Вызов функций Bioperl из MATLAB
®Этот пример показывает совместимость между MATLAB ® и Биоperl - передачу аргументов от MATLAB к скриптам Perl и извлечение поисковых данных BLAST обратно в MATLAB.
ПРИМЕЧАНИЕ. Для запуска скриптов Perl в этом примере необходимо установить модули Perl и Bioperl. Начиная с версии 1.4, модули Bioperl имеют warnings.pm зависимость, требующую по крайней мере версии 5.6 Perl. Если у вас возникли трудности с запуском скриптов Perl, убедитесь, что переменная PERL5LIB окружения включает путь к установке Биоperl, или попробуйте выполнить команду из Биоperl директории установки. См. ссылки в https://www.perl.com и https://bioperl.org/ для текущих файлов релиза и полных инструкций по установке.
Введение
Gleevec™ (STI571 или мезилат иматиниба) был первым одобренным лекарственным средством, специально отключающим сигнал известного вызывающего рак белка. Первоначально одобренный для лечения хронического миелогенного лейкоза (ХМЛ), он также эффективен для лечения желудочно-кишечных стромальных опухолей (GIST).
Исследования выявили несколько генных мишеней для Gleevec, включая: Proto-онкоген тирозин-протеинкиназу ABL1 (NP_009297), Proto-онкоген тирозин-протеинкиназа Kit (NP_000213) и альфа-рецептор фактора роста, полученный из тромбоцитов предшественника (NP_006197).
target_ABL1 = 'NP_009297'; target_Kit = 'NP_000213'; target_PDGFRA = 'NP_006197';
Доступ к информации о последовательности
Можно загрузить информацию о последовательности для этих белков из локальных текстовых файлов GenPept с помощью genpeptread.
ABL1_seq = getfield(genpeptread('ABL1_gp.txt'), 'Sequence'); Kit_seq = getfield(genpeptread('Kit_gp.txt'), 'Sequence'); PDGFRA_seq = getfield(genpeptread('PDGFRA_gp.txt'), 'Sequence');
Также можно получить информацию о белке непосредственно из онлайновой базы данных GenPept, поддерживаемой Национальным центром биотехнологической информации (NCBI).
Запустите эти команды, чтобы загрузить данные из NCBI:
% ABL1_seq = getgenpept(target_ABL1, 'SequenceOnly', true); % Kit_seq = getgenpept(target_Kit, 'SequenceOnly', true); % PDGFRA_seq = getgenpept(target_PDGFRA, 'SequenceOnly', true);
Команда MATLAB whos предоставляет информацию о размере этих последовательностей.
whos ABL1_seq whos Kit_seq whos PDGFRA_seq
Name Size Bytes Class Attributes ABL1_seq 1x1149 2298 char Name Size Bytes Class Attributes Kit_seq 1x976 1952 char Name Size Bytes Class Attributes PDGFRA_seq 1x1089 2178 char
Вызов программ Perl из MATLAB
Из MATLAB можно использовать существующие модули Bioperl, чтобы запустить поиск BLAST по этим последовательностям. MW_BLAST.pl является программой Perl, основанной на модуле RemoteBlast Bioperl. Он считывает последовательности из файлов FASTA, поэтому начните с создания файла FASTA для каждой последовательности.
fastawrite('ABL1.fa', 'ABL1 Proto-oncogene tyrosine-protein kinase (NP_009297)', ABL1_seq); fastawrite('Kit.fa', 'Kit Proto-oncogene tyrosine-protein kinase (NP_000213)', Kit_seq); fastawrite('PDGFRA.fa', 'PDGFRA alpha precursor (NP_006197)', PDGFRA_seq);
Поиски BLAST могут занять много времени, чтобы вернуть результаты, и MW_BLAST программы PERL включает повторяющееся состояние сна, чтобы ждать отчета. Выборки результатов были включены в этот пример, но если вы хотите попробовать запустить поиск BLAST с тремя последовательностями, раскомментируйте следующие команды. MW_BLAST.pl сохраните результаты BLAST в трех файлах на вашем диске, ABL1.out, Kit.out и PDGFRA.out. Процесс может занять 15 минут или более.
