bigimageshow
Отобразите 2-D blockedImage объект
Описание
A bigimageshow объект отображает данные из blockedImage объект. The bigimageshow объект постепенно загружает данные изображения на основе экстентов изображения и разрешения экрана.
Создание
Синтаксис
Описание
bigimageshow( отображает 2-D заблокированное изображение bim)bim.
Для категориальных данных, bigimageshow устанавливает палитру осей на parula. Для числовых данных, gray является палитрой по умолчанию.
b = bigimageshow(___) возвращает bigimageshow b объекта. Использование b для изменения настроек отображения после отображения заблокированного изображения.
b = bigimageshow(___,Name,Value)
Для примера, bigimageshow(bim,'GridVisible','on','GridLineStyle',':') отображает заблокированное изображение, bim, и накладывает пунктирные линии сетки.
Входные параметры
Свойства
Parent - Родительские оси bigimageshow объект
gca (по умолчанию) | axes объект
Родительские оси bigimageshow объект, заданный как axes объект. Если вы не задаете родительский элемент, bigimageshow использует указатель на текущую фигуру, gca. Если рисунок не существует, bigimageshow создает новый рисунок.
CData - 2-D blockedImage объект для отображения
blockedImage объект
2-D blockedImage объект к отображению, заданный как blockedImage объект.
CDataMapping - Метод отображения цветовых данных
'direct' (по умолчанию) | 'scaled'
Метод отображения цветовых данных, заданный как 'direct' или 'scaled'. Используйте это свойство для управления отображением значений цветовых данных в CData в палитру. CData должен быть вектором или матрицей, определяющей индексированные цвета. Это свойство не влияет, если CData является трехмерным массивом, определяющим цвета RGB.
Методы имеют следующие эффекты:
'direct'- Интерпретируйте значения как индексы в текущую палитру. Значения с десятичным фрагментом фиксируются к ближайшему нижнему целому числу.Если значения имеют тип
doubleилиsingle, значения1или меньше сопоставить с первым цветом в палитре. Значения, равные или больше длины карты палитры до последнего цвета в палитре.Если значения имеют тип
uint8,uint16,uint32,uint64,int8,int16,int32, илиint64, значения0или меньше сопоставить с первым цветом в палитре. Значения, равные или больше длины карты палитры до последнего цвета в палитре (или до пределов области значений типа).Если значения имеют тип
logical, значения0сопоставить с первым цветом в палитре и значениями1сопоставить со вторым цветом в палитре.
'scaled'- Масштабируйте значения в диапазоне между минимальным и максимальным пределами цвета. TheCLimсвойство осей содержит пределы цвета.
AlphaData - Данные о прозрачности
1 (по умолчанию) | числовой скалярный |
blockedImage
Данные прозрачности, указанные в одной из следующих форм:
Числовой скаляр - Использование последовательной прозрачности по всему изображению.
2-D
blockedImageобъект - Данные прозрачности должны иметь те же строки и столбцы, что иCData2-DblockedImageобъект. Заблокированное изображение может иметь несколько уровней разрешения, в этом случаеbigimageshowвыбирает ближайший к текущему уровнюResolutionLevelдля отображения.
The AlphaDataMapping свойство управляет тем, как MATLAB® интерпретирует значения альфа данных прозрачности.
Пример: 0.5
Типы данных: single | double | int8 | int16 | int32 | int64 | uint8 | uint16 | uint32 | uint64 | logical
AlphaDataMapping - Интерпретация AlphaData значения
'none' (по умолчанию) | 'scaled' | 'direct'
Интерпретация AlphaData значения, заданные в качестве одного из следующих значений:
'none'- Интерпретируйте значения как значения прозрачности. Значение 1 или больше полностью непрозрачно, значение 0 или менее полностью прозрачно, а значение от 0 до 1 полупрозрачно.'scaled'- Отобразите значения в альфа-карту рисунка. Минимальные и максимальные альфа- пределы осей определяют значения альфа- данных, которые сопоставлены с первым и последним элементами альфа-карты, соответственно. Для примера, если альфа- пределы[3 5], альфа- данные значения меньше или равны3сопоставить с первым элементом в альфа-карте. Значения альфа- данных, большие или равные5сопоставить с последним элементом в альфа-карте. TheALimсвойство осей содержит альфа- пределы. TheAlphamapсвойство рисунка содержит альфа-карту.'direct'- Интерпретируйте значения как индексы в альфа-карту рисунка. Значения с десятичным фрагментом фиксируются к ближайшему нижнему целому числу:Если значения имеют тип
doubleилиsingle, значения 1 или менее сопоставляются с первым элементом альфа-карты. Значения, равные или большие длины альфа-карты последнего элемента альфа-карты.Если значения имеют целое число типов, значения 0 или менее сопоставляются с первым элементом альфа-карты. Значения, равные или большие длины альфа-карты последнего элемента альфа-карты (или до пределов области значений типа). Целые типы
uint8,uint16,uint32,uint64,int8,int16,int32, иint64.Если значения имеют тип
logical, значения0сопоставить с первым элементом в альфа-карте и значениями1сопоставить со вторым элементом в альфа-карте.
