Выполнить регрессию пропорциональных рисков Кокса на lightbulb набор данных, содержащий смоделированное время жизни лампочек. Первый столбец данных по лампочке содержит срок службы (в часах) двух различных типов лампочек. Второй столбец содержит двоичную переменную, указывающую, является ли колба флуоресцентной или накаливающей; 0 означает, что лампа является флуоресцентной, а 1 означает, что она является накаливающей. Третий столбец содержит информацию о цензуре, где 0 указывает, что лампочка наблюдалась до отказа, а 1 указывает, что наблюдение было подвергнуто цензуре.

Подберите модель пропорциональных рисков Кокса для срока службы лампочек с учетом цензуры. Переменная предиктора - тип колбы.

load lightbulb
coxMdl = fitcox(lightbulb(:,2),lightbulb(:,1), ...
    'Censoring',lightbulb(:,3));

Расчет базовой функции выживания как функции времени t, что означает вероятность отказа лампочки через некоторое время t. По умолчанию базовая линия рассчитывается для среднего значения предиктора, которое в этом случае равно mean(lightbulb(:,2)) = 0.5. Возврат времени Tout при которой вычисляется функция выживания.

[s,Tout] = survival(coxMdl);

Постройте график выживания как лестничный график времени. (Время Tout также находятся в coxMdl.Hazard(:,1).)

hold on;
stairs(Tout,s,'b-')
xlabel 'Time \it t'
ylabel 'Probability of failure after time \it t'

Наложите график с функциями выживания для флуоресцентных и накаливающих лампочек.

s_fluorescent = survival(coxMdl,0);
s_incandescent = survival(coxMdl,1);
stairs(Tout,s_fluorescent,'r-')
stairs(Tout,s_incandescent,'k-')
legend('Baseline','Fluorescent','Incandescent')
hold off

Для создания графиков без предварительного создания данных о выживании используйте plotSurvival.

Загрузить coxModel данные. (Эти смоделированные данные создаются в примере объекта модели пропорциональных рисков Кокса.) Модель с именем coxMdl имеет три уровня стратификации (1, 2 и 3) и предиктор X с тремя категориальными значениями (1, 1/20 и 1/100).

load coxModel

Вычислите функцию выживания для X = 1 на трех уровнях стратификации.

c1 = categorical(1);
X = [c1;c1;c1];
stratification = [1;2;3];
s = survival(coxMdl,X,stratification);

Постройте график трех функций выживания. Во-первых, найдите время для трех уровней стратификации.

t1 = find(coxMdl.Hazard(:,3) == 1);
t1 = coxMdl.Hazard(t1,1);
t2 = find(coxMdl.Hazard(:,3) == 2);
t2 = coxMdl.Hazard(t2,1);
t3 = find(coxMdl.Hazard(:,3) == 3);
t3 = coxMdl.Hazard(t3,1);

Постройте график выживания для трех уровней. Просмотрите график с 1 по 30 раз.

plot(t1,s{1},t2,s{2},t3,s{3})
xlim([1,30])
legend('Stratification Level 1','Stratification Level 2','Stratification Level 3','Location','northeast')
xlabel('Time t')
ylabel('Probability of Survival Past t')

В качестве альтернативы оцените выживаемость с 1 по 30 раз, указав Time аргумент.

t = linspace(1,30,300);
st = survival(coxMdl,X,stratification,'Time',t);
figure
plot(t,st{1},t,st{2},t,st{3})
legend('Stratification Level 1','Stratification Level 2','Stratification Level 3','Location','northeast')
xlabel('Time t')
ylabel('Probability of Survival Past t')