sbioensemblerun

Несколько стохастические ансамблевые запуски модели SimBiology

Синтаксис

simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns) simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, Interpolation) simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, configsetObj) simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, configsetObj, Interpolation) simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, variantObj) simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, variantObj, Interpolation) simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, configsetObj, variantObj) simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, configsetObj, variantObj, Interpolation)

Аргументы

`simdataObj`	Массив `SimData objects` содержащие данные моделирования, сгенерированные `sbioensemblerun`. Все элементы `simdataObj` содержат данные для тех же состояний в той же модели.
`modelObj`	Объект модели.
`Numruns`	Целочисленный скаляр, представляющий количество производимых стохастических запусков.
`Interpolation`	Вектор символов или строка, обозначающая схему интерполяции, которая будет использоваться, если данные должны быть интерполированы, чтобы получить последовательный временной вектор. Допустимые значения `'linear'` (линейная интерполяция), `'zoh'` (удержание нулевого порядка), или `'off'` (без интерполяции). По умолчанию это `'off'`. Если интерполяция включена, данные интерполируются, чтобы соответствовать временному вектору с наименьшим временем остановки симуляции.
`configsetObj`	Укажите объект конфигурации модели, который будет использоваться в симуляции ансамбля. Для получения дополнительной информации о конфигурациях модели см. `Configset object`.
`variantObj`	Задайте объект варианта для применения к модели во время симуляции ансамбля. Для получения дополнительной информации об объектах вариантов см. `Variant object`.

Описание

simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns) выполняет стохастический ансамблевый запуск SimBiology^® объект модели (modelObj) и возвращает результаты в simdataObj, массив SimData objects. Активный конфигурационный набор и активные варианты используются во время симуляции и сохраняются в выходах, объекте SimData (simdataObj).

sbioensemblerun использует настройки в активной конфигурации объекта модели (modelObj) для выполнения повторных запусков симуляции. The SolverType свойство активного конфигурационного набора должно быть установлено в один из стохастических решателей: 'ssa', 'expltau', или 'impltau'. sbioensemblerun генерирует ошибку, если SolverType Свойство установлено на любой из детерминированных (ОДУ) решателей.

simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, Interpolation) выполняет стохастический ансамблевый запуск объекта модели (modelObj) и интерполирует результаты запуска ансамбля в общий временной вектор с помощью схемы интерполяции (Interpolation).

simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, configsetObj) выполняет ансамблевый запуск объекта модели (modelObj), с использованием заданной конфигурации модели (configsetObj).

simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, configsetObj, Interpolation) выполняет ансамблевый запуск объекта модели (modelObj), с использованием заданной конфигурации модели (configsetObj) и интерполирует результаты запуска ансамбля в общий временной вектор с помощью схемы интерполяции (Interpolation).

simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, variantObj) выполняет ансамблевый запуск объекта модели (modelObj), используя объект варианта или массив объектов варианта (variantObj).

simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, variantObj, Interpolation) выполняет ансамблевый запуск объекта модели (modelObj), используя объект варианта или массив объектов варианта (variantObj) и интерполирует результаты запуска ансамбля в общий временной вектор с помощью схемы интерполяции (Interpolation).

simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, configsetObj, variantObj) выполняет ансамблевый запуск объекта модели (modelObj), используя конфигурацию модели (configsetObj), и объект варианта или массив вариантов объектов (variantObj). Если объект конфигурации модели (configsetObj) пуст, активный конфигурационный набор на модели используется для симуляции. Если объект варианта (variantObj) пуст, тогда ни один вариант (даже не активные варианты в модели) не используется для симуляции.

simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, configsetObj, variantObj, Interpolation) выполняет ансамблевый запуск объекта модели (modelObj), используя конфигурацию модели (configsetObj), и объект варианта или массив вариантов объектов (variantObj) и интерполирует результаты запуска ансамбля в общий временной вектор с помощью схемы интерполяции (Interpolation).

Примеры

Этот пример показов, как выполнить запуск ансамбля и сгенерировать график распределения 2-D.

Файл проекта, radiodecay.sbproj, содержит модель, хранящуюся в переменной с именем m1. Загрузка m1 в MATLAB^® рабочей области.
```
sbioloadproject('radiodecay.sbproj','m1');
```
Измените решатель активного конфигурационного набора на ssa. Также настройте LogDecimation свойство на SolverOptions свойство конфигурации модели.
```
cs = getconfigset(m1, 'active');
set(cs, 'SolverType', 'ssa');
so = get(cs, 'SolverOptions');
set(so, 'LogDecimation', 10);
```
Совет
The LogDecimation Свойство позволяет определить, как часто данные моделирования записываются как выходные. Если ваша модель имеет высокие концентрации или количества видов или длительное время симуляции (для примера 600s), можно записывать данные моделирования реже, чтобы управлять объемом сгенерированных данных. Имейте в виду, что при этом вы можете пропустить некоторые переходы, если ваша модель очень динамична. Попробуйте задать LogDecimation до 10 или более.
Выполните ансамбль из 20 запусков с линейной интерполяцией, чтобы получить последовательный временной вектор.
```
simdata = sbioensemblerun(m1, 20, 'linear');
```
Создайте 2-D график распределения видов 'z' во времени = 1,0.
```
FH = sbioensembleplot(simdata, 'z', 1.0);
```

См. также

Введенный в R2006a

Документация