Считайте данные трассировки из файла SCF
Sample = scfread(File)
[Sample, Probability] =
scfread(File)
[Sample, Probability, Comments]
= scfread(File)
[A, C, G, T] = scfread
(File)
[A, C, G, T, ProbA, ProbC, ProbG, ProbT]
= scfread (File)
[A, C, G, T, ProbA, ProbC, ProbG, ProbT,
Comments, PkIndex, Base] = scfread
(File)
File | Вектор символов или строка, указывающая имя файла или путь и имя файла в формате SCF. |
scfread считывает данные из форматированного файла SCF в MATLAB® структуры.
Sample = scfread(File)Sample, который содержит следующие поля:
| Область | Описание |
|---|---|
A | Вектор-столбец, содержащая интенсивность флуоресцентного тега A |
C | Вектор-столбец, содержащая интенсивность тег флуоресценции C |
G | Вектор-столбец, содержащая интенсивность G-флуоресцентного тега |
T | Вектор-столбец, содержащая интенсивность T-флуоресцентного тега |
[ также возвращает данные вероятностей в структуре Sample, Probability] =
scfread(File)Probability, который содержит следующие поля:
| Область | Описание |
|---|---|
peak_index | Вектор-столбец, содержащая положение в файле SCF для начала данных для каждого пика |
prob_A | Вектор-столбец, содержащая вероятность каждой основы в последовательности как A |
prob_C | Вектор-столбец, содержащая вероятность каждой основы в последовательности, являющейся C |
prob_G | Вектор-столбец, содержащая вероятность каждой основы в последовательности, представляющей собой G |
prob_T | Вектор-столбец, содержащая вероятность каждой основы в последовательности, являющейся T |
base | Вектор-столбец, содержащий вызываемые основы для последовательности |
[ также возвращает информацию о комментариях из файла SCF в символьном массиве Sample, Probability, Comments]
= scfread(File)Comments.
[ возвращает выборочные данные для четырёх основ в отдельных переменных.A, C, G, T] = scfread
(File)
[ также возвращает данные вероятностей для четырёх основ в отдельных переменных.A, C, G, T, ProbA, ProbC, ProbG, ProbT]
= scfread (File)
[ также возвращает индексы пиков и вызываемые основы в отдельных переменных.A, C, G, T, ProbA, ProbC, ProbG, ProbT,
Comments, PkIndex, Base] = scfread
(File)
Файлы SCF хранят данные из инструментов секвенирования ДНК. Каждый файл включает выборочные данные, информацию о последовательности и относительные вероятности каждой из четырёх основ.
[sampleStruct, probStruct, Comments] = scfread('sample.scf')
sampleStruct =
A: [10827x1 double]
C: [10827x1 double]
G: [10827x1 double]
T: [10827x1 double]
probStruct =
peak_index: [742x1 double]
prob_A: [742x1 double]
prob_C: [742x1 double]
prob_G: [742x1 double]
prob_T: [742x1 double]
base: [742x1 char]
Comments =
SIGN=A=121,C=103,G=119,T=82
SPAC= 16.25
PRIM=0
MACH=Arkansas_SN312
DYEP=DT3700POP5{BD}v2.mob
NAME=HCIUP1D61207
LANE=6
GELN=
PROC=
RTRK=
CONV=phred version=0.990722.h
COMM=
SRCE=ABI 373A or 377