Exponenta Banner

sbiosimulate

Симулируйте модель SimBiology

Свернуть все на странице

Синтаксис

[time,x,names] = sbiosimulate(modelObj)
[time,x,names] = sbiosimulate(modelObj,csObj)
[time,x,names] = sbiosimulate(modelObj,dvObj)
[time,x,names] = sbiosimulate(modelObj,csObj,dvObj)
[time,x,names] = sbiosimulate(modelObj,csObj,variantObj,doseObj)
simDataObj = sbiosimulate(___)

Описание

пример

[time,x,names] = sbiosimulate(modelObj) возвращает результаты симуляции в трех выходах, time, вектор временных выборок, x, данные моделирования и names, метки столбцов данных моделирования x. Эта функция моделирует SimBiology® модели modelObj при использовании активной конфигурации модели вместе с его активными дозами и активными вариантами, если таковые имеются.

пример

[time,x,names] = sbiosimulate(modelObj,csObj) возвращает результаты симуляции с помощью заданного объекта configset csObj, любые активные варианты и любые активные дозы. Любые другие конфигурационные параметры игнорируются. Если вы задаете csObj в пустые []функция использует активный конфигурационный набор.

пример

[time,x,names] = sbiosimulate(modelObj,dvObj) возвращает результаты симуляции с использованием доз или вариантов, заданных dvObj и активный конфигурационный набор. dvObj может быть одним из следующих:

Если вы задаете dvObj в пустые []функция использует активный набор настроек, активные варианты и активные дозы.

Если вы задаете dvObj в качестве вариантов функция использует указанные варианты и активные дозы. Любые другие варианты игнорируются.

Если вы задаете dvObj в качестве доз функция использует указанные дозы и активные варианты. Любые другие дозы игнорируются.

пример

[time,x,names] = sbiosimulate(modelObj,csObj,dvObj) возвращает результаты симуляции с помощью объекта configset csObj и дозу, вариант или массив доз или вариантов, заданных dvObj.

Если вы задаете csObj на [], тогда функция использует активный объект configset.

Если вы задаете dvObj на [], тогда функция не использует никаких вариантов, но использует активные дозы.

Если вы задаете dvObj в качестве вариантов функция использует указанные варианты и активные дозы. Любые другие варианты игнорируются.

Если вы задаете dvObj в качестве доз функция использует указанные дозы и активные варианты. Любые другие дозы игнорируются.

пример

[time,x,names] = sbiosimulate(modelObj,csObj,variantObj,doseObj) возвращает результаты симуляции с помощью объекта configset csObj, объект варианта или массив вариантов, заданный variantObj, и объект дозы или массив доз, заданный doseObj.

Если вы задаете csObj на [], тогда функция использует активный объект configset.

Если вы задаете variantObj на []тогда функция не использует никаких вариантов.

Если вы задаете doseObj на [], тогда функция не использует никаких доз.

пример

simDataObj = sbiosimulate(___) возвращает результаты симуляции в SimData object simDataObj использование любого из входных параметров в предыдущих синтаксисах.

Примеры

свернуть все

Загрузите образец модели SimBiology.

sbioloadproject radiodecay.sbproj

Измените время остановки симуляции на 15 секунд.

csObj = getconfigset(m1,'active');
set(csObj,'Stoptime',15);

Симулируйте модель и возвращайте выходы в массиве.

[t,x,n] = sbiosimulate(m1);

Постройте график моделируемых результатов для видов x и z.

figure;
plot(t,x)
xlabel('Time')
ylabel('States')
title('States vs Time')
legend('species x','species z')

Можно также вернуть результаты в SimData object .

simData = sbiosimulate(m1);

Постройте график моделируемых результатов.

sbioplot(simData);

Загрузите образец модели SimBiology.

sbioloadproject radiodecay.sbproj

Добавьте две дозы по 100 молекул для видов x, запланированный на 2 и 4 секунды соответственно.

dObj1 = adddose(m1,'d1','schedule');
dObj1.Amount = 100;
dObj1.AmountUnits = 'molecule';
dObj1.TimeUnits = 'second';
dObj1.Time = 2;
dObj1.TargetName = 'unnamed.x';

dObj2 = adddose(m1,'d2','schedule');
dObj2.Amount = 100;
dObj2.AmountUnits = 'molecule';
dObj2.TimeUnits = 'second';
dObj2.Time = 4;
dObj2.TargetName = 'unnamed.x';

Симулируйте модель, не используя ни дозу, ни какое-либо подмножество массива доз.