% try % perl('MW_BLAST.pl','blastp','pdb','1e-10','ABL1.fa','Kit.fa','PDGFRA.fa'); % catch % error(message('bioinfo:bioperldemo:PerlError')) % end
Вот код Perl для MW_BLAST:
type MW_BLAST.pl
#!/usr/bin/perl -w
use Bio::Tools::Run::RemoteBlast;
use strict;
use 5.006;
# A sample Blast program based on the RemoteBlast.pm Bioperl module. Takes
# parameters for the BLAST search program, the database, and the expectation
# or E-value (defaults: blastp, pdb, 1e-10), followed by a list of FASTA files
# containing sequences to search.
# Copyright 2003-2004 The MathWorks, Inc.
# Retrieve arguments and set parameters
my $prog = shift @ARGV;
my $db = shift @ARGV;
my $e_val= shift @ARGV;
my @params = ('-prog' => $prog,
'-data' => $db,
'-expect' => $e_val,
'-readmethod' => 'SearchIO' );
# Create a remote BLAST factory
my $factory = Bio::Tools::Run::RemoteBlast->new(@params);
# Change a parameter in RemoteBlast
$Bio::Tools::Run::RemoteBlast::HEADER{'ENTREZ_QUERY'} = 'Homo sapiens [ORGN]';
# Remove a parameter from RemoteBlast
delete $Bio::Tools::Run::RemoteBlast::HEADER{'FILTER'};
# Submit each file
while ( defined($ARGV[0])) {
my $fa_file = shift @ARGV;
my $str = Bio::SeqIO->new(-file=>$fa_file, '-format' => 'fasta' );
my $r = $factory->submit_blast($fa_file);
# Wait for the reply and save the output file
while ( my @rids = $factory->each_rid ) {
foreach my $rid ( @rids ) {
my $rc = $factory->retrieve_blast($rid);
if( !ref($rc) ) {
if( $rc < 0 ) {
$factory->remove_rid($rid);
}
sleep 5;
} else {
my $result = $rc->next_result();
my $filename = $result->query_name()."\.out";
$factory->save_output($filename);
$factory->remove_rid($rid);
}
}
}
}
Следующим шагом является анализ выходных отчетов и поиск счетов > = 100. Затем можно идентифицировать попадания, обнаруженные более чем одним белком для дальнейших исследований, возможно, идентифицируя новые цели для лекарственной терапии.
try protein_list = perl('MW_parse.pl', which('ABL1.out'), which('Kit.out'), which('PDGFRA.out')) catch error(message('bioinfo:bioperldemo:PerlError')) end
protein_list =
'
--------------------- WARNING ---------------------
MSG: No HSPs for this minimal Hit (pdb|1H01|A)
If using NCBI BLAST, check bits() instead
---------------------------------------------------
--------------------- WARNING ---------------------
MSG: No HSPs for this minimal Hit (pdb|1OIR|A)
If using NCBI BLAST, check bits() instead
---------------------------------------------------
--------------------- WARNING ---------------------
MSG: No HSPs for this minimal Hit (pdb|1GII|A)
If using NCBI BLAST, check bits() instead
---------------------------------------------------
--------------------- WARNING ---------------------
MSG: No HSPs for this minimal Hit (pdb|1CSY|A)
If using NCBI BLAST, check bits() instead
---------------------------------------------------
--------------------- WARNING ---------------------
MSG: No HSPs for this minimal Hit (pdb|1F3M|C)
If using NCBI BLAST, check bits() instead
---------------------------------------------------
--------------------- WARNING ---------------------
MSG: No HSPs for this minimal Hit (pdb|1A81|A)
If using NCBI BLAST, check bits() instead
---------------------------------------------------
--------------------- WARNING ---------------------
MSG: No HSPs for this minimal Hit (pdb|1H1W|A)
If using NCBI BLAST, check bits() instead
---------------------------------------------------
--------------------- WARNING ---------------------
MSG: No HSPs for this minimal Hit (pdb|1B6C|B)
If using NCBI BLAST, check bits() instead
---------------------------------------------------
--------------------- WARNING ---------------------
MSG: No HSPs for this minimal Hit (pdb|1IG1|A)
If using NCBI BLAST, check bits() instead
---------------------------------------------------
--------------------- WARNING ---------------------
MSG: No HSPs for this minimal Hit (pdb|1JKK|A)
If using NCBI BLAST, check bits() instead
---------------------------------------------------
--------------------- WARNING ---------------------
MSG: No HSPs for this minimal Hit (pdb|1JOW|B)
If using NCBI BLAST, check bits() instead
---------------------------------------------------
--------------------- WARNING ---------------------
MSG: No HSPs for this minimal Hit (pdb|1BI8|A)
If using NCBI BLAST, check bits() instead
---------------------------------------------------
--------------------- WARNING ---------------------
MSG: No HSPs for this minimal Hit (pdb|1O6K|A)