ResolutionLevel - Уровень разрешения
положительное целое число | 'fine' | 'coarse'
Уровень разрешения 2-D blockedImage объект к отображению, заданный как положительное целое число, которое идентифицирует уровень разрешения 2-D blockedImage объект в свойстве CData. Уровень разрешения также может быть задан как 'fine' или 'coarse' соответствующий этим двум пределам. Значение по умолчанию вычисляется на основе доступного пространства и разрешения экрана.
ResolutionLevelMode - Режим выбора для уровня разрешения
'auto' (по умолчанию) | 'manual'
Режим выбора для уровня разрешения, заданный как одно из следующих значений:
'auto'- Автоматически выберите уровень разрешения на основе родительских осей и доступного размера экрана.'manual'- Вручную задайте уровень разрешения путем установкиResolutionLevelсвойство.
GridVisible - Видимость сетки
'off' (по умолчанию) | 'on'
Видимость сетки, заданная как 'off' или 'on'. bigimageshow помещает сетку в мировые единицы измерения, чтобы включать столько пикселей, сколько задано CData. BlockSize на текущей GridResolutionLevel.
GridLevel - Уровень разрешения заблокированного изображения, при котором можно показать сетку
положительное целое число | 'fine' | 'coarse'
Уровень разрешения заблокированного изображения, при котором можно показать сетку, заданный как одно из следующих значений:
положительное целое число - Отображает сетку, заданную как числовой скаляр, который идентифицирует уровень разрешения 2-D
blockedImageобъект в свойстве CData. Значение находится между 1 и значениемNumLevelsсвойство заблокированного изображения вbigimageshowCDataсвойство.'fine'- отображение сетки на самом высоком уровне разрешения.'coarse'- отображение сетки на самом грубом уровне разрешения.
По умолчанию GridLevel имеет то же значение что и ResolutionLevel свойство.
GridLevelMode - Режим выбора для уровня сети
'auto' (по умолчанию) | 'manual'
Режим выбора для уровня сети, заданный как одно из следующих значений:
'auto'- Выберите уровень разрешения сетки, чтобы соответствовать уровню разрешения данныхResolutionLevel.'manual'- Вручную задайте уровень разрешения сетки путем установкиGridLevelсвойство.
GridColor - Цвет линии сетки
'blue' (по умолчанию) | триплет RGB | шестнадцатеричный код цвета | название цвета | короткое название цвета
Цвет линии сетки, заданный как триплет RGB, шестнадцатеричный код цвета, название цвета или короткое название цвета. Чтобы отобразить линии сетки, установите GridVisible свойство к 'on'.
Для пользовательского цвета укажите триплет RGB или шестнадцатеричный код цвета.
Триплет RGB представляет собой трехэлементный вектор-строку, элементы которого определяют интенсивность красных, зеленых и синих компонентов цвета. Интенсивность должна быть в области значений
[0,1]; для примера,[0.4 0.6 0.7].Шестнадцатеричный код цвета - это вектор символов или строковый скаляр, который начинается с хэш-символа (
#), за которым следуют три или шесть шестнадцатеричных цифр, которые могут варьироваться от0наF. Значения не зависят от регистра. Таким образом, цветовые коды'#FF8800','#ff8800','#F80', и'#f80'являются эквивалентными.
Кроме того, вы можете задать имена некоторых простых цветов. В этой таблице перечислены именованные опции цвета, эквивалентные триплеты RGB и шестнадцатеричные цветовые коды.
| Название цвета | Краткое имя | Триплет RGB | Шестнадцатеричный цветовой код | Внешность |
|---|---|---|---|---|
'red' | 'r' | [1 0 0] | '#FF0000' |
|
'green' | 'g' | [0 1 0] | '#00FF00' |
|
'blue' | 'b' | [0 0 1] | '#0000FF' |
|
'cyan' | 'c' | [0 1 1] | '#00FFFF' |
|
'magenta' | 'm' | [1 0 1] | '#FF00FF' |
|
'yellow' | 'y' | [1 1 0] | '#FFFF00' |
|
'black' | 'k' | [0 0 0] | '#000000' |
|
'white' | 'w' | [1 1 1] | '#FFFFFF' |
|
Вот триплеты RGB и шестнадцатеричные цветовые коды для цветов по умолчанию, которые MATLAB использует во многих типах графиков.
