Exponenta Banner

Определение матрицы стоихиометрии для модели

Что такое стехиометрическая матрица?

A stoichiometry matrix позволяет легко определить:

  • Реагенты и продукты в определенной реакции в модели, включая стехиометрическое значение реагентов и продуктов

  • Реакции, частью которых является конкретный вид, и является ли вид реагентом или продуктом в этой реакции

Стехиометрическая матрица является M -by - R матрицей, где M равняется общему числу видов в модели и R равняется общему количеству реакций в модели. Каждая строка соответствует виду, и каждый столбец соответствует реакции.

Матрица указывает, какие виды и реакции участвуют в качестве реагентов и продуктов:

  • Реагенты представлены в матрице с их стехиометрическим значением в соответствующем месте (строка видов, столбец реакции). Реагенты появляются как отрицательные значения.

  • Продукты представлены в матрице с их стехиометрическим значением в соответствующем месте (строка видов, столбец реакции). Продукты появляются как положительные значения.

  • Все другие местоположения в матрице содержат 0.

Например, рассмотрим model object содержащие две реакции. Одна реакция (название R1) равно 2 A + B -> 3 C, и другой реакции (названной R2) равно B + 3 D -> 4 A. Стехиометрическая матрица:

      R1   R2
A     -2    4
B     -1   -1
C      3    0
D      0   -3

Получение матрицы стоихиометрии для модели

Найдите матрицу стехиометрии для модели путем передачи model object как входной параметр к getstoichmatrix способ.

  1. Чтение в m1, объект модели, использование sbmlimport:

    m1 = sbmlimport('lotka.xml');

  2. Получите матрицу стехиометрии для m1:

    [M,objSpecies,objReactions] = getstoichmatrix(m1)

M =

   (2,1)        1
   (2,2)       -1
   (3,2)        1
   (3,3)       -1
   (4,3)        1


objSpecies = 

    'x'
    'y1'
    'y2'
    'z'


objReactions = 

    'Reaction1'
    'Reaction2'
    'Reaction3'

  3. Преобразуйте матрицу стехиометрии из разреженной матрицы в a full матрица, чтобы легче видеть отношения между видами и реакциями:

    M_full = full(M)
    M_full =

     0     0     0
     1    -1     0
     0     1    -1
     0     0     1

Документация SimBiology

Поддержка