sbioselect

Поиск объектов с заданными ограничениями

Синтаксис

Out = sbioselect('PropertyName', PropertyValue) Out = sbioselect('Where', 'PropertyName', 'Condition', PropertyValue) Out = sbioselect(Obj, 'PropertyName', PropertyValue) Out = sbioselect(Obj, 'Type', 'TypeValue', 'PropertyName', PropertyValue) Out = sbioselect(Obj, 'Where', 'PropertyName', 'Condition', PropertyValue) Out = sbioselect(Obj, 'Where', 'PropertyNameCondition', 'PropertyNamePattern', 'Condition', PropertyValue) Out = sbioselect(Obj, 'Where', 'PropertyName1', 'Condition1', PropertyValue1, 'Where', 'PropertyName2', 'Condition2', PropertyValue2,...) Out = sbioselect(Obj, 'Where', 'PropertyName1', 'Condition1', PropertyValue1,Bool_Operator, 'Where', 'PropertyName2', 'Condition2', PropertyValue2,...) Out = sbioselect(Obj, 'Depth', DepthValue,...)

Аргументы

`Out`	Объект или массив объектов, возвращенных `sbioselect` функция. `Out` может содержать смесь типов объектов (для примера, видов и параметров), в зависимости от выбранной вами выборки. Если `PropertyValue` является массивом ячеек, затем функция возвращает все объекты со свойством '`PropertyName'` который соответствует любому элементу `PropertyValue`.
`Obj`	SimBiology^® объект или массив объектов для поиска. Если объект не задан, `sbioselect` выполняет поиск по корню.
`PropertyName`	Любое свойство объекта, в котором выполняется поиск.
`PropertyValue`	Задайте `PropertyValue` для включения в критерии выбора.
`TypeValue`	Тип объекта для включения в выбор, например `sbiomodel`, `species`, `reaction`, или `kineticlaw`.
`Condition`	Условие поиска. Список условий см. в таблице Описание (Description).
`PropertyNameCondition`	Условие поиска, которое применяется только к свойству name. См. таблицу «Условия для имен» ниже.
`PropertyNamePattern`	Вектор символов или строка, используемая для выбора имени свойства в соответствии с условием, накладываемым `PropertyNameCondition`.
`DepthValue`	Укажите номер глубины для поиска. Допустимые числа являются положительными целыми значениями и `inf`. Если `DepthValue` является `inf`, `sbioselect` выполняет поиск `Obj` и всех его детей. Если `DepthValue` является `1`, `sbioselect` выполняет только поиск `Obj` а не его детей. По умолчанию `DepthValue` является `inf`.

Описание

sbioselect выполняет поиск объектов с заданными ограничениями.

Out = sbioselect('PropertyName', PropertyValue) ищет корневой объект (включая все объекты модели, содержащиеся в корневом объекте) и возвращает объекты с именем свойства (PropertyName) и значение свойства (PropertyValue), содержащийся в корневом объекте.

Out = sbioselect('Where', 'PropertyName', 'Condition', PropertyValue) ищет корневой объект и находит объекты, имеющие имя свойства (PropertyName) и значение (PropertyValue), который соответствует условию (Condition).

Out = sbioselect(Obj, 'PropertyName', PropertyValue) возвращает объекты с именем свойства (PropertyName) и значение свойства (PropertyValue) найдены в любом объекте (Obj). Если имя свойства в паре свойство-значение содержит либо '?' или '*', затем имя автоматически интерпретируется как выражение подстановки, эквивалентное предложению where ('Where', 'wildcard', 'PropertyName', '==', PropertyValue).

Out = sbioselect(Obj, 'Type', 'TypeValue', 'PropertyName', PropertyValue) находит объекты типа (TypeValue), с именем свойства (PropertyName) и значение свойства (PropertyValue) найдены в любом объекте (Obj). TypeValue - тип объекта SimBiology, включаемый в выбор, например species, reaction, или kineticlaw.

Out = sbioselect(Obj, 'Where', 'PropertyName', 'Condition', PropertyValue) находит объекты, которые имеют имя свойства (PropertyName) и значение (PropertyValue), которые соответствуют условию (Condition).

