Использование table для хранения табличных данных, которые можно использовать позже в подборе кривой и анализе в командной строке. Использовать readtable для импорта данных без NONMEM® интерпретация заголовков столбцов. The readtable функция позволяет использовать аргументы пары "имя-значение", в которых можно задать опции, такие как тип разделителя и содержит ли первая строка имена заголовков. Если необходимо использовать данные для подбора кривой sbiofit или sbiofitmixed, преобразуйте его в groupedData формат с использованием groupedData.
Чтобы подготовить файл данных к импорту, удалите все комментарии, которые присутствуют в начале файла.
Для примера:
% Text files data = readtable('tobramycin.txt'); % Text files with . in place of missing values data = readtable('tobramycin.txt', 'TreatAsEmpty', '.');
Для получения дополнительной информации о том, как форматировать файл данных для подбора кривой, смотрите, Создают файл данных с определениями SimBiology.
Используйте sbionmimport функция для импорта данных из форматированных файлов NONMEM. Для импорта данных без интерпретации NONMEM заголовков столбцов смотрите Импорт данных из файлов.
Чтобы подготовить файл данных к импорту, удалите любые комментарии, которые присутствуют в начале файла, и выберите один из следующих методов, чтобы импортировать ваши данные:
Если файл данных содержит только значения заголовков столбцов, показанные в разделе Поддержка импорта форматированных файлов NONMEM, используйте синтаксис, показанный в следующем примере:
filename = 'C:\work\datafiles\dose.xls'; ds = sbionmimport(filename);
Если файл данных имеет заголовки столбцов, отличные от меток в таблице, показанной в Поддержке импорта Форматированных Файлов NONMEM, и вы хотите применить интерпретацию заголовков NONMEM:
Создайте объект определения файла NONMEM. Этот объект позволяет вам определить, что означают заголовки столбцов в файле данных в SimBiology®. В следующем примере столбец, содержащий значения отклика CP, в то время как в форматированных файлах NONMEM столбец помечается DV.
Чтобы использовать набор данных тобрамицина [1], создайте объект определения файла NONMEM и задайте следующее:
def = sbionmfiledef;
def.DoseLabel = 'DOSE';
def.GroupLabel = 'ID';
def.TimeLabel = 'TIME';
def.DependentVariableLabel = 'CP';
def.MissingDependentVariableLabel = 'MDV';
def.EventIDLabel = 'EVID';
def.ContinuousCovariateLabels = {'WT', 'HT', 'AGE', 'SEX', 'CLCR'};Файл может содержать любое имя для заголовков столбца. Посмотрите sbionmfiledef для списка свойств, которые можно сконфигурировать в объекте определения файла NONMEM.
Используйте sbionmimport функция для импорта файла данных с определениями заголовков столбцов, заданными в объекте определения файла NONMEM. Для получения примера перейдите к matlabroot/ toolbox/simbio/simbiodemos/matlabroot - папка, в которой MATLAB® установлен).
[data, pkDataObject] = sbionmimport('tobramycin.txt', def, ...
'TreatAsEmpty', '.');В этом примере показано, как получить объект PKData, PKDataObj, во время импорта, поскольку объект PKData будет использоваться при подборе кривой модели позже.
The sbionmimport функция принимает пары «property-name-value», принятые dataset. Например, если набор данных не содержит заголовков столбцов, используйте 'ReadVarNames', false чтобы указать, что sbionmimport должны считываться значения из первой строки файла.
Для получения информации о создании модели, соответствующей данным, смотрите Создать Фармакокинетическую модель Используя Командную строку.
Для получения дополнительной информации о поддерживаемых форматах данных и функциях для импорта данных в рабочее пространство MATLAB, смотрите Методы для импорта данных.
Можно также импортировать данные с помощью мастера импорта MATLAB, чтобы импортировать данные в виде текстовых файлов (таких как .txt и .dat), MAT-файлы и файлы электронной таблицы (такие как .xls).
Мастер импорта MATLAB обрабатывает источник данных. Мастер распознает разделители данных, а также заголовки строк или столбцов, чтобы облегчить процесс выбора данных и импорта в рабочее пространство MATLAB. Можно импортировать данные в приложение SimBiology Model Analyzer из Рабочего пространства MATLAB.
groupedData | readtable | sbionmfiledef | sbionmimport