sim1 = sbiosimulate(m1);
sim2 = sbiosimulate(m1,dObj1);
sim3 = sbiosimulate(m1,dObj2);
sim4 = sbiosimulate(m1,[dObj1,dObj2]);

Постройте график результатов.

sbioplot(sim1)

sbioplot(sim2)

sbioplot(sim3)

sbioplot(sim4)

Загрузите образец модели SimBiology.

sbioloadproject radiodecay.sbproj

Получите конфигурацию модели по умолчанию из модели.

defaultConfigSet = getconfigset(m1,'default');

Добавьте запланированную дозу 100 молекул за 2 секунды для видов x.

dObj = adddose(m1,'d1','schedule');
dObj.Amount = 100;
dObj.AmountUnits = 'molecule';
dObj.TimeUnits = 'second';
dObj.Time = 2;
dObj.TargetName = 'unnamed.x';

Симулируйте модель с помощью объектов конфигурации и дозы.

sim = sbiosimulate(m1,defaultConfigSet,dObj);

Постройте график результата.

sbioplot(sim);

Загрузите образец модели SimBiology.

sbioloadproject radiodecay.sbproj

Добавьте новую конфигурацию модели, используя время остановки 15 секунд. 

csObj = m1.addconfigset('newStopTimeConfigSet');
csObj.StopTime = 15;

Добавьте запланированную дозу 100 молекул за 2 секунды для видов x.

dObj = adddose(m1,'d1','schedule');
dObj.Amount = 100;
dObj.AmountUnits = 'molecule';
dObj.TimeUnits = 'second';
dObj.Time = 2;
dObj.TargetName = 'unnamed.x';

Добавьте вариант вида x использование другого начального количества 500 молекул.

vObj = addvariant(m1,'v1');
addcontent(vObj,{'species','x','InitialAmount',500});

Симулируйте модель с помощью тех же объектов конфигурации, варианта и дозы. Используйте тот же порядок входных параметров, что и следующий.

sim = sbiosimulate(m1,csObj,vObj,dObj);

Постройте график результата.

sbioplot(sim);

Входные параметры

свернуть все

Модель SimBiology, заданная как объект модели SimBiology. Модель минимально нуждается в одном правиле реакции или скорости для симуляций.

Объект конфигурации модели, заданный как a configset object который хранит специфическую для симуляции информацию. Когда вы задаете csObj как [], sbiosimulate использует текущий активный объект набора конфигураций.

Если ваша модель содержит события, csObj объект не может задать 'expltau' или 'impltau' для SolverType свойство.

Если ваша модель содержит дозы, csObj объект не может задать 'ssa', 'expltau', или 'impltau' для SolverType свойство.

Доза или объект варианта, заданный как a ScheduleDose object , RepeatDose object , массив объектов дозы, Variant object , или массив исполнительных объектов.

  • Использование [] когда необходимо явным образом исключить из sbiosimulate любые объекты вариантов функция.

  • Когда dvObj является объектом дозы, sbiosimulate использует указанный объект дозы, а также любые активные объекты варианта при наличии.

  • Когда dvObj является вариантом объекта, sbiosimulate использует указанный объект варианта, а также любые активные объекты дозы, если они доступны.

Объект варианта, заданный как a Variant object или массив исполнительных объектов. Использование [] когда вы хотите явным образом исключить из sbiosimulate какие-либо объекты вариантов.

Объект дозы, заданный как ScheduleDose object , RepeatDose object , или массив объектов дозы. Объект дозы определяет сложения, которые вносятся в количества видов или значения параметров. Использование [] когда вы хотите явным образом исключить какие-либо объекты дозы из sbiosimulate.

Выходные аргументы

свернуть все

Вектор времени выборок, возвращенный как n-by-1 вектор, содержащий временные шаги симуляции. n количество временных выборок.

Данные моделирования, возвращенные как n-by-m массив данных, где n количество временных выборок и m количество состояний, зарегистрированных в симуляции. Каждый столбец x описывает изменение количества вида, отсека или параметра с течением времени.

Имена видов, отсеков или параметров, возвращенные как m-by-1 массив ячеек из векторов символов. Другими словами, names содержит метки столбцов данных моделирования, x. Если вид находится в нескольких отсеках, имена видов определяются именем отсека в форме compartmentName.speciesName.

Данные моделирования, возвращенные как SimData object который содержит данные времени и состояния, а также метаданные, такие как типы и имена для записанных состояний или конфигурации модели, используемого во время симуляции. Вы можете получить доступ к времени, данным и именам, хранящимся в SimData object при использовании его свойств.

См. также

| | | | | | | | | |

Темы

Представлено до R2006a

Документация SimBiology

Поддержка