Создайте заблокированное изображение с помощью измененной версии изображения «tumor_091.tif» из CAMELYON16 набора данных. Оригинальное изображение представляет собой обучающее изображение лимфатического узла, содержащего опухолевую ткань. Оригинальное изображение имеет восемь уровней разрешения, а лучшее - разрешение 53760 на 61440. Измененное изображение имеет только три уровня грубого разрешения. Пространственная привязка измененного изображения была скорректирована, чтобы обеспечить согласованное соотношение сторон и зарегистрировать функции на каждом уровне.

bim = blockedImage('tumor_091R.tif');

Отобразите все заблокированное изображение на самом высоком уровне разрешения. Отображение сетки контуров блоков.

bshow = bigimageshow(bim,'ResolutionLevel','fine',...
    'GridVisible','on','GridLevel',1);

Создайте маску самого грубого уровня разрешения.

Сначала получите изображение с одним разрешением самого грубого уровня разрешения. По умолчанию gather получает данные с самого грубого уровня разрешения.

imcoarse = gather(bim);
% Convert the coarse image to grayscale.
graycoarse = rgb2gray(imcoarse);
% Binarize the grayscale image. In the binarized image, the object of
% interest is black and the background is white.
bwcoarse = imbinarize(graycoarse);
% Take the complement of the binarized image. The resulting mask follows
% the convention in which the object of interest is white and the
% background is black.
mask = imcomplement(bwcoarse);

Создайте заблокированное изображение, содержащее маску.

Используйте ту же пространственную ссылку, что и исходное заблокированное изображение. Определите самый грубый уровень разрешения и соберите пространственную ссылочную информацию заблокированного изображения в первых двух размерностях на этом уровне.

coarsestLevel = bim.NumLevels;
originalWorldStartcoarsest = bim.WorldStart(coarsestLevel,1:2);
originalWorldEndcoarsest = bim.WorldEnd(coarsestLevel,1:2);
%
% Create the blocked image for the mask.
bmask = blockedImage(mask,'WorldStart',originalWorldStartcoarsest,...
   'WorldEnd',originalWorldEndcoarsest);

Отобразите изображение маски.

figure
bigimageshow(bmask);

Наложите маску на исходное заблокированное изображение. Чтобы выделить все блоки, которые содержат по крайней мере один ненулевой пиксель маски, задайте порог включения 0.

showmask(bshow,bmask,'InclusionThreshold',0);