Разделите информацию об интенсивности зонда SNP Affymetrix для аллелей A и B
ProbeStructSplit = affysnpintensitysplit(ProbeStruct)
ProbeStructSplit = affysnpintensitysplit(ProbeStruct,
'Controls', ControlsValue)
ProbeStruct | MATLAB® структура, содержащая тестовую информацию об интенсивности от Affymetrix® Сопоставляя массив ДНК, такой, как возвращено celintensityread. |
ControlsValue | Управляет включением зондов управления в ProbeStructSplit. Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
ProbeStructSplit | Структура MATLAB, содержащая тестовую информацию об интенсивности от Affymetrix Отображение массива ДНК, разделенного в информацию для аллелей A и B. |
ProbeStructSplit = affysnpintensitysplit(ProbeStruct)ProbeStruct, структура, содержащая тестовую информацию об интенсивности от Affymetrix Отображение массива ДНК, в ProbeStructSplit, структура, содержащая тестовую информацию об интенсивности от Affymetrix Отображение массива ДНК, разделенного в информацию для аллелей A и B.
ProbeStructSplit содержит следующие поля.
| Поле | Описание |
|---|---|
CDFName | Имя файла файла библиотеки Affymetrix CDF. |
CELNames | Массив ячеек имен файлов Affymetrix CEL. |
NumChips | Количество чтения файлов CEL во входную структуру. |
NumProbeSets | Количество тестовых наборов в каждом файле CEL. |
NumProbes | Максимальное количество зондов всего для одной аллели в каждом файле CEL. Примечание Если количество зондов для аллели A различное что касается аллели B, большее число используется. |
ProbeSetIDs | Массив ячеек тестовых идентификаторов набора из файла библиотеки Affymetrix CDF. |
ProbeIndices | Вектор-столбец, содержащий информацию об индексации зонда всего для одной аллели в каждом файле ячейки. Зондами в тестовом наборе является пронумерованный Примечание
|
PMAIntensities | Матрица, содержащая идеальную пару (PM), зондируют значения интенсивности для аллели A. Каждая строка соответствует аллели зонд, и каждый столбец соответствует файлу CEL. Строкам упорядочивают тот же путь как в |
PMBIntensities | Матрица, содержащая идеальную пару (PM), зондируют значения интенсивности для аллели B. Каждая строка соответствует аллели B зонд, и каждый столбец соответствует файлу CEL. Строкам упорядочивают тот же путь как в |
MMAIntensities (дополнительный) | Матрица, содержащая несоответствие (MM), зондирует значения интенсивности для аллели A. Каждая строка соответствует аллели зонд, и каждый столбец соответствует файлу CEL. Строкам упорядочивают тот же путь как в |
MMBIntensities (дополнительный) | Матрица, содержащая несоответствие (MM), зондирует значения интенсивности для аллели B. Каждая строка соответствует аллели B зонд, и каждый столбец соответствует файлу CEL. Строкам упорядочивают тот же путь как в |
ProbeStructSplit = affysnpintensitysplit(ProbeStruct,
'Controls', ControlsValue)true или false (значение по умолчанию).
Примечание
Управляйте зондами, иногда содержат информацию только для одной аллели. В этом случае значение для соответствующей аллели (A или B), который не присутствует, установлено к NaN.
Следующий пример принимает, что ваша текущая папка указывает на местоположение, содержащее Mapping50K_Hind240.CDF файл библиотеки и 18 файлов CEL сопоставлены с этим файлом библиотеки CDF. Эти файлы сопоставлены с Affymetrix Отображение массива ДНК.
Используйте celintensityread функционируйте, чтобы считать Mapping50K_Hind240.CDF файл библиотеки и 18 файлов CEL сопоставлены с ним в структуру MATLAB.
ps = celintensityread('*','Mapping50K_Hind240.CDF')
ps =
CDFName: 'Mapping50K_Hind240.CDF'
CELNames: {18x1 cell}
NumChips: 18
NumProbeSets: 57299
NumProbes: 1145780
ProbeSetIDs: {57299x1 cell}
ProbeIndices: [1145780x1 uint8]
GroupNumbers: [1145780x1 uint8]
PMIntensities: [1145780x18 single]Извлеките интенсивность зонда премьер-министра для аллели A и аллели B в другую структуру MATLAB без включения информации об интенсивности для зондов управления.
ps_split = affysnpintensitysplit(ps)
ps_split =
CDFName: 'Mapping50K_Hind240.CDF'
CELNames: {18x1 cell}
NumChips: 18
NumProbeSets: 57275
NumProbes: 572750
ProbeSetIDs: {57275x1 cell}
ProbeIndices: [572750x1 uint8]
PMAIntensities: [572750x18 single]
PMBIntensities: [572750x18 single]