Exponenta Banner

getstoichmatrix (model)

Получите матрицу стехиометрии из объекта модели

Порядок видов в выходных аргументах (M и objSpecies) соответствует порядку видов, возвращаемых modelObj.Species.

Синтаксис

M = getstoichmatrix(modelObj)
[M,objSpecies] = getstoichmatrix(modelObj)
[M,objSpecies,objReactions] = getstoichmatrix(modelObj)

Аргументы

MМатрица стехиометрии для modelObj.
modelObjЗадайте model object.
objSpecies

Верните список modelObj виды по Name свойство вида.

Если вид находится в нескольких отсеках, имена видов определяются именем отсека в форме compartmentName.speciesName. Для примера, nucleus.DNA, cytoplasm.mRNA.

objReactionsВерните список modelObj реакции Name свойство реакций.

Описание

getstoichmatrix возвращает матрицу стехиометрии для объекта модели.

M = getstoichmatrix(modelObj) возвращает стехиометрическую матрицу для SimBiology® объект модели (modelObj) к M.

Стехиометрическая матрица определяется путем перечисления всех реакций, содержащихся в modelObj столбчатые и все виды, содержащиеся в modelObj строковый в матрице. Виды реакции представлены в матрице со стехиометрическим значением в месте расположения [строки видов, столбец реакции]. Реагенты имеют отрицательные значения. Продукты имеют положительные значения. Все другие местоположения в матрице 0.

Для примера, если modelObj является объектом модели с двумя реакциями с именами R1 и R2 и значения реакций 2 A + B -> 3 C и B + 3 D -> 4 Aстехиометрическая матрица будет определена как:

      R1   R2
A     -2    4
B     -1   -1
C      3    0
D      0   -3

[M,objSpecies] = getstoichmatrix(modelObj) возвращает матрицу стехиометрии в M и виды, которые будут objSpecies. objSpecies определяется путем перечисления всех Name значения свойств видов, содержащихся в Obj. В приведенном выше примере objSpecies будет {'A', 'B', 'C', 'D'};.

[M,objSpecies,objReactions] = getstoichmatrix(modelObj) возвращает матрицу стехиометрии в M и реакции на objReactions. objReactions определяется путем перечисления всех Name значения свойств реакций, содержащихся в modelObj. В приведенном выше примере objReactions будет {'R1', 'R2'}.

Примеры

  1. Чтение в m1, объект модели, использование sbmlimport:

    m1 = sbmlimport('lotka.xml');

  2. Получите матрицу стехиометрии для m1:

    [M,objSpecies,objReactions] = getstoichmatrix(m1)

Вопросы совместимости

расширить все

Поведение изменено в R2019b

Введенный в R2006a

Документация SimBiology

Поддержка