If using NCBI BLAST, check bits() instead
---------------------------------------------------
--------------------- WARNING ---------------------
MSG: No HSPs for this minimal Hit (pdb|1GZK|A)
If using NCBI BLAST, check bits() instead
---------------------------------------------------
--------------------- WARNING ---------------------
MSG: No HSPs for this minimal Hit (pdb|1GZN|A)
If using NCBI BLAST, check bits() instead
---------------------------------------------------
--------------------- WARNING ---------------------
MSG: No HSPs for this minimal Hit (pdb|1O6L|A)
If using NCBI BLAST, check bits() instead
---------------------------------------------------
--------------------- WARNING ---------------------
MSG: No HSPs for this minimal Hit (pdb|1BHF|A)
If using NCBI BLAST, check bits() instead
---------------------------------------------------
--------------------- WARNING ---------------------
MSG: No HSPs for this minimal Hit (pdb|1LCJ|A)
If using NCBI BLAST, check bits() instead
---------------------------------------------------
--------------------- WARNING ---------------------
MSG: No HSPs for this minimal Hit (pdb|1PME|)
If using NCBI BLAST, check bits() instead
---------------------------------------------------
--------------------- WARNING ---------------------
MSG: No HSPs for this minimal Hit (pdb|1CM8|A)
If using NCBI BLAST, check bits() instead
---------------------------------------------------
--------------------- WARNING ---------------------
MSG: No HSPs for this minimal Hit (pdb|1A1A|A)
If using NCBI BLAST, check bits() instead
---------------------------------------------------
--------------------- WARNING ---------------------
MSG: No HSPs for this minimal Hit (pdb|3HCK|)
If using NCBI BLAST, check bits() instead
---------------------------------------------------
--------------------- WARNING ---------------------
MSG: No HSPs for this minimal Hit (pdb|1AOT|F)
If using NCBI BLAST, check bits() instead
---------------------------------------------------
--------------------- WARNING ---------------------
MSG: No HSPs for this minimal Hit (pdb|1PMQ|A)
If using NCBI BLAST, check bits() instead
---------------------------------------------------
--------------------- WARNING ---------------------
MSG: No HSPs for this minimal Hit (pdb|1LKK|A)
If using NCBI BLAST, check bits() instead
---------------------------------------------------
--------------------- WARNING ---------------------
MSG: No HSPs for this minimal Hit (pdb|1JNK|)
If using NCBI BLAST, check bits() instead
---------------------------------------------------
--------------------- WARNING ---------------------
MSG: No HSPs for this minimal Hit (pdb|1SHD|A)
If using NCBI BLAST, check bits() instead
---------------------------------------------------
--------------------- WARNING ---------------------
MSG: No HSPs for this minimal Hit (pdb|1LKL|A)
If using NCBI BLAST, check bits() instead
---------------------------------------------------
--------------------- WARNING ---------------------
MSG: No HSPs for this minimal Hit (pdb|1BM2|A)
If using NCBI BLAST, check bits() instead
---------------------------------------------------
--------------------- WARNING ---------------------
MSG: No HSPs for this minimal Hit (pdb|1BMB|A)
If using NCBI BLAST, check bits() instead
---------------------------------------------------
--------------------- WARNING ---------------------
MSG: No HSPs for this minimal Hit (pdb|1CWD|L)
If using NCBI BLAST, check bits() instead
---------------------------------------------------
--------------------- WARNING ---------------------
MSG: No HSPs for this minimal Hit (pdb|1BHH|B)
If using NCBI BLAST, check bits() instead
---------------------------------------------------
--------------------- WARNING ---------------------
MSG: No HSPs for this minimal Hit (pdb|1IA8|A)
If using NCBI BLAST, check bits() instead
---------------------------------------------------
--------------------- WARNING ---------------------
MSG: No HSPs for this minimal Hit (pdb|1FBZ|A)
If using NCBI BLAST, check bits() instead
---------------------------------------------------
--------------------- WARNING ---------------------
MSG: No HSPs for this minimal Hit (pdb|1IJR|A)
If using NCBI BLAST, check bits() instead
---------------------------------------------------
C:\TEMP\Bdoc18b_888831_12060\ib9A0E24\0\tpe948340f\ex40921867\ABL1.out
1OPL, 2584, 0.0, Chain A, Structural Basis For The Auto-Inhibition Of C-Abl...
1FMK, 923, 1e-100, Crystal Structure Of Human Tyrosine-Protein Kinase C-Src p...
1QCF, 919, 1e-100, Chain A, Crystal Structure Of Hck In Complex With A Src Fa...
1KSW, 916, 1e-100, Chain A, Structure Of Human C-Src Tyrosine Kinase (Thr338g...
1AD5, 883, 6e-96, Chain A, Src Family Kinase Hck-Amp-Pnp Complex pdb|1AD5|B ...
2ABL, 866, 5e-94, Sh3-Sh2 Domain Fragment Of Human Bcr-Abl Tyrosine Kinase
3LCK, 666, 9e-71, The Kinase Domain Of Human Lymphocyte Kinase (Lck), Activa...
1QPE, 666, 9e-71, Chain A, Structural Analysis Of The Lymphocyte-Specific Ki...
1QPD, 656, 1e-69, Chain A, Structural Analysis Of The Lymphocyte-Specific Ki...
1K2P, 620, 2e-65, Chain A, Crystal Structure Of Bruton's Tyrosine Kinase Dom...
1BYG, 592, 3e-62, Chain A, Kinase Domain Of Human C-Terminal Src Kinase (Csk...
1M7N, 561, 1e-58, Chain A, Crystal Structure Of Unactivated Apo Insulin-Like...
1JQH, 560, 2e-58, Chain A, Igf-1 Receptor Kinase Domain pdb|1JQH|B Chain B, ...
1P4O, 560, 2e-58, Chain A, Structure Of Apo Unactivated Igf-1r Kinase Domain...
1K3A, 553, 1e-57, Chain A, Structure Of The Insulin-Like Growth Factor 1 Rec...
1GJO, 550, 2e-57, Chain A, The Fgfr2 Tyrosine Kinase Domain
1FVR, 540, 3e-56, Chain A, Tie2 Kinase Domain pdb|1FVR|B Chain B, Tie2 Kinas...
1AB2, 528, 9e-55, Proto-Oncogene Tyrosine Kinase (E.C.2.7.1.112) (Src Homolo...
1IRK, 525, 2e-54, Insulin Receptor (Tyrosine Kinase Domain) Mutant With Cys ...
1I44, 523, 3e-54, Chain A, Crystallographic Studies Of An Activation Loop Mu...
1IR3, 522, 4e-54, Chain A, Phosphorylated Insulin Receptor Tyrosine Kinase I...
1FGK, 522, 4e-54, Chain A, Crystal Structure Of The Tyrosine Kinase Domain O...
1P14, 521, 6e-54, Chain A, Crystal Structure Of A Catalytic-Loop Mutant Of T...
1M14, 496, 4e-51, Chain A, Tyrosine Kinase Domain From Epidermal Growth Fact...
1PKG, 496, 4e-51, Chain A, Structure Of A C-Kit Kinase Product Complex pdb|1...
1VR2, 463, 3e-47, Chain A, Human Vascular Endothelial Growth Factor Receptor...
1JU5, 330, 8e-32, Chain C, Ternary Complex Of An Crk Sh2 Domain, Crk-Derived...
1BBZ, 317, 3e-30, Chain A, Crystal Structure Of The Abl-Sh3 Domain Complexed...
1AWO, 303, 1e-28, The Solution Nmr Structure Of Abl Sh3 And Its Relationship...
1BBZ, 303, 1e-28, Chain E, Crystal Structure Of The Abl-Sh3 Domain Complexed...
1G83, 287, 8e-27, Chain A, Crystal Structure Of Fyn Sh3-Sh2 pdb|1G83|B Chain...