Если вы ищете значение свойства вектора символов, не задавая условия, необходимо использовать тот же формат, что и get возвращает. Для примера, если get возвращает Name как 'MyObject', sbioselect не найдет объект с Name значение свойства 'myobject'. Поэтому для этого примера необходимо задать:

modelObj = sbioselect ('Name', 'MyObject')

Вместо этого, если вы используете условие, можно задать:

modelObj = sbioselect ('Where', 'Name', '==i', 'myobject')

Таким образом, условия позволяют вам контролировать специфику своего выбора.

sbioselect ищет объекты модели в корне в обоих случаях.

Out = sbioselect(Obj, 'Where', 'PropertyNameCondition', 'PropertyNamePattern', 'Condition', PropertyValue) находит объекты с именем свойства, соответствующим шаблону в (PropertyNamePattern) с условием (PropertyNameCondition) и соответствует значению (PropertyValue) с условием (Condition). Используйте этот синтаксис, когда вы хотите условия поиска как для имен свойства, так и для значений свойств.

Условия с примерами имен свойства и соответствующими примерами значений свойств, которые можно использовать, перечислены в следующих таблицах. В этой таблице показаны условия для числовых свойств.

Условия для числовых свойств	Синтаксис примера
`==`	Поиск в объекте модели (`modelObj`) и возвращают объекты параметров, которые имеют `Value` равно `0.5`. `sbioselect` возвращает объекты параметров, потому что свойство только объектов параметров называется `Value`. parameterObj = sbioselect (modelObj,... 'Where', 'Value', '==', 0.5) В случае `==`, это эквивалентно исключению условия как показано: parameterObj = sbioselect (modelObj,... 'Value', 0.5) Поиск в объекте модели (`modelObj`) и возвращают объекты параметров, которые имеют `ConstantValue` `false` (неконстантные параметры). parameterObj = sbioselect (modelObj,... 'Where', 'ConstantValue', '==', false)
`~=`	Поиск в объекте модели (`modelObj`) и возвращают объекты параметров, которые не имеют `Value` равно `0.5`. parameterObj = sbioselect (modelObj,... 'Where', 'Value', '~=', 0.5)
`>`,`<`,`>=`,`<=`	Поиск в объекте модели (`modelObj`) и возвращают виды объектов, которые имеют начальное количество (`InitialAmount`) больше `50`. speciesObj = sbioselect (modelObj, ... 'Where', 'InitialAmount', '>', 50) Поиск в объекте модели (`modelObj`) и возвращают виды объектов, которые имеют начальное количество (`InitialAmount`) меньше или равно `50`. speciesObj = sbioselect (modelObj,... 'Where', 'InitialAmount', '<=', 50)
`between`	Поиск в объекте модели (`modelObj`) и возвращают виды объектов, которые имеют начальное количество (`InitialAmount`) между `200` и `300`. speciesObj = sbioselect (modelObj,... 'Where', 'InitialAmount',... 'between', [200 300])
`~between`	Поиск в объекте модели (`modelObj`) и возвращают виды объектов, которые имеют начальное количество (`InitialAmount`), что не находится между `200` и `300`. speciesObj = sbioselect (modelObj,... 'Where', 'InitialAmount',... '~between', [200 300])
equal_and_same_type	Подобно `==`, но в сложение требуется, чтобы значение свойства было того же типа. Поиск в объекте модели (`modelObj`) и возвращает все объекты, содержащие свойство типа `double` и значение, равное `0`. (Использование `'=='` также выбирает объекты, содержащие свойство со значением false.) zeroObj = sbioselect(modelObj, ... 'Where', '*', 'equal_and_same_type', 0);
unequal_and_same_type	Подобно `~=`, но в сложение требуется, чтобы значение свойства было того же типа. Выберите все объекты, содержащие свойство type double и значение, не равное 0. (Использование `'~='` также выбирает объекты, содержащие свойство со значением true.) nonzeroObj = sbioselect(modelObj, ... 'Where', '*', 'unequal_and_same_type', 0);

В следующей таблице показаны условия для свойства name или свойств, значения которых являются векторами символов.

