Exponenta Banner

sbionmimport

Импорт данных в формате NONMEM

Свернуть все на странице

Синтаксис

data = sbionmimport('Filename')
data = sbionmimport (nmds)
data = sbionmimport('Filename', nmdefObj)
data = sbionmimport(_,'ParameterName',ParameterValue)
data = sbionmimport(nmds,nmdefObj)
[data, PKDataObj] = sbionmimport(_)

Описание

data = sbionmimport('Filename') или data = sbionmimport (nmds) преобразует NONMEM® форматированный файл и принимает, что файл сконфигурирован для использования следующих значений по умолчанию для заголовков столбцов: ADDL, AMT, CMT, DATE , DV, EVID, ID, II, MDV, RATE, TIME. Дополнительные сведения о каждом из заголовков см. в разделе Поддержка импорта форматированных файлов NONMEM.

data = sbionmimport('Filename', nmdefObj) импортирует форматированный файл NONMEM с именем Filename, в SimBiology форматированный набор данных data использование значений заголовков столбца файлов, определенных в объекте определения файла NONMEM nmdefObj.

data = sbionmimport(_,'ParameterName',ParameterValue) принимает одну или несколько пары "имя-значение", разделенных запятыми, которые принимаются readtable способ. Если для чтения файла, такого как разделитель, требуется дополнительная информация, задайте требуемые пары "имя-значение". Посмотрите readtable для получения списка поддерживаемых пар "имя-значение".

data = sbionmimport(nmds,nmdefObj) считывает набор данных в формате NONMEM nmds и возвращает groupedData object data. Каждая переменная в nmds должен быть вектор-столбец.

[data, PKDataObj] = sbionmimport(_) возвращает a PKData object, PKDataObj содержащий набор данных data. The PKDataObj свойства показывают метки, указанные в data.

Входные параметры

Filename

Если расширение Filename является .xls или .xlsx, sbionmimport принимает, что это Excel® файл. В противном случае sbionmimport принимает Filename является текстовым файлом. sbionmimport считывает файл используя dataset (Statistics and Machine Learning Toolbox) или readtable.

nmds

NONMEM-форматированные данные, заданные как dataset (Statistics and Machine Learning Toolbox), table, или groupedData object. Каждая переменная в nmds должен быть вектор-столбец.

nmdefObj

nmdefObj определяет значения заголовков столбца файлов. nmdefObj является объектом определения файла NONMEM, созданным с помощью sbionmfiledef функция. Он содержит свойства для определения элементов данных, таких как группа, время и дата. Вы должны задать TimeLabel и DependentVariableLabel свойства.

Когда этот аргумент опущен или пуст [], используется интерпретация NONMEM по умолчанию.

Выходные аргументы

data

groupedData object. Он содержит отдельный столбец для каждой дозы и наблюдения. The Description свойство data содержит список предупреждений, если таковые имеются, возникших при построении data. Чтобы просмотреть предупреждения, введите в командной строке следующее. 

data.Properties.Description

PkDataObj

The PKData объект определяет данные для использования в подборе кривой и роли столбцов, используемых для оценки. Для получения дополнительной информации см. PKData object.

Примеры

свернуть все

Открыть Live Script

Загрузите образец набора данных. 

load pheno ds;

Набор данных содержит 6 переменных (столбцов). Отобразите имена этих переменных. 

ds.Properties.VariableNames
ans = 1x6 cell
    {'ID'}    {'TIME'}    {'DOSE'}    {'WEIGHT'}    {'APGAR'}    {'CONC'}

Определите, что означают эти переменные в соответствии с определением NONMEM. 

def = sbionmfiledef;
def.GroupLabel = 'ID';
def.TimeLabel = 'TIME';
def.DependentVariableLabel = 'CONC';
def.DoseLabel = 'DOSE'
def = 
  NMFileDef with properties:

                 CompartmentLabel: ''
        ContinuousCovariateLabels: {}
                        DateLabel: ''
           DependentVariableLabel: 'CONC'
                        DoseLabel: 'DOSE'
                DoseIntervalLabel: ''
                  DoseRepeatLabel: ''
                     EventIDLabel: ''
                       GroupLabel: 'ID'
    MissingDependentVariableLabel: ''
                        RateLabel: ''
                        TimeLabel: 'TIME'
                             Type: 'NMFileDef'


def.ContinuousCovariateLabels = {'WEIGHT', 'APGAR'};

Импортируйте набор данных. 

data = sbionmimport(ds,def);
Открыть Live Script

Загрузите образец набора данных. 

load pheno ds

Создайте groupedData объект. 

grpData = groupedData(ds);

Используйте groupedData имена переменных объекта и определить, что означают заголовки столбца или переменные в соответствии с определением NONMEM. 

def = sbionmfiledef;
def.GroupLabel = grpData.Properties.GroupVariableName;
def.TimeLabel = grpData.Properties.IndependentVariableName;
def.DependentVariableLabel = 'CONC';
def.DoseLabel = 'DOSE';
def.ContinuousCovariateLabels = {'WEIGHT', 'APGAR'};

Импортируйте набор данных. 

data = sbionmimport(grpData,def);

См. также

Темы

Введенный в R2010a

Документация SimBiology

Поддержка