genbankread

Чтение данных из файла GenBank

Синтаксис

GenBankData = genbankread(File)
GenBankData = genbankread(File, 'TimeOut', TimeOutValue)

Аргументы

File

Одно из следующих:

  • Вектор символов или строка, указывающая имя файла, путь и имя файла или URL-адрес, указывающий на файл. Файл-ссылка является файлом в формате GenBank (текстовый файл ASCII). Если вы задаете только имя файла, этот файл должен быть в MATLAB® путь поиска файлов или в текущей папке MATLAB.

  • MATLAB символьного массива или вектор строки, который содержит текст файла в формате GenBank.

Совет

Вы можете использовать getgenbank функция со 'ToFile' свойство для извлечения информации о последовательности из GenBank® и создайте файл в формате GenBank.

TimeOutValueТайм-аут подключения в секундах, задается как положительная скалярная величина. Значение по умолчанию является 5. Для получения дополнительной информации смотрите здесь.
GenBankData Структура MATLAB или массив структур, содержащий поля, соответствующие ключевым словам GenBank.

Описание

GenBankData = genbankread(File) считывает файл в формате GenBank, File, и создает GenBankData, структуру или массив структур, содержащих поля, соответствующие ключевым словам GenBank. Когда File содержит несколько записей, каждая запись хранится как отдельный элемент в GenBankData. Список ключевых слов GenBank см. в разделе https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sitemap/samplerecord.html.

GenBankData = genbankread(File, 'TimeOut', TimeOutValue) устанавливает тайм-аут подключения (в секундах), чтобы считать данные из удаленного файла или URL-адреса.

Примеры

  1. Получите информацию о последовательности для гена HEXA, сохраните данные в файле и затем прочтите в программное обеспечение MATLAB.

    getgenbank('nm_000520', 'ToFile', 'TaySachs_Gene.txt')
s = genbankread('TaySachs_Gene.txt')

s = 

                LocusName: 'NM_000520'
      LocusSequenceLength: '2437'
     LocusNumberofStrands: ''
            LocusTopology: 'linear'
        LocusMoleculeType: 'mRNA'
     LocusGenBankDivision: 'PRI'
    LocusModificationDate: '18-FEB-2009'
               Definition: [1x63 char]
                Accession: 'NM_000520'
                  Version: 'NM_000520.4'
                       GI: '189181665'
                  Project: []
                   DBLink: []
                 Keywords: []
                  Segment: []
                   Source: 'Homo sapiens (human)'
           SourceOrganism: [4x65 char]
                Reference: {1x10 cell}
                  Comment: [32x67 char]
                 Features: [147x74 char]
                      CDS: [1x1 struct]
                 Sequence: [1x2437 char]

  2. Отобразите исходный организм для этой последовательности.

    s.SourceOrganism

ans =

Homo sapiens                                                     
Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini;     
Catarrhini; Hominidae; Homo.

См. также

| | | | |

Представлено до R2006a

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте