Анализ белка и аминокислотной последовательности
Вычислите и интерактивно исследуйте статистику аминокислотных последовательностей; вычислить свойства последовательности; найти ферменты расщепления
Приложения
| Sequence Viewer | Визуализация и интерактивное исследование биологических последовательностей |
Функции
aacount | Подсчет аминокислот в последовательности |
codonbias | Вычислите частоту кодона для каждой аминокислоты, закодированной в нуклеотидной последовательности |
codoncount | Количество кодонов в нуклеотидной последовательности |
nmercount | Количество n-меров в нуклеотидной или аминокислотной последовательности |
seqwordcount | Количество вхождений слова в последовательности |
aa2nt | Преобразуйте аминокислотную последовательность в нуклеотидную |
nt2aa | Преобразование нуклеотидной последовательности в аминокислотную |
aa2int | Преобразуйте аминокислотную последовательность из буквы в целое число |
int2aa | Преобразуйте аминокислотную последовательность из целого числа в буквенное представление |
revgeneticcode | Верните обратное отображение (аминокислоту в нуклеотидный кодон) для генетического кода |
aminolookup | Найдите аминокислотные коды, целые числа, сокращения, имена и кодоны |
geneticcode | Возврат нуклеотидного кодона к аминокислотному отображению для генетического кода |
atomiccomp | Вычислите атомарный состав белка |
isoelectric | Оцените изоэлектрическую точку для аминокислотной последовательности |
isotopicdist | Вычислите массовое распределение изотопов высокого разрешения и функцию плотности |
molweight | Вычислите молекулярную массу аминокислотной последовательности |
seqviewer | Визуализация и интерактивное исследование биологических последовательностей |
seqdisp | Формат выхода длинной последовательности для простого просмотра |
seqshoworfs | Отобразите открытые системы координат последовательно |
proteinplot | Откройте окно Protein Plot для исследования свойств аминокислотной последовательности |
proteinpropplot | Графические свойства аминокислотной последовательности |
ramachandran | Постройте график Рамачандрана для данных Protein Data Bank (PDB) |
seqconsensus | Вычислите консенсусную последовательность |
seqdotplot | Создайте точечный график из двух последовательностей |
seqlogo | Отобразите логотип последовательности для нуклеотидных или аминокислотных последовательностей |
seqprofile | Вычислите профиль последовательности из набора умноженных выровненных последовательностей |
seqinsertgaps | Вставьте зазоры в нуклеотидную или аминокислотную последовательность |
cleave | Расщепите аминокислотную последовательность ферментом |
cleavelookup | Найдите правило расщепления для фермента или соединения |
seq2regexp | Преобразуйте последовательность с неоднозначными символами в регулярное выражение |
featureparse | Функции анализа из данных GenBank, GenPept или EMBL |
randseq | Сгенерируйте случайную последовательность из конечного алфавита |
seqmatch | Поиск совпадений для каждого вектора символов в библиотеке |
Темы
Исследуйте последовательность белка с помощью приложения Sequence Viewer
Используйте Biological Sequence Viewer, чтобы исследовать белковые последовательности
Сравнение последовательностей с использованием алгоритмов Sequence Alignment
Определение подобия между двумя последовательностями является общей задачей в вычислительной биологии.
Можно использовать набор методов анализа белка, чтобы извлечь информацию из ваших данных.
Утилиты и статистика последовательности
Можно манипулировать и анализировать свои последовательности, чтобы получить более глубокое понимание физических, химических и биологических характеристик ваших данных.