1LCK, 270, 7e-25, Chain A, Sh3-Sh2 Domain Fragment Of Human P56-Lck Tyrosine...
1MUO, 233, 1e-20, Chain A, Crystal Structure Of Aurora-2, An Oncogenic Serin...
1GRI, 232, 2e-20, Chain A, Grb2 pdb|1GRI|B Chain B, Grb2
1A9U, 220, 4e-19, The Complex Structure Of The Map Kinase P38SB203580 pdb|1B...
1BMK, 213, 3e-18, Chain A, The Complex Structure Of The Map Kinase P38SB2186...
1IAN, 209, 8e-18, Human P38 Map Kinase Inhibitor Complex
1GZ8, 208, 1e-17, Chain A, Human Cyclin Dependent Kinase 2 Complexed With Th...
1OVE, 208, 1e-17, Chain A, The Structure Of P38 Alpha In Complex With A Dihy...
1OIT, 207, 1e-17, Chain A, Imidazopyridines: A Potent And Selective Class Of...
1B38, 206, 2e-17, Chain A, Human Cyclin-Dependent Kinase 2 pdb|1B39|A Chain ...
1OGU, 206, 2e-17, Chain A, Structure Of Human Thr160-Phospho Cdk2CYCLIN A CO...
1E9H, 206, 2e-17, Chain A, Thr 160 Phosphorylated Cdk2 - Human Cyclin A3 Com...
1JST, 206, 2e-17, Chain A, Phosphorylated Cyclin-Dependent Kinase-2 Bound To...
1WFC, 206, 2e-17, Structure Of Apo, Unphosphorylated, P38 Mitogen Activated ...
1QMZ, 206, 2e-17, Chain A, Phosphorylated Cdk2-Cyclyin A-Substrate Peptide C...
1DI8, 206, 2e-17, Chain A, The Structure Of Cyclin-Dependent Kinase 2 (Cdk2)...
1H1P, 206, 2e-17, Chain A, Structure Of Human Thr160-Phospho Cdk2CYCLIN A CO...
1DI9, 205, 2e-17, Chain A, The Structure Of P38 Mitogen-Activated Protein Ki...
1H4L, 202, 5e-17, Chain A, Structure And Regulation Of The Cdk5-P25(Nck5a) C...
C:\TEMP\Bdoc18b_888831_12060\ib9A0E24\0\tpe948340f\ex40921867\Kit.out
1PKG, 974, 1e-106, Chain A, Structure Of A C-Kit Kinase Product Complex pdb|1...
1VR2, 805, 6e-87, Chain A, Human Vascular Endothelial Growth Factor Receptor...
1GJO, 730, 3e-78, Chain A, The Fgfr2 Tyrosine Kinase Domain
1FGK, 700, 8e-75, Chain A, Crystal Structure Of The Tyrosine Kinase Domain O...
1OPL, 410, 4e-41, Chain A, Structural Basis For The Auto-Inhibition Of C-Abl...
1FVR, 405, 1e-40, Chain A, Tie2 Kinase Domain pdb|1FVR|B Chain B, Tie2 Kinas...
1M7N, 383, 5e-38, Chain A, Crystal Structure Of Unactivated Apo Insulin-Like...
1P4O, 383, 5e-38, Chain A, Structure Of Apo Unactivated Igf-1r Kinase Domain...
1JQH, 381, 8e-38, Chain A, Igf-1 Receptor Kinase Domain pdb|1JQH|B Chain B, ...
1QCF, 377, 2e-37, Chain A, Crystal Structure Of Hck In Complex With A Src Fa...
1K3A, 371, 1e-36, Chain A, Structure Of The Insulin-Like Growth Factor 1 Rec...
1I44, 368, 3e-36, Chain A, Crystallographic Studies Of An Activation Loop Mu...
1IRK, 367, 3e-36, Insulin Receptor (Tyrosine Kinase Domain) Mutant With Cys ...
1P14, 361, 2e-35, Chain A, Crystal Structure Of A Catalytic-Loop Mutant Of T...
1IR3, 361, 2e-35, Chain A, Phosphorylated Insulin Receptor Tyrosine Kinase I...
3LCK, 354, 1e-34, The Kinase Domain Of Human Lymphocyte Kinase (Lck), Activa...
