Высокопроизводительное секвенирование
Экспрессия генов, фактор транскрипции и анализ метилирования данных секвенирования следующего поколения (NGS), включая RNA-Seq и ChIP-Seq
Высокопроизводительные методы секвенирования генерируют большие объемы данных и требуют устойчивых вычислительных инструментов для последующего анализа. Bioinformatics Toolbox™ предоставляет алгоритмы, чтобы поддержать общие рабочие процессы анализа для данных секвенирования следующего поколения (NGS), такие как фильтрация и обрезка показаний, отображение чтения с ссылками, подсчет количества чтений, сопоставленных с геномными функциями и выполнением статистического анализа.
Подсвеченные темы
- Импорт данных
Импорт данных секвенирования следующего поколения (NGS) и примечаний к функциям из файлов SAM, BAM, FASTA, FASTQ, GTF и GFF
- Предварительная обработка
Управление данными NGS с помощью одно- и парных показаний, фильтрации и обрезки и отображения статистики качества
- Выравнивание
Сопоставить чтения в ссылочную последовательность (ы)
- Статистический анализ
Считайте обобщение и статистический анализ данных RNA-seq и ChIP-seq
- Визуализация
Визуализируйте выравнивание показаний в ссылочные последовательности
