
InitialAmountUnits	Начальные единицы количества видов
Имя	Укажите имя объекта
Примечания	HTML-текст, описывающий объект SimBiology
Родитель	Указать родительский объект
Тэг	Укажите метку для объекта SimBiology
Напечатать	Отображение типа объекта SimBiology
Единицы	Единицы измерения количества видов, значение параметра, вместимость отсека, наблюдаемое выражение
UserData	Укажите данные для связывания с объектом
Стоимость	Значение вида, отсека или объекта параметра

Примеры

Добавить два вида в модель, где один является реагентом, а другой - ферментом, катализирующим реакцию.

Создание объекта модели с именем my_model и добавьте объект-отсек.
```
modelObj = sbiomodel ('my_model');
compObj = addcompartment(modelObj, 'comp1');
```

Добавить два видовых объекта с именами glucose_6_phosphate и glucose_6_phosphate_dehydrogenase.

speciesObj1 = addspecies (compObj, 'glucose_6_phosphate');
speciesObj2 = addspecies (compObj, ...
                         'glucose_6_phosphate_dehydrogenase');

Установка начальной суммы glucose_6_phosphate кому 100 и проверить.
```
set (speciesObj1, 'InitialAmount',100);
get (speciesObj1, 'InitialAmount')
```
MATLAB возвращает:
```
ans =

   100
```

Использовать get отметить, что modelObj содержит массив видовых объектов.

get(compObj, 'Species')

MATLAB возвращает:

SimBiology Species Array

Index: Name:                             InitialAmount: InitialAmountUnits:
 1     glucose_6_phosphate                100               
 2     glucose_6_phosphate_dehydrogenase  0

Получение информации о первых видах в массиве.

get(compObj.Species(1))
            Annotation: ''
     BoundaryCondition: 0
        ConstantAmount: 0
         InitialAmount: 100
    InitialAmountUnits: ''
                  Name: 'glucose_6_phosphate'
                 Notes: ''
                Parent: [1x1 SimBiology.Compartment]
                   Tag: ''
                  Type: 'species'
              UserData: []

См. также

Model object, Compartment object, addcompartment, addproduct, addreactant, addreaction, get, set

Представлен в R2006a

Документация