1QPE, 354, 1e-34, Chain A, Structural Analysis Of The Lymphocyte-Specific Ki...
1QPD, 354, 1e-34, Chain A, Structural Analysis Of The Lymphocyte-Specific Ki...
1AD5, 348, 6e-34, Chain A, Src Family Kinase Hck-Amp-Pnp Complex pdb|1AD5|B ...
1KSW, 344, 2e-33, Chain A, Structure Of Human C-Src Tyrosine Kinase (Thr338g...
1FMK, 344, 2e-33, Crystal Structure Of Human Tyrosine-Protein Kinase C-Src p...
1BYG, 342, 3e-33, Chain A, Kinase Domain Of Human C-Terminal Src Kinase (Csk...
1M14, 335, 2e-32, Chain A, Tyrosine Kinase Domain From Epidermal Growth Fact...
1K2P, 294, 1e-27, Chain A, Crystal Structure Of Bruton's Tyrosine Kinase Dom...
1H4L, 167, 5e-13, Chain A, Structure And Regulation Of The Cdk5-P25(Nck5a) C...
1PME, 158, 6e-12, Structure Of Penta Mutant Human Erk2 Map Kinase Complexed ...
1F3M, 156, 1e-11, Chain C, Crystal Structure Of Human SerineTHREONINE KINASE...
C:\TEMP\Bdoc18b_888831_12060\ib9A0E24\0\tpe948340f\ex40921867\PDGFRA.out
1PKG, 625, 5e-66, Chain A, Structure Of A C-Kit Kinase Product Complex pdb|1...
1VR2, 550, 2e-57, Chain A, Human Vascular Endothelial Growth Factor Receptor...
1FGI, 500, 1e-51, Chain A, Crystal Structure Of The Tyrosine Kinase Domain O...
1GJO, 492, 1e-50, Chain A, The Fgfr2 Tyrosine Kinase Domain
1FVR, 419, 4e-42, Chain A, Tie2 Kinase Domain pdb|1FVR|B Chain B, Tie2 Kinas...
1QCF, 380, 1e-37, Chain A, Crystal Structure Of Hck In Complex With A Src Fa...
1QPE, 364, 9e-36, Chain A, Structural Analysis Of The Lymphocyte-Specific Ki...
1QPD, 364, 9e-36, Chain A, Structural Analysis Of The Lymphocyte-Specific Ki...
3LCK, 360, 2e-35, The Kinase Domain Of Human Lymphocyte Kinase (Lck), Activa...
1OPL, 358, 4e-35, Chain A, Structural Basis For The Auto-Inhibition Of C-Abl...
1FMK, 354, 1e-34, Crystal Structure Of Human Tyrosine-Protein Kinase C-Src p...
1KSW, 353, 2e-34, Chain A, Structure Of Human C-Src Tyrosine Kinase (Thr338g...
1AD5, 353, 2e-34, Chain A, Src Family Kinase Hck-Amp-Pnp Complex pdb|1AD5|B ...
1BYG, 352, 2e-34, Chain A, Kinase Domain Of Human C-Terminal Src Kinase (Csk...
1I44, 351, 3e-34, Chain A, Crystallographic Studies Of An Activation Loop Mu...
1IRK, 350, 4e-34, Insulin Receptor (Tyrosine Kinase Domain) Mutant With Cys ...
1M7N, 349, 5e-34, Chain A, Crystal Structure Of Unactivated Apo Insulin-Like...
1JQH, 349, 5e-34, Chain A, Igf-1 Receptor Kinase Domain pdb|1JQH|B Chain B, ...
1P4O, 349, 5e-34, Chain A, Structure Of Apo Unactivated Igf-1r Kinase Domain...
1P14, 344, 2e-33, Chain A, Crystal Structure Of A Catalytic-Loop Mutant Of T...
1IR3, 343, 2e-33, Chain A, Phosphorylated Insulin Receptor Tyrosine Kinase I...
1K3A, 338, 9e-33, Chain A, Structure Of The Insulin-Like Growth Factor 1 Rec...
1M14, 332, 4e-32, Chain A, Tyrosine Kinase Domain From Epidermal Growth Fact...
1K2P, 315, 4e-30, Chain A, Crystal Structure Of Bruton's Tyrosine Kinase Dom...