| Триплет RGB | Шестнадцатеричный цветовой код | Внешность |
|---|---|---|
[0 0.4470 0.7410] | '#0072BD' |
|
[0.8500 0.3250 0.0980] | '#D95319' |
|
[0.9290 0.6940 0.1250] | '#EDB120' |
|
[0.4940 0.1840 0.5560] | '#7E2F8E' |
|
[0.4660 0.6740 0.1880] | '#77AC30' |
|
[0.3010 0.7450 0.9330] | '#4DBEEE' |
|
[0.6350 0.0780 0.1840] | '#A2142F' |
|
Пример: b.GridColor = [1 0 0]
Пример: b.GridColor = 'r'
Пример: b.GridColor = 'red'
Пример: b.GridColor = '#FF0000'
GridAlpha - Прозрачность линии сетки
0.8 (по умолчанию) | значение в области значений [0,1]
Прозрачность линии сетки, заданная как значение в области значений [0, 1]. Значение 1 означает полностью непрозрачный и значение 0 означает полностью прозрачный. Чтобы отобразить линии сетки, установите GridVisible свойство к 'on'.
Пример: b.GridAlpha = 0.5
GridLineWidth - Ширина линии сетки
1 (по умолчанию) | положительное числовое значение
Ширина линии сетки, заданная как положительное числовое значение, измеренная в точках. Чтобы отобразить линии сетки, установите GridVisible свойство к 'on'.
GridLineStyle - Стиль линии сетки
'-' (по умолчанию) | '--' | ':' | '-.'
Стиль линии сетки, заданный как один из стилей линии в этой таблице.
| Стиль линии | Описание | Результирующая линия |
|---|---|---|
'-' | Сплошная линия |
|
'--' | Штриховая линия |
|
':' | Пунктирная линия |
|
'-.' | Штрих-точка линия |
|
Чтобы отобразить линии сетки, установите GridVisible свойство к 'on'.
Пример: b.GridLineStyle = '--'
Interpolation - Метод интерполяции
'linear' (по умолчанию) | 'nearest'
Метод интерполяции, используемый для повторного сбора пикселей, заданный как 'linear' для билинейной интерполяции или 'nearest' для интерполяции по ближайшему соседу.
Для категориальных данных, bigimageshow поддерживает только интерполяцию по ближайшему соседу. Для логических данных значение по умолчанию является 'nearest'.
В системах Windows с программной версией OpenGL единственным поддерживаемой опцией интерполяции является 'nearest'.
Visible - Управляйте видимостью изображения
'on' (по умолчанию) | 'off'
Управляйте видимостью изображения, заданной в качестве одного из следующих значений:
'on'- Отобразитеbigimageshowобъект.'off'- Скрыть объект, не удаляя его. Вы по-прежнему можете получить доступ к свойствам невидимого объекта.
Функции объекта
Примеры
Визуализация 2-D заблокированного изображения с различными уровнями разрешения
Создайте заблокированное изображение с помощью измененной версии изображения «tumor_091.tif» из CAMELYON16 набора данных. Оригинальное изображение представляет собой обучающее изображение лимфатического узла, содержащего опухолевую ткань. Оригинальное изображение имеет восемь уровней разрешения, а лучшее - разрешение 53760 на 61440. Измененное изображение имеет только три уровня грубого разрешения. Пространственная привязка измененного изображения была скорректирована, чтобы обеспечить согласованное соотношение сторон и зарегистрировать функции на каждом уровне.
bim = blockedImage('tumor_091R.tif');
Отобразите заблокированное изображение.
h = bigimageshow(bim);
Изменение масштаба области изображения.
xlim([2100, 2600]) ylim([1800 2300])
Чтобы просмотреть изображение на различных уровнях разрешения, задайте новое значение для свойства ResolutionLevel. Пределы по осям остаются прежними, но bigimageshow обеспечивает правильный размер изображений с других уровней. Когда вы задаете ResolutionLevel , а ResolutionLevelMode изменения значений на 'manual' автоматически.
h.ResolutionLevel = 3; pause(1); h.ResolutionLevel = 2; pause(1); h.ResolutionLevel = 1; pause(1);
Визуализация blockedImage с линиями сетки, указывающими блоки
Создайте заблокированное изображение из примера изображения, включенного в тулбокс.
bim = blockedImage('tumor_091R.tif','BlockSize', [128 128]);
Отобразите заблокированное изображение с bigimageshow, указав, что вы хотите, чтобы сетка была видна, на самом высоком уровне разрешения. Также задайте цвет, ширину и прозрачность.
