Получите матрицу стехиометрии из объекта модели
Порядок видов в выходных аргументах (M и objSpecies) соответствует порядку видов, возвращаемых modelObj.Species.
M = getstoichmatrix(modelObj)
[M,objSpecies]
= getstoichmatrix(modelObj)
[M,objSpecies,objReactions]
= getstoichmatrix(modelObj)
M | Матрица стехиометрии для . |
| Задайте model object. |
| Верните список Если вид находится в нескольких отсеках, имена видов определяются именем отсека в форме |
| Верните список реакции Name свойство реакций. |
getstoichmatrix возвращает матрицу стехиометрии для объекта модели.
возвращает стехиометрическую матрицу для SimBiology® объект модели (M = getstoichmatrix(modelObj)) к modelObj.M
Стехиометрическая матрица определяется путем перечисления всех реакций, содержащихся в столбчатые и все виды, содержащиеся в modelObj строковый в матрице. Виды реакции представлены в матрице со стехиометрическим значением в месте расположения [строки видов, столбец реакции]. Реагенты имеют отрицательные значения. Продукты имеют положительные значения. Все другие местоположения в матрице 0.modelObj
Для примера, если является объектом модели с двумя реакциями с именами modelObjR1 и R2 и значения реакций 2 A + B -> 3 C и B + 3 D -> 4 Aстехиометрическая матрица будет определена как:
R1 R2 A -2 4 B -1 -1 C 3 0 D 0 -3
[ возвращает матрицу стехиометрии в M,objSpecies]
= getstoichmatrix(modelObj) и виды, которые будут M. objSpecies определяется путем перечисления всех objSpeciesName значения свойств видов, содержащихся в . В приведенном выше примере Obj будет objSpecies{'A', 'B', 'C', 'D'};.
[ возвращает матрицу стехиометрии в M,objSpecies,objReactions]
= getstoichmatrix(modelObj) и реакции на M. objReactions определяется путем перечисления всех objReactionsName значения свойств реакций, содержащихся в . В приведенном выше примере modelObj будет objReactions{'R1', 'R2'}.
Чтение в m1, объект модели, использование sbmlimport:
m1 = sbmlimport('lotka.xml');Получите матрицу стехиометрии для m1:
[M,objSpecies,objReactions] = getstoichmatrix(m1)