1PME, 167, 6e-13, Structure Of Penta Mutant Human Erk2 Map Kinase Complexed ...
1JOW, 155, 1e-11, Chain B, Crystal Structure Of A Complex Of Human Cdk6 And ...
1BI8, 155, 1e-11, Chain A, Mechanism Of G1 Cyclin Dependent Kinase Inhibitio...
1F3M, 150, 6e-11, Chain C, Crystal Structure Of Human SerineTHREONINE KINASE...
'
Это код для MW_parse:
type MW_parse.pl
#!/usr/bin/perl
use Bio::SearchIO;
use strict;
use 5.006;
# A sample BLAST parsing program based on the SearchIO.pm Bioperl module. Takes
# a list of BLAST report files and prints a list of the top hits from each
# report based on an arbitrary minimum score.
# Copyright 2003-2012 The MathWorks, Inc.
# Set a cutoff value for the raw score.
my $min_score = 100;
# Take each report name and print information about the top hits.
my $seq_count = 0;
while ( defined($ARGV[0])) {
my $breport = shift @ARGV;
print "\n$breport\n";
my $in = new Bio::SearchIO(-format => 'blast',
-file => $breport);
my $num_hit = 0;
my $short_desc;
while ( my $result = $in->next_result) {
while ( my $curr_hit = $result->next_hit ) {
if ( $curr_hit->raw_score >= $min_score ) {
if (length($curr_hit->description) >= 60) {
$short_desc = substr($curr_hit->description, 0, 58)."...";
} else {
$short_desc = $curr_hit->description;
}
print $curr_hit->accession, ", ",
$curr_hit->raw_score, ", ",
$curr_hit->significance, ", ",
$short_desc, "\n";
}
$num_hit++;
}
}
$seq_count++;
}
Вызов функций MATLAB в программах Perl
Если вы работаете в Windows ®, можно также вызвать функции MATLAB из Perl. Можно запустить MATLAB в режиме сервера автоматизации, используя переключатель/Automation в команде запуска MATLAB (например, D :\applications\matlab7x\bin\matlab.exe/Automation).
Вот скрипт, чтобы проиллюстрировать процесс запуска сервера автоматизации, вызова функций MATLAB и передачи переменных между Perl и MATLAB.
type MATLAB_from_Perl.pl
#!/usr/bin/perl -w
use Win32::OLE;
use Win32::OLE::Variant;
# Simple perl script to execute commands in Matlab.
# Note the name Win32::OLE is misleading and this actually uses COM!
#
# Use existing instance if Matlab is already running.
eval {$matlabApp = Win32::OLE->GetActiveObject('Matlab.Application')};
die "Matlab not installed" if $@;
unless (defined $matlabApp) {
$matlabApp = Win32::OLE->new('Matlab.Application')
or die "Oops, cannot start Matlab";
}
# Examples of executing MATLAB commands - these functions execute in
# MATLAB and return the status.
@exe_commands = ("IRK = pdbread('pdb1irk.ent');",
"LCK = pdbread('pdb3lck.ent');",
"seqdisp(IRK)",
"seqdisp(LCK)",
"[Score, Alignment] = swalign(IRK, LCK,'showscore',1);");
# send the commands to Matlab
foreach $exe_command (@exe_commands)
{ $status = &send_to_matlab('Execute', $exe_command);
print "Matlab status = ", $status, "\n";
}
sub send_to_matlab
{ my ($call, @command) = @_;
my $status = 0;
print "\n>> $call( @command )\n";
$result = $matlabApp->Invoke($call, @command);
if (defined($result))
{ unless ($result =~ s/^.\?{3}/Error:/)
{ print "$result\n" unless ($result eq "");
}
else
{ print "$result\n";
$status = -1;
}
}
return $status;
}
# Examples of passing variables between MATLAB and Perl.
#
# MATLAB supoprts passing character arrays directly with the following syntax:
#
# PutCharArray([in] BSTR name, [in] BSTR workspace, [in] BSTR string);
# GetCharArray([in] BSTR name, [in] BSTR workspace, [out] BSTR string);
&send_to_matlab('PutCharArray', 'centralDogma', 'base', 'DNA->RNA->Protein.');
&send_to_matlab('GetCharArray', 'centralDogma', 'base');
