getFullLevel

Получите все данные на одном уровне большого изображения

Описание

I = getFullLevel(bigimg) считывает данные больших изображений в bigimg на самом грубом уровне разрешения и возвращает изображение с одним разрешением I.

пример

I = getFullLevel(bigimg,level) считывает данные больших изображений в bigimg на заданном уровне разрешения и возвращает изображение с одним разрешением I.

Примеры

свернуть все

Создайте заблокированное изображение с помощью измененной версии изображения «tumor_091.tif» из CAMELYON16 набора данных. Оригинальное изображение представляет собой обучающее изображение лимфатического узла, содержащего опухолевую ткань. Оригинальное изображение имеет восемь уровней разрешения, а лучшее - разрешение 53760 на 61440. Измененное изображение имеет только три уровня грубого разрешения. Пространственная привязка измененного изображения была скорректирована, чтобы обеспечить согласованное соотношение сторон и зарегистрировать функции на каждом уровне.

bim = blockedImage('tumor_091R.tif');

Отобразите все заблокированное изображение на самом высоком уровне разрешения. Отображение сетки контуров блоков.

bshow = bigimageshow(bim,'ResolutionLevel','fine',...
    'GridVisible','on','GridLevel',1);

Создайте маску самого грубого уровня разрешения.

Сначала получите изображение с одним разрешением самого грубого уровня разрешения. По умолчанию gather получает данные с самого грубого уровня разрешения.

imcoarse = gather(bim);
% Convert the coarse image to grayscale.
graycoarse = rgb2gray(imcoarse);
% Binarize the grayscale image. In the binarized image, the object of
% interest is black and the background is white.
bwcoarse = imbinarize(graycoarse);
% Take the complement of the binarized image. The resulting mask follows
% the convention in which the object of interest is white and the
% background is black.
mask = imcomplement(bwcoarse);

Создайте заблокированное изображение, содержащее маску.

Используйте ту же пространственную ссылку, что и исходное заблокированное изображение. Определите самый грубый уровень разрешения и соберите пространственную ссылочную информацию заблокированного изображения в первых двух размерностях на этом уровне.

coarsestLevel = bim.NumLevels;
originalWorldStartcoarsest = bim.WorldStart(coarsestLevel,1:2);
originalWorldEndcoarsest = bim.WorldEnd(coarsestLevel,1:2);
%
% Create the blocked image for the mask.
bmask = blockedImage(mask,'WorldStart',originalWorldStartcoarsest,...
   'WorldEnd',originalWorldEndcoarsest);

Отобразите изображение маски.

figure
bigimageshow(bmask);

Наложите маску на исходное заблокированное изображение. Чтобы выделить все блоки, которые содержат по крайней мере один ненулевой пиксель маски, задайте порог включения 0.

showmask(bshow,bmask,'InclusionThreshold',0);

Входные параметры

свернуть все

Большое изображение, заданное как bigimage объект.

Уровень разрешения, заданный как положительное целое число, которое меньше или равно количеству уровней разрешения bigimg. Уровнем по умолчанию является самый грубый уровень разрешения, bigimg.CoarsestResolutionLevel.

Выходные аргументы

свернуть все

Изображение с одним разрешением, возвращаемое как числовой массив.

Совет

  • Проверьте LevelSizes свойство входного большого изображения bigimg чтобы подтвердить, что размер данных изображений на заданном уровне достаточно мал, чтобы помещаться в памяти.

См. также

| | |

Введенный в R2019b