Можно импортировать табличные данные в приложение SimBiology Model Analyzer или в MATLAB® Рабочая область. Поддерживаемые типы файлов Excel® файлы (.xls, .xlsx), текстовые файлы (.csv, .txt) и SAS® XPORT- файлов (.xpt). Можно также указать, что данные находятся в NONMEM® форматированный файл. Процесс импорта интерпретирует столбцы в соответствии с определениями NONMEM. Дополнительные сведения см. в разделе Поддержка импорта форматированных файлов NONMEM.
Примечание
Если ваш набор данных содержит информацию о дозах, которая является данными о инфузии, набор данных должен содержать скорость, а не длительность инфузии.
Независимо от того, включена ли функция преобразования модулей измерения или отключена, дозирование в файле данных должно быть выражено в количествах (или как amount/time для скорости введения). По умолчанию Unit Conversion отключен, поэтому необходимо убедиться, что модули измерения для данных согласованы друг с другом. Если требуется включить преобразование модулей измерения, см. Раздел «Преобразование модулей измерения для импортированных данных».
Если вы создаете файл, содержащий данные временного курса, которые хотите импортировать в SimBiology для подбора кривой, создайте файл данных со следующими столбцами:
Столбец группы - Задайте текст, число или категориальные значения. Например, этот столбец можно использовать для группирования нескольких индивидуумов в отдельные группы. Затем можно использовать эту группировку или категориальную информацию для иерархических подгонок. Этот столбец является необязательным.
Столбец ID - Задайте текст, число или категориальные значения. Строки в файле, которые имеют одно и то же значение идентификационного столбца, предназначены для одного и того же индивидуума. Этот столбец является необязательным, если данные измерений поступают всего от одного индивидуума.
Столбец времени - Задайте монотонно увеличивающиеся положительные значения в каждом идентификаторе, которые определяют время дозы, измерения наблюдений и ковариатные измерения.
Нуль или более дозирующих столбцов - создайте по одной дозирующему столбцу для каждого дозируемого отсека. В каждом столбце задайте положительные значения, представляющие суммарные дозы, которые добавляются к видам. Использовать NaN (не число), чтобы указать, что никакая доза не применялась в указанное время. Другими словами, укажите суммарную дозу следующим NaN когда наблюдение регистрировали, но дозу не применяли.
Ноль или больше столбцов скорости - Задайте положительные значения, нули или NaN. Нуль задает бесконечную скорость и NaN указывает, что тариф не применяется. Столбец скорости сопоставлен с дозирующей колонкой и определяет скорость, с которой вводят дозу. Для примера, если вы можете задать капельное внутривенное введение в Dose1 столбец, задайте его скорость в Rate1 столбец.
Нуль или больше столбцов наблюдения - Задайте числовые значения или NaN. NaN значения определяют, что ни одно наблюдение не было зарегистрировано в указанное время. Использование NaN для случаев, когда применяли дозу, но наблюдение не регистрировалось. Можно задать одно значение наблюдения в конкретное время для каждого идентификатора. Когда у вас будут реплики, задайте несколько значений наблюдений для одной и той же временной точки, добавив больше строк с таким же временным значением. Для получения примера см. строки 2 и 3 на снимке экрана ниже, где CentralConc имеет два измерения во времени = 0.
Нуль или более ковариатных столбцов - Задайте текст, число или категориальные значения или NaN. Каждое значение определяет ковариационное значение в заданный момент времени. NaN значения указывают, что ковариатное наблюдение не было зарегистрировано в указанное время. SimBiology поддерживает только ковариаты, которые не изменяются во времени. Например, см. Sex и Age столбцы в примере ниже. Для примера, в котором показано, как использовать категории для подбора кривой, см. Оценка параметров PK для категории для нескольких индивидуумов.
Ниже приведен снимок экрана файла выборочных данных.
Образец файла Excel можно скачать из следующего расположения: matlabroot/examples/simbio/data/sample_data_simbiology.xlsx. matlabroot корневая директория, в котором вы установили MATLAB. Можно также ввести matlabroot в командной строке, чтобы увидеть путь к файлу корневой директории.
Можно указать, что данные находятся в форматированном файле NONMEM. В следующей таблице описывается интерпретация этих данных в SimBiology® программное обеспечение.
| Заголовок столбца | Интерпретация | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ID | Текст (вектор символов), число или категориальные значения, идентифицирующие запись или группу. Процесс импорта принимает, что смежные данные с таким же значением содержат данные от одного индивидуума. Если данные содержат несмежные ссылки на то же значение, процесс импорта присваивает второму идентификатору обнаруженное индексированное значение, полученное из первой обнаруженной группы. Для примера, если столбцы с идентификатором содержат | ||||||||||
TIME | Монотонно увеличивающиеся положительные значения в каждой группе, указывающие время наблюдения или дозу или текст (вектор символов). Файл данных может задать часы ( Следующая таблица является примером того, как процесс импорта интерпретирует значения синхроимпульса как десятичные значения.
Если файл данных также содержит | ||||||||||
DATE, DAT1, DAT2, или DAT3 | Определяет день наблюдения или дозу. Столбец может содержать месяц в виде числа (
Примечание
| ||||||||||
DV | Числовое значение наблюдения. Столбец не может содержать Inf или –Inf. | ||||||||||
MDV | Определяет, описывает ли строка наблюдение:
| ||||||||||
EVID | Определяет тип события, описываемого для строки в записи:
Если столбец содержит значения дозы, но Если Процесс импорта не поддерживает значения | ||||||||||
CMT | Указывает, какой отсек используется для значения наблюдения или для полученной дозы. Толкование также зависит от EVID:
Примечание SimBiology определяет отсеки, начиная с 1, в то время как NONMEM определяет их, начиная с 0. Например, если файл данных NONMEM содержит дозы и измерения для | ||||||||||
AMT | Положительное число, указывающее на дозу. 0 или NaN не задает введенную дозу. Столбец не может содержать Inf. | ||||||||||
RATE | Положительное число, указывающее на скорость инфузии. 0 задает бесконечную скорость (эквивалентную болюсной дозе) и NaN не задает скорость. Столбец не может содержать Inf. | ||||||||||
II | Положительное число, определяющее время между дозами. | ||||||||||
ADDL | Когда данные задают количество одинаковых последовательных доз через определенные интервалы времени (определяется II), ADDL определяет количество доз в серии, исключая начальную дозу. Если данные задают II но не ADDLзатем SimBiology принимает, что дозирование происходит на время этой записи данных. |
Процесс импорта не поддерживает (и поэтому игнорирует) строки, содержащие следующие значения или определения:
EVID значения 3 и 4
SS столбец для определения доз в установившемся состоянии
PCMT столбец, чтобы определить, вычислять ли предсказание для строки
CALL столбец для вызова ОШИБКА или стандартной подпрограммы PK
Если скорость задана как меньше нуля, она принимается равной нулю
Когда вы импортируете данные из таблицы, используя SimBiology Model Analyzer, приложение поддерживает следующие типы данных столбцов: double, char, массив ячеек из векторов символов, categorical, duration, logical, и datetime.
Когда вы импортируете многомерную SimData массив в приложение, приложение уплощает SimData Массив и использует один индекс (линейная индексация) в соответствующей таблице данных. Для примера, если вы импортируете 2x2x2 A массива SimData приложение создает таблицу данных с 8 группами (по одной на каждую SimData объект), индексация от 1 до 8. Приложение все еще отображает исходный размер SimData массив в Browser.
