exponenta event banner

plotSurvival

График функции выживания модели пропорциональных рисков Кокса

Описание

пример

plotSurvival(coxMdl) строит график базовой функции выживания модели пропорциональных рисков Кокса coxMdl. Функция выживания в момент времени t - оценочная вероятность выживания до времени t. Термин «базовый уровень» относится к функции выживания на определенном исходном уровне предикторов. Это значение хранится в coxMdl.Baseline, а значением по умолчанию является среднее значение набора данных, используемого для обучения.

пример

plotSurvival(coxMdl,X) строит график функции выживания, когда предикторы имеют значения в X. График включает в себя одну строку для каждой строки X.

пример

plotSurvival(coxMdl,X,Stratification) строит график функции выживания для данного значения переменной стратификации Stratification. Необходимо иметь одну строку в Stratification для каждой строки в X.

Примечание

Когда тренируешься coxMdl использование переменных стратификации и переменных предиктора прохождения X, plotSurvival также требует передачи переменных стратификации.

пример

plotSurvival(coxMdl,ax,___) графики в заданных графических осях ax используя любую из комбинаций входных аргументов в предыдущих синтаксисах.

пример

plotSurvival(___,'Time',T) строит график функции выживания в моменты времени, перечисленные в T.

graphics = plotSurvival(___) возвращает массив Stair графические объекты. См. раздел «Свойства лестницы».

Примеры

свернуть все

Выполнить регрессию пропорциональных рисков Кокса на lightbulb набор данных, содержащий смоделированное время жизни лампочек. Первый столбец данных по лампочке содержит срок службы (в часах) двух различных типов лампочек. Второй столбец содержит двоичную переменную, указывающую, является ли колба флуоресцентной или накаливающей; 0 означает, что лампа является флуоресцентной, а 1 означает, что она является накаливающей. Третий столбец содержит информацию о цензуре, где 0 указывает, что лампочка наблюдалась до отказа, а 1 указывает, что наблюдение было подвергнуто цензуре.

Подберите модель пропорциональных рисков Кокса для срока службы лампочек с учетом цензуры. Переменная предиктора - тип колбы.

load lightbulb
coxMdl = fitcox(lightbulb(:,2),lightbulb(:,1), ...
    'Censoring',lightbulb(:,3));

Постройте график базовой функции выживания как функции времени t, что означает вероятность отказа лампочки через некоторое время t. По умолчанию базовая линия рассчитывается для среднего значения предиктора, которое в этом случае равно mean(lightbulb(:,2)) = 0.5.

plotSurvival(coxMdl)

Figure contains an axes. The axes with title Estimated Survival Probability contains an object of type stair. This object represents Baseline.

Постройте график выживания флуоресцентных ламп (предиктор = 0) и ламп накаливания (предиктор = 1).

plotSurvival(coxMdl,[0;1])

Figure contains an axes. The axes with title Estimated Survival Probability contains 2 objects of type stair. These objects represent X=0, X=1.

Чтобы рассчитать выживаемость без построения графика, используйте survival.

Загрузить coxModel данные. (Эти смоделированные данные создаются в примере объекта модели пропорциональных рисков Кокса.) Модель с именем coxMdl имеет три уровня стратификации (1, 2 и 3) и предиктор X с тремя категориальными значениями (1, 1/20 и 1/100).

load coxModel

Постройте график выживания для X = 1 на трех уровнях стратификации.

c1 = categorical(1);
X = [c1;c1;c1];
stratification = [1;2;3];
plotSurvival(coxMdl,X,stratification)
xlim([1,30])

Figure contains an axes. The axes with title Estimated Survival Probability contains 3 objects of type stair. These objects represent X=1, Stratification=1, X=1, Stratification=2, X=1, Stratification=3.

Загрузить coxModel данные. (Эти смоделированные данные создаются в примере объекта модели пропорциональных рисков Кокса.) Модель с именем coxMdl имеет три уровня стратификации (1, 2 и 3) и предиктор X с тремя категориальными значениями (1, 1/20 и 1/100).

load coxModel

Чтобы включить программное редактирование графика выживания, создайте оси.

h = figure;
axes1 = axes('Parent',h);

Постройте график функции выживания для X значение предиктора categorical(1) и уровень стратификации 3. Этот уровень стратификации представляет постоянную степень опасности. Таким образом, при логарифмировании результирующий график выживания должен быть близок к прямой линии. Постройте график для времени от 1 до 30.

oo = categorical(1);
plotSurvival(coxMdl,axes1,oo,3,'Time',linspace(1,30,300));
axes1.YScale = 'log';

Figure contains an axes. The axes with title Estimated Survival Probability contains an object of type stair. This object represents X=1, Stratification=3.

Входные аргументы

свернуть все

Установленная модель пропорциональных рисков Кокса, указанная как CoxModel объект. Создать coxMdl использование fitcox.

Предикторы для модели, определенные как массив предикторов одного типа, используемых для обучения coxMdl. Каждая строка X представляет один набор предикторов.

Типы данных: double | table | categorical

Уровень стратификации, определяемый как переменная или переменные одного типа, используемые для обучения coxMdl. Укажите одинаковое количество строк в Stratification как в X.

Типы данных: single | double | logical | char | string | table | cell | categorical

Оси для печати, заданные как объект графических осей.

Время для оценок выживаемости, указанное как реальный вектор. plotSurvival сортирует указанное время и при необходимости преобразует его в вектор столбца. Полученные значения линейно интерполируются по временам в обучающих данных.

Пример: 0:40

Типы данных: double

Представлен в R2021a