(Не рекомендуемый) Внеядерная обработка очень больших изображений
The bigimage не рекомендуемый объект. Используйте blockedImage вместо этого объект. Для получения дополнительной информации см. раздел Вопросов совместимости.
A bigimage объект хранит информацию о большом файле изображений TIFF и данных изображений, которые он содержит. A bigimage представляет изображения как меньшие блоки данных, которые могут быть независимо загружены и обработаны.
Использование bigimage объект для визуализации и обработки изображений, которые являются слишком большими, чтобы помещаться в памяти, или при обработке изображения требуется больше памяти, чем доступно. Кроме того, объект может:
Чтение, обработка и отображение изображений на разных нескольких уровнях разрешения (пирамиды изображений).
Считайте произвольные области изображения.
Чтение, установка и запись блоков данных.
Для больших изображений с несколькими уровнями разрешения самым низким или самым грубым уровнем разрешения является уровень, где каждый пиксель занимает наибольшую площадь. Самый высокий или лучший уровень разрешения является уровнем, где каждый пиксель покрывает наименьшую область.
bigimg = bigimage( создает filename)bigimage объект из файла больших изображений с именем filename.
bigimg = bigimage( создает dirname)bigimage объект из директории с именем dirname содержащие файлы с данными больших изображений.
bigimg = bigimage( создает varname)bigimage объект из переменной varname в рабочей области.
bigimg = bigimage(spatialReferencing,channels,classUnderlying) создает записываемую bigimage Объект и устанавливает свойства SpatialReferencing, Channels и ClassBaslying без инициализации данных изображения.
bigimg = bigimage(levelSizes,channels,classUnderlying) создает записываемую bigimage Объект и устанавливает свойства LevelSizes, Channels и ClassBaslying без инициализации данных изображения.
bigimg = bigimage(___,'Classes',classes,'PixelLabelIDs',pixelLabelIDs) создает bigimage объект с категориальными данными. Задайте имена классов с помощью свойства Classes и отображения значений пиксельных меток изображений с категориальными именами классов с помощью свойства PixelLabelIDs.
bigimg = bigimage(___,Name,Value) использует пары "имя-значение", чтобы задать один или несколько свойств BlockSize, SpatialReferencing, UndefinedID, UnloadedValue. Можно задать несколько пары "имя-значение". Заключайте каждое имя свойства в кавычки.
Для примера, bigimage(bigfile,'BlockSize',[256 256],'UnloadedValue',128) создает большое изображение из файла bigfile который имеет размер блока 256 на 256 пикселей и значение пикселя по умолчанию 128.
apply | Обработка блоков большого изображения |
isequal | Сравните два bigimages для равенства |
getBlock | Считайте блок большого изображения |
getFullLevel | Получите все данные на одном уровне большого изображения |
getRegion | Считайте произвольную область большого изображения |
setBlock | Поместите данные в определенный блок большого изображения |
write | Запись bigimage содержимое в новый файл |
Создайте заблокированное изображение с помощью измененной версии изображения «tumor_091.tif» из CAMELYON16 набора данных. Оригинальное изображение представляет собой обучающее изображение лимфатического узла, содержащего опухолевую ткань. Оригинальное изображение имеет восемь уровней разрешения, а лучшее - разрешение 53760 на 61440. Измененное изображение имеет только три уровня грубого разрешения. Пространственная привязка измененного изображения была скорректирована, чтобы обеспечить согласованное соотношение сторон и зарегистрировать функции на каждом уровне.
bim = blockedImage('tumor_091R.tif');
Отобразите все заблокированное изображение на самом высоком уровне разрешения. Отображение сетки контуров блоков.
bshow = bigimageshow(bim,'ResolutionLevel','fine',... 'GridVisible','on','GridLevel',1);
Создайте маску самого грубого уровня разрешения.
Сначала получите изображение с одним разрешением самого грубого уровня разрешения. По умолчанию gather получает данные с самого грубого уровня разрешения.
imcoarse = gather(bim); % Convert the coarse image to grayscale. graycoarse = rgb2gray(imcoarse); % Binarize the grayscale image. In the binarized image, the object of % interest is black and the background is white. bwcoarse = imbinarize(graycoarse); % Take the complement of the binarized image. The resulting mask follows % the convention in which the object of interest is white and the % background is black. mask = imcomplement(bwcoarse);
Создайте заблокированное изображение, содержащее маску.
Используйте ту же пространственную ссылку, что и исходное заблокированное изображение. Определите самый грубый уровень разрешения и соберите пространственную ссылочную информацию заблокированного изображения в первых двух размерностях на этом уровне.
coarsestLevel = bim.NumLevels; originalWorldStartcoarsest = bim.WorldStart(coarsestLevel,1:2); originalWorldEndcoarsest = bim.WorldEnd(coarsestLevel,1:2); % % Create the blocked image for the mask. bmask = blockedImage(mask,'WorldStart',originalWorldStartcoarsest,... 'WorldEnd',originalWorldEndcoarsest);
Отобразите изображение маски.
figure bigimageshow(bmask);
Наложите маску на исходное заблокированное изображение. Чтобы выделить все блоки, которые содержат по крайней мере один ненулевой пиксель маски, задайте порог включения 0.
showmask(bshow,bmask,'InclusionThreshold',0);
Вы можете записать в bigimage объекты, которые создаются с использованием синтаксиса SpatialReferencing или LevelSizes. Напишите этим bigimage объектов при помощи setBlock функция. Вы не можете записать в bigimage объекты, которые создаются с использованием filename, dirname, или varname синтаксисы.
A bigimage объект использует свойство UnloadedValue в двух ситуациях. Первая ситуация, когда вы создаете записываемое bigimage объект. Блоки записываемого bigimage для объекта задано значение UnloadedValue пока вы не запишете блока данные при помощи setBlock функция. Вторая ситуация, когда apply функция останавливает обработку блоков bigimage объект перед обработкой всех блоков.
[1]
bigimageshow | blockedImage | blockedImageDatastore | blockLocationSet | selectBlockLocations