Условия для имен	Синтаксис примера
`==`	Поиск в объекте модели (`modelObj`) и возвращает видовые объекты с именем `'Glucose'`. speciesObj = sbioselect (modelObj,... 'Type', 'species', 'Where',... 'Name', '==', 'Glucose')
`~=`	Поиск в объекте модели (`modelObj`) и возвращают виды объектов, которые не называются `'Glucose'`. speciesObj = sbioselect (modelObj,... 'Type', 'species', 'Where',... 'Name', '~=', 'Glucose')
`==i`	То же, что и `==`; в сложение это нечувствительно к случаю.
`~=i`	Поиск в объекте модели (`modelObj`) и возвращают виды объектов, которые не называются `'Glucose'`, игнорируя случай. speciesObj = sbioselect (modelObj,... 'Type', 'species', 'Where',... 'Name', '~=i', 'glucose')
`regexp`. Поддерживает выражения, поддерживаемые функциями `regexp` и `regexpi`.	Поиск в объекте модели (`modelObj`) и возвращают объекты, которые имеют `'ese'` или `'ase'` в любом месте в имя. Obj = sbioselect (modelObj, 'Where',... 'Name', 'regexp', '[ea]se') Поиск в корне и возврат объектов, имеющих `kinase` в любом месте в имя. Obj = sbioselect ('Where',... 'Name', 'regexp', 'kinase') Обратите внимание, что этот запрос может привести к смешению типов объектов (для примера, видов и параметров).
`regexpi`	То же, что и `regexp`; в сложение это нечувствительно к случаю.
`~regexp`	Поиск в объекте модели (`modelObj`) и возвращают объекты, которые не имеют `kinase` в любом месте в имя. Obj = sbioselect (modelObj, 'Where',... 'Name', '~regexp', 'kinase')
`~regexpi`	То же, что и `~regexp`; в сложение это нечувствительно к случаю.
`wildcard`	Поддерживает `DOS-style` подстановочные знаки ('`?`'соответствует любому одному символу,' *'соответствует любому количеству символов, и шаблон должен совпадать с целым вектором символов). Посмотрите `regexptranslate` для получения дополнительной информации.
`wildcardi`	То же, что и `wildcard`; в сложение это нечувствительно к случаю.
`~wildcard`	Поиск в объекте модели (`modelObj`) и возвращают объекты, имена которых не начинаются с `kin`. Obj = sbioselect (modelObj, 'Where',... 'Name', '~wildcard', 'kin')
`~wildcardi`	То же, что и `~wildcard`; в сложение это нечувствительно к случаю.

Используйте вид условия function для любого свойства. Заданное значение должно быть указателем на функцию, который при применении к значению свойства возвращает логическое значение, указывающее, существует ли соответствие. Следующая таблица показывает пример использования function.

Состояние Синтаксис примера

Состояние	Синтаксис примера
`'function'`	Поиск в объекте модели и возврат объектов реакции, чьи `Stoichiometry` свойство содержит указанную стехиометрию. Out = sbioselect(modelObj, 'Where',... 'Stoichiometry', 'function',... @(x)any(x>2)) Выберите все объекты с четного числового значения. iseven = @(x) isnumeric(x)... && isvector(x) && mod(x, 2) == 0; evenValuedObj = sbioselect(modelObj, ... 'where', 'Value', 'function', iseven);

'function'

Поиск в объекте модели и возврат объектов реакции, чьи Stoichiometry свойство содержит указанную стехиометрию.

Out = sbioselect(modelObj, 'Where',...
'Stoichiometry', 'function',...
 @(x)any(x>2))

Выберите все объекты с четного числового значения.

iseven = @(x) isnumeric(x)...
 && isvector(x) && mod(x, 2) == 0; 
evenValuedObj = sbioselect(modelObj, ...
'where', 'Value', 'function', iseven);

Условие 'contains' может использоваться только для тех свойств, значения которых являются массивом объектов SimBiology. Следующая таблица показывает пример использования contains.

Состояние Синтаксис примера

Состояние	Синтаксис примера
`'contains'`	Поиск в объекте модели и возврат объектов реакции, чьи `Reactant` свойство содержит указанный вид. Out = sbioselect(modelObj, 'Where',... 'Reactants', 'contains',... modelObj.Species(1))

'contains'

Поиск в объекте модели и возврат объектов реакции, чьи Reactant свойство содержит указанный вид.

