Реализуйте Bootstrap с использованием параллельных вычислений
Bootstrap в последовательной и параллельной
Вот пример, когда bootstrap параллельно или последовательно. Пример генерирует данные из смеси двух Гауссов, создает непараметрическую оценку полученных данных и использует загрузочный ремень, чтобы получить представление о изменчивости дискретизации.
Сгенерируйте данные:
% Generate a random sample of size 1000, % from a mixture of two Gaussian distributions x = [randn(700,1); 4 + 2*randn(300,1)];
Создайте непараметрическую оценку плотности из данных:
latt = -4:0.01:12; myfun = @(X) ksdensity(X,latt); pdfestimate = myfun(x);
Загрузите оценку, чтобы получить представление о ее изменчивости дискретизации. Запустите загрузочный ремень последовательно для сравнения временных параметров.
tic;B = bootstrp(200,myfun,x);toc Elapsed time is 10.878654 seconds.
Запустите загрузочный ремень параллельно для сравнения временных параметров:
mypool = parpool() Starting parpool using the 'local' profile ... connected to 2 workers. mypool = Pool with properties: AttachedFiles: {0x1 cell} NumWorkers: 2 IdleTimeout: 30 Cluster: [1x1 parallel.cluster.Local] RequestQueue: [1x1 parallel.RequestQueue] SpmdEnabled: 1opt = statset('UseParallel',true); tic;B = bootstrp(200,myfun,x,'Options',opt);toc Elapsed time is 6.304077 seconds.Параллельные вычисления почти в два раза быстрее, чем последовательные вычисления для этого примера.
Наложите ksdensity оценка плотности с 200 загрузочными оценками, полученными в параллельном загрузочном ремешке. Вы можете получить представление о том, как оценить точность оценки плотности с этого графика.
hold on
for i=1:size(B,1),
plot(latt,B(i,:),'c:')
end
plot(latt,pdfestimate);
xlabel('x');ylabel('Density estimate')
Воспроизводимый параллельный Bootstrap
Чтобы запустить пример параллельно воспроизводимым образом, установите опции соответствующим образом (см. «Выполнение воспроизводимых параллельных расчетов»). Сначала настройте задачу и параллельное окружение как в Bootstrap в последовательных и параллельных. Затем установите опции для использования субпотоков наряду с потоком, который поддерживает субпотоки.
s = RandStream('mlfg6331_64'); % has substreams
opts = statset('UseParallel',true,...
'Streams',s,'UseSubstreams',true);
B2 = bootstrp(200,myfun,x,'Options',opts);Чтобы перезапустить bootstrap и получить тот же результат:
reset(s) % set the stream to initial state
B3 = bootstrp(200,myfun,x,'Options',opts);
isequal(B2,B3) % check if same results
ans =
1