Подготовьте объект модели для ускоренных симуляций
sbioaccelerate( готовит объект модели для ускоренной симуляции с помощью его активной конфигурации модели (configset), любых активных вариантов и активных доз. SimBiology® модель может содержать несколько конфигураций, при этом только один активен в любой данный момент времени. Активный конфигурационный набор содержит настройки, используемые при подготовке модели к ускорению.modelObj)
Для ускоренных симуляций используйте sbioaccelerate перед выполнением sbiosimulate. Необходимо использовать одну и ту же модель и настроить для обеих функций.
Повторный запуск sbioaccelerate, перед вызовом sbiosimulate, если вы изменяете эту модель, например, изменяя реакции или добавляя события. Однако существуют исключения. Для получения дополнительной информации смотрите, Когда, чтобы Повторить Ускорение.
Примечание
Если вы используете SimFunction object для симуляций он автоматически ускоряет модель при ее первом вычислении функции. Следовательно, нет необходимости бежать sbioaccelerate заранее.
Необходимые условия
Чтобы подготовить свои модели к ускоренным симуляциям, установите и настройте поддерживаемый компилятор. Для получения дополнительной информации смотрите Необходимые условия для ускорения симуляций и анализа.
sbioaccelerate( использует дозы или варианты, заданные modelObj,dvObj)dvObj и активный конфигурационный набор. dvObj может быть одним из следующих:
массив доз или вариантов
Если вы задаете dvObj в пустые []функция использует активный набор настроек, активные варианты и активные дозы.
Если вы задаете dvObj в качестве вариантов функция использует указанные варианты и активные дозы. Любые другие варианты игнорируются.
Если вы задаете dvObj в качестве доз функция использует указанные дозы и активные варианты. Любые другие дозы игнорируются.
В настоящее время конкретный объект дозы может быть ускорен только с одной моделью. Вы не можете использовать один и тот же объект дозы для нескольких моделей, которые будут ускорены. Необходимо создать новую копию дозы для каждой модели.
sbioaccelerate( использует объект configset modelObj,csObj,dvObj)csObj и дозы или варианты, заданные dvObj.
Если вы задаете csObj на [], тогда функция использует активный объект configset.
Если вы задаете dvObj на [], тогда функция не использует никаких вариантов, но использует активные дозы.
Если вы задаете dvObj в вариантах функция использует указанные варианты и активные дозы. Любые другие варианты игнорируются.
Если вы задаете dvObj для доз функция использует указанные дозы и активные варианты. Любые другие дозы игнорируются.
sbioaccelerate( использует объект configset modelObj,csObj,variantObj,doseObj)csObj, объект варианта или массив вариантов, заданный variantObj и объект дозы или массив доз, заданный doseObj. Любой другой набор настроек, дозы и варианты игнорируются.
Если вы задаете csObj на [], тогда функция использует активный объект configset.
Если вы задаете variantObj на []тогда функция не использует никаких вариантов.
Если вы задаете doseObj на [], тогда функция не использует никаких доз.
Загрузите проект SimBiology с именем lotka, который содержит модель m1.
sbioloadproject('lotka','m1')
Подготовьте модель к ускоренной симуляции.
sbioaccelerate(m1);
Симулируйте модель с использованием различных начальных количеств видов x.
x = sbioselect(m1,'type','species','name','x'); for i=1:5 x.initialAmount = i; sd(i) = sbiosimulate(m1); end
Постройте график результатов.
sbioplot(sd);
Загрузите пример проекта SimBiology.
sbioloadproject radiodecay.sbprojДобавьте новую конфигурацию модели с другим временем остановки 15 секунд.
csObj = addconfigset(m1,'newStopTimeConfigSet');
csObj.StopTime = 15;Подготовьте модель к ускоренной симуляции с помощью нового объекта configset.
sbioaccelerate(m1,csObj);
Симулируйте модель с помощью того же объекта конфигурации.
sim = sbiosimulate(m1,csObj); sbioplot(sim);
Загрузите пример проекта SimBiology.
sbioloadproject radiodecay.sbprojУвеличение количества видов x на 100 молекул через 2 и 4 секунды путем добавления плановой дозы.
dObj1 = adddose(m1,'d1','schedule'); dObj1.Amount = 100; dObj1.AmountUnits = 'molecule'; dObj1.TimeUnits = 'second'; dObj1.Time = 2; dObj1.TargetName = 'unnamed.x'; dObj2 = adddose(m1,'d2','schedule'); dObj2.Amount = 100; dObj2.AmountUnits = 'molecule'; dObj2.TimeUnits = 'second'; dObj2.Time = 4; dObj2.TargetName = 'unnamed.x';
Подготовьте модель для ускоренной симуляции с использованием массива обеих доз.
sbioaccelerate(m1,[dObj1,dObj2]);
Симулируйте модель, не используя ни дозу, ни какое-либо подмножество массива доз без необходимости повторного запуска sbioaccelerate.
sim1 = sbiosimulate(m1); sim2 = sbiosimulate(m1,dObj1); sim3 = sbiosimulate(m1,dObj2); sim4 = sbiosimulate(m1,[dObj1,dObj2]);
Постройте график результатов.
sbioplot(sim1);
sbioplot(sim2);
sbioplot(sim3);
sbioplot(sim4);
Загрузите пример проекта SimBiology.
sbioloadproject radiodecay.sbprojПолучите конфигурацию модели по умолчанию из модели.
defaultConfigSet = getconfigset(m1,'default');Увеличение количества видов x на 100 молекул через 2 секунды путем добавления плановой дозы.
dObj = adddose(m1,'d1','schedule'); dObj.Amount = 100; dObj.AmountUnits = 'molecule'; dObj.TimeUnits = 'second'; dObj.Time = 2; dObj.TargetName = 'unnamed.x';
Подготовьте модель к ускоренной симуляции с помощью объекта конфигурации по умолчанию и добавленного объекта дозы.
sbioaccelerate(m1,defaultConfigSet,dObj);
Симулируйте модель с помощью тех же объектов конфигурации и дозы.
sim = sbiosimulate(m1,defaultConfigSet,dObj);
Постройте график результата.
sbioplot(sim);
Загрузите пример проекта SimBiology.
sbioloadproject radiodecay.sbprojДобавьте новую конфигурацию модели с другим временем остановки 15 секунд.
csObj = m1.addconfigset('newStopTimeConfigSet');
csObj.StopTime = 15;Увеличение количества видов x на 100 молекул через 2 секунды путем добавления плановой дозы.
dObj = adddose(m1,'d1','schedule'); dObj.Amount = 100; dObj.AmountUnits = 'molecule'; dObj.TimeUnits = 'second'; dObj.Time = 2; dObj.TargetName = 'unnamed.x';
Добавьте вариант вида x использование другого начального количества 500 молекул.
vObj = addvariant(m1,'v1'); addcontent(vObj,{'species','x','InitialAmount',500});
Подготовьте модель к ускоренной симуляции с помощью объектов конфигурации, дозы и вариантов. В этом случае третий аргумент sbioaccelerate должен быть объектом варианта.
sbioaccelerate(m1,csObj,vObj,dObj);
Симулируйте модель с помощью тех же объектов конфигурации, варианта и дозы.
sim = sbiosimulate(m1,csObj,vObj,dObj);
Постройте график результата.
sbioplot(sim);