Out = sbioselect(modelObj, 'Where',...
'Reactants', 'contains',...
 modelObj.Species(1))

Out = sbioselect(Obj, 'Where', 'PropertyName1', 'Condition1', PropertyValue1, 'Where', 'PropertyName2', 'Condition2', PropertyValue2,...) находит объекты, содержащиеся в Obj который соответствует всем указанным условиям.

Можно объединить любое количество пар имя/значение свойства и условий в sbioselect команда.

Out = sbioselect(Obj, 'Where', 'PropertyName1', 'Condition1', PropertyValue1,Bool_Operator, 'Where', 'PropertyName2', 'Condition2', PropertyValue2,...) находит объекты, содержащиеся в Obj который соответствует всем указанным условиям. Поддерживаемые векторы символов для Bool_Operator являются следующими.

`'and'`	True if (`'Where'`, `'PropertyName1'`, `'Condition1'`, `PropertyValue1`) и (`'Where'`, `'PropertyName2'`, `'Condition2'`, `PropertyValue2`) оба верны.
`'or'`	True, если либо (`'Where'`, `'PropertyName1'`, `'Condition1'`, `PropertyValue1`) или (`'Where'`, `'PropertyName2'`, `'Condition2'`, `PropertyValue2`) верно.
`'xor'`	True, если только один из (`'Where'`, `'PropertyName1'`, `'Condition1'`, `PropertyValue1`) или (`'Where'`, `'PropertyName2'`, `'Condition2'`, `PropertyValue2`) верно.
`'not'`	True if (`'Where'`, `'PropertyName1'`, `'Condition1'`, `PropertyValue1`) верно и (`'Where'`, `'PropertyName2'`, `'Condition2'`, `PropertyValue2`) не соответствует истине.

Поддерживаются составные выражения с несколькими логическими операторами. Приоритет операторов следует порядку операций для логической алгебры not –> and –> xor –> or.

Out = sbioselect(Obj, 'Depth', DepthValue,...) находит объекты с помощью модели search depth of DepthValue.

Примечание

Порядок результатов из sbioselect не гарантируется. Следовательно, не рекомендуется зависеть от порядка результатов.

Примеры

свернуть все

Поиск видов из SimBiology модели

Открыть Live Script

Импортируйте модель.

modelObj = sbmlimport('oscillator');

Найдите и верните объект с именем pA.

pA = sbioselect(modelObj, 'Name', 'pA')

pA = 
   SimBiology Species Array

   Index:    Compartment:    Name:    Value:    Units:
   1         unnamed         pA       100

Поиск и возврат видов объектов, чьи Name начинается с p и иметь A или B как следующая буква в имени.

speciesObjs = sbioselect(modelObj, 'Type', 'species', 'Where',...
                        'Name', 'regexp', '^p[AB]')

speciesObjs = 
   SimBiology Species Array

   Index:    Compartment:    Name:        Value:    Units:
   1         unnamed         pA           100             
   2         unnamed         pB           0               
   3         unnamed         pA_OpB1      0               
   4         unnamed         pB_OpC1      0               
   5         unnamed         pA_OpB_pA    20              
   6         unnamed         pA_OpB2      0               
   7         unnamed         pB_OpC2      0               
   8         unnamed         pB_OpC_pB    0

Найдите массив ячеек. Обратите внимание, что значения массива ячеек должны быть заданы в другом массиве ячеек.

modelObj.Species(2).UserData = {'a' 'b'}; 
Obj = sbioselect(modelObj, 'UserData', {{'a' 'b'}})

Obj = 
   SimBiology Species Array

   Index:    Compartment:    Name:    Value:    Units:
   1         unnamed         pB       0

Поиск и возврат объектов, для которых не заданы модули.

unitlessObj = sbioselect(modelObj, 'Where', 'wildcard', '*Units', '==', '');

Также можно выполнить следующее.

unitlessObj = sbioselect(modelObj, '*Units', '');

См. также

regexp

Представлено до R2006a

Документация