h = bigimageshow(bim,... 'GridVisible','on', 'GridLevel', 1,... 'GridLineWidth', 2, 'GridColor','k','GridAlpha',0.3);
Проверьте маску с помощью Alpha Слоя
bim = blockedImage('tumor_091R.tif');
Создайте грубую маску.
bmask = apply(bim, @(im)im2gray(im.Data)<120, "Level", 3);
Наложите маску как альфа- слой.
ha1 = subplot(1,2,1); h = bigimageshow(bim); h.AlphaData = bmask; h.AlphaDataMapping = 'direct'; alphamap([0.4 1]) h.Parent.Color = 'r';
Независимо визуализируйте маску.
ha2 = subplot(1,2,2); bigimageshow(bmask); linkaxes([ha1, ha2]);
Улучшите создание маски с помощью InclusionThreshold и BlockSize
Создайте заблокированное изображение с помощью измененной версии изображения «tumor_091.tif» из CAMELYON16 набора данных. Оригинальное изображение представляет собой обучающее изображение лимфатического узла, содержащего опухолевую ткань. Оригинальное изображение имеет восемь уровней разрешения, а лучшее - разрешение 53760 на 61440. Измененное изображение имеет только три уровня грубого разрешения. Пространственная привязка измененного изображения была скорректирована, чтобы обеспечить согласованное соотношение сторон и зарегистрировать функции на каждом уровне.
bim = blockedImage('tumor_091R.tif');
Создайте маску с использованием самого грубого уровня разрешения заблокированного изображения.
bmask = apply(bim, @(im)im2gray(im.Data)<120, "Level", 3);
Отобразите заблокированное изображение с маской.
h = bigimageshow(bim); showmask(h, bmask);
Экспериментируйте с различными порогами включения и размерами блоков, чтобы лучше подгонять маску по окрашенной области. По умолчанию порог включения составляет 0,5.
showmask(h, bmask, 'InclusionThreshold', 0.2); showmask(h, bmask, 'InclusionThreshold', 0); showmask(h, bmask, 'InclusionThreshold', 0.06);
Измените размер блока, чтобы получить более плотную подгонку.
showmask(h, bmask, 'InclusionThreshold', 0.06, 'BlockSize', [256 256]); showmask(h, bmask, 'InclusionThreshold', 0.14, 'BlockSize', [256 256]);
Когда вы удовлетворены маской, используйте ее, чтобы сегментировать лимфатический узел.
bls = selectBlockLocations(bim,'BlockSize', [256 256],... 'Mask', bmask, 'InclusionThreshold', 0.14); bregion = apply(bim, @(im)im.Data, 'BlockLocationSet', bls); figure bigimageshow(bregion);
Отображение заблокированного изображения с наложением меток
Создайте заблокированное изображение с помощью измененной версии изображения «tumor_091.tif» из CAMELYON16 набора данных. Оригинальное изображение представляет собой обучающее изображение лимфатического узла, содержащего опухолевую ткань. Оригинальное изображение имеет восемь уровней разрешения, а лучшее - разрешение 53760 на 61440. Измененное изображение имеет только три уровня грубого разрешения. Пространственная привязка измененного изображения была скорректирована, чтобы обеспечить согласованное соотношение сторон и зарегистрировать функции на каждом уровне.
bim = blockedImage('tumor_091R.tif');
Создайте изображение метки на грубом уровне.
cim = gather(bim); cgim = im2gray(cim); numClasses = 4; thresh = multithresh(cgim, numClasses-1); labels = imquantize(cgim, thresh); imagesc(labels) axis square title('Coarse label image');
Преобразуйте изображение меток назад в blockedImage, используя те же пространственные ссылки, что и оригинальное изображение.
blabels = blockedImage(labels,'WorldStart',bim.WorldStart(3,1:2),... 'WorldEnd', bim.WorldEnd(3,1:2));
Отображение исходного blockedImage.
figure hB = bigimageshow(bim);
Наложите изображение меток на исходное заблокированное изображение на новой оси. Используйте интерполяцию, чтобы убедиться, что метки имеют четкие контуры, и свойство AlphaData, чтобы контролировать прозрачность слоя меток. Отключите видимость осей, чтобы базовое изображение просматривалось. Задайте уникальные цвета для каждой метки.
hLa = axes; hL = bigimageshow(blabels, 'Parent', hLa); hL.Interpolation = 'nearest'; hL.AlphaData = 0.3; hLa.Visible = 'off'; hLa.CLim = [1 numClasses]; colormap(hLa,hsv(numClasses));
Ссылки
[1]