Класс: BioIndexedFile
Чтение одной или нескольких записей из исходного файла, связанного с объектом BioIndexedFile
Output = read(BioIFobj, Indices)
Output = read(BioIFobj, Key)
Output = read(BioIFobj, Indices)Indices из исходного файла, сопоставленного с BioIFobj, объект BioIndexedFile. Indices - вектор положительных целых чисел, задающий индексы для записей в исходном файле. read метод читает и анализирует записи с помощью функции, заданной Interpreter свойство объекта BioIndexedFile. Отношение «один к одному» существует между количеством и порядком элементов в Indices и Output, даже если Indices имеет повторяющиеся значения. Output является структурой или массивом структур, содержащих проанализированные данные, возвращенные функцией интерпретатора.
Output = read(BioIFobj, Key)Key из исходного файла, сопоставленного с BioIFobj, объект BioIndexedFile. Key - вектор символов или массив ячеек векторов символов, задающий один или несколько ключей для записей в исходном файле. read метод читает и анализирует записи с помощью функции, заданной Interpreter свойство объекта BioIndexedFile. Если ключи в исходном файле не уникальны, read метод читает все записи, которые совпадают с заданным ключом, все в положении ключа в Key массив ячеек. Если ключи в исходном файле уникальны, существует отношение «один к одному» между количеством и порядком элементов в Key и Output.
|
Объект |
|
Вектор положительных целых чисел, задающий индексы для записей в исходном файле, сопоставленном с |
|
Вектор символов или массив ячеек из векторов символов, задающих один или несколько ключей в исходном файле. |
|
Структура или массив структур, содержащий проанализированные данные, возвращенные функцией интерпретатора. |
Создайте объект BioIndexedFile для доступа к таблице, содержащей перекрестные ссылки между именами генов и терминами онтологии генов (GO):
% Create variable containing full absolute path of source file
sourcefile = which('yeastgenes.sgd');
% Create a BioIndexedFile object from the source file. Indicate
% the source file is a tab-delimited file where contiguous rows
% with the same key are considered a single entry. Store the
% index file in the Current Folder. Indicate that keys are
% located in column 3 and that header lines are prefaced with !
gene2goObj = BioIndexedFile('mrtab', sourcefile, '.', ...
'KeyColumn', 3, 'HeaderPrefix','!')Прочитайте термин GO из всех записей, которые связаны с генной YAT2:
% Access entries that have the string YAT2 in their keys YAT2_entries = getEntryByKey(gene2goObj, 'YAT2'); % Adjust the object interpreter to return only the column % containing the GO term gene2goObj.Interpreter = @(x) regexp(x,'GO:\d+','match') % Parse the entries with a key of YAT2 and return all GO terms % from those entries GO_YAT2_entries = read(gene2goObj, 'YAT2')
GO_YAT2_entries = 'GO:0004092' 'GO:0005737' 'GO:0006066' 'GO:0006066' 'GO:0009437'
Перед использованием read метод, убедитесь, что Interpreter свойство объекта BioIndexedFile задано соответствующим образом. The Interpreter свойство является указателем на функцию, которая анализирует записи в исходном файле. Функция интерпретатора должна принять вектор символов одной или нескольких конкатенированных записей и вернуть структуру или массив структур, содержащих интерпретированные данные.
Если объект BioIndexedFile был создан из исходного файла с специфичным для приложения форматом, таким как 'SAM', 'FASTQ', или 'FASTA', значение по умолчанию Interpreter свойство является указателем на функцию, подходящую для этого типа файла, и обычно не требует от вас его изменения. Если объект BioIndexedFile был создан из исходного файла с 'TABLE', 'MRTAB', или 'FLAT' формат, затем формат по умолчанию Interpreter свойство [], что означает, что интерпретатор является анонимной функцией, в которой выход эквивалентен входу.
Для получения информации об установке Interpreter свойство, см BioIndexedFile класс.