# Numeric arrays can be passed by reference in a SAFEARRAY using the
# PutFullMatrix and GetFullMatrix functions.
#
# PutFullMatrix([in] BSTR name, [in] BSTR workspace, [in] BSTR data);
# GetFullMatrix([in] BSTR varname, [in] BSTR workspace, [out] BSTR retdata);
$mReal = Variant(VT_ARRAY|VT_R8, 4, 4);
$mImag = Variant(VT_ARRAY|VT_R8, 4, 4);
$mReal->Put([[0,0,0,0], [0,0,0,0], [0,0,0,0], [0,0,0,0]]);
print "\n>> PutFullMatrix( 'magicArray', 'base', ",'$mReal, $mImag'," )\n";
$matlabApp->PutFullMatrix('magicArray', 'base', $mReal, $mImag);
$matlabApp->Execute('magicArray = magic(4)');
$m2Real = Variant(VT_ARRAY|VT_R8|VT_BYREF,4,4);
$m2Imag = Variant(VT_ARRAY|VT_R8|VT_BYREF,4,4);
print "\n>> GetFullMatrix( 'magicArray', 'base', ",'$m2Real, $m2Imag'," )\n";
$matlabApp->GetFullMatrix('magicArray', 'base', $m2Real, $m2Imag);
for ($i = 0; $i < 4; $i++) {
printf "%3d %3d %3d %3d\n", $m2Real->Get($i,0), $m2Real->Get($i,1),
$m2Real->Get($i,2), $m2Real->Get($i,3);
}
# Additionally, you can use Variants to send scalar variables by reference
# to MATLAB for all data types except sparse arrays and function handles through
# PutWorkspaceData:
# PutWorkspaceData([in] BSTR name, [in] BSTR workspace, [in] BSTR data);
#
# Results are passed back to Perl directly with GetVariable:
# HRESULT = GetVariable([in] BSTR Name, [in] BSTR Workspace);
# Create and initialize a date Variant.
$dnaDate = Variant->new(VT_DATE|VT_BYREF, 'Feb 28, 1953');
&send_to_matlab('PutWorkspaceData', 'dnaDate', 'base', $dnaDate);
&send_to_matlab('Execute', 'dnaDate');
# Create and initialize a new string Variant.
$aminoString = Variant->new(VT_BSTR|VT_BYREF, 'matlap');
&send_to_matlab('PutWorkspaceData', 'aminoAcids', 'base', $aminoString);
# Change the value in MATLAB
&send_to_matlab('Execute', "aminoAcids = 'ARNDCQEGHILKMFPSTWYV';");
# Bring the new value back
$aa = $matlabApp->GetVariable('aminoAcids', 'base');
printf "Amino acid codes: %s\n", $aa;
undef $matlabApp; # close Matlab if we opened it
Инструменты анализа белка в Bioinformatics Toolbox™
MATLAB предлагает дополнительные инструменты для анализа белка и дальнейших исследований с этими белками. Для примера, чтобы получить доступ к последовательностям и провести полное выравнивание Смита-Уотермана в области тирозинкиназы рецептора инсулина человека (PDB 1IRK) и области киназы киназы лимфоцита человека (PDB 3LCK), загрузите данные последовательности:
IRK = pdbread('pdb1irk.ent'); LCK = pdbread('pdb3lck.ent'); % Run these commands to bring the data from the Internet: % IRK = getpdb('1IRK'); % LCK = getpdb('3LCK');
Теперь выполните локальное выравнивание с алгоритмом Смита-Уотермана. MATLAB использует BLOSUM 50 как матрицу оценки по умолчанию для строк AA с разрывом в 8. Конечно, можно изменить любой из этих параметров.
[Score, Alignment] = swalign(IRK, LCK, 'showscore', true);
MATLAB и Bioinformatics Toolbox™ предлагают дополнительные инструменты для исследования нуклеотидных и аминокислотных последовательностей. Например, pdbdistplot отображает расстояния между атомами и аминокислотами в структуре PDB, в то время как ramachandran генерирует график угла кручения PHI и угла кручения PSI белковой последовательности. Функция toolbox proteinplot обеспечивает графический пользовательский интерфейс (GUI) для легкого импорта последовательностей и построения графиков различных свойств, таких как гидрофобность.