Считайте тестовую интенсивность из файлов Affymetrix CEL
ProbeStructure = celintensityread(CELFiles,
CDFFile)
ProbeStructure =
celintensityread(..., 'CELPath', CELPathValue,
...)
ProbeStructure = celintensityread(...,
'CDFPath', CDFPathValue, ...)
ProbeStructure = celintensityread(...,
'PMOnly', PMOnlyValue, ...)
ProbeStructure =
celintensityread(..., 'Verbose', VerboseValue,
...)
CELFiles | Любое следующее:
|
CDFFile | Любое из следующего:
|
CELPathValue | Вектор символов или строка, задающая путь и папку, где файлы заданы в CELFiles хранятся. |
CDFPathValue | Вектор символов или строка, задающая путь и папку, где файл задан в CDFFile хранится. |
PMOnlyValue | Свойство включать или исключить несоответствие (MM) зондирует значения интенсивности в возвращенной структуре. Введите true возвратить только идеальную пару (PM), зондируют интенсивность. Введите false чтобы возвратить и PM и MM зондируют интенсивность. Значением по умолчанию является true. |
VerboseValue | Управляет отображением отчета о выполнении работ, показывающего имя каждого файла CEL, когда это читается. Когда VerboseValue false, никакой отчет о выполнении работ не отображен. Значением по умолчанию является true. |
ProbeStructure | MATLAB® структура, содержащая информацию из файлов CEL, включая тестовую интенсивность, зондирует индексы и тестовые идентификаторы набора. |
ProbeStructure = celintensityread(CELFiles,
CDFFile)ProbeStructure, структура, содержащая информацию из файлов CEL, включая тестовую интенсивность, зондирует индексы и тестовые идентификаторы набора. CELFiles вектор символов, строка, вектор строки или массив ячеек из символьных векторов, содержащий имена файлов CEL. CDFFile вектор символов или строка, задающая имя CDF-файла.
Если вы устанавливаете CELFiles к '*', затем это читает все файлы CEL в текущей папке. Если вы устанавливаете CELFiles к ' ', затем это открывает диалоговое окно Select CEL Files, из которого вы выбираете файлы CEL. От этого диалогового окна можно нажать и содержать Ctrl или Shift при нажатии, чтобы выбрать несколько файлов CEL.
Если вы устанавливаете CDFFile к ' ', затем это открывает диалоговое окно Select CDF File, из которого вы выбираете CDF-файл.
ProbeStructure = celintensityread (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...)celintensityread с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
задает путь и папку где файлы, заданные ProbeStructure =
celintensityread(..., 'CELPath', CELPathValue,
...)CELFiles хранятся.
ProbeStructure = celintensityread(...,
'CDFPath', CDFPathValue, ...)CDFFile хранится.
ProbeStructure = celintensityread(...,
'PMOnly', PMOnlyValue, ...)PMOnlyValue true, celintensityread возвращает только идеальную пару (PM), тестовая интенсивность. Когда PMOnlyValue false, celintensityread возвращает и PM и интенсивность зонда MM. Значением по умолчанию является true.
Совет
Чтение большого количества файлов CEL и/или большого файла CEL может потребовать расширенных объемов памяти от операционной системы.
Если вы получаете ошибки, связанные с памятью, попробуйте следующее:
Увеличьте виртуальную память (область подкачки) для вашей операционной системы как описано в Твердости “Из Памяти” Ошибки.
Если вы получаете ошибки, связанные с Java® пространство "кучи", увеличьте свое пространство "кучи" Java:
Если у вас есть версия 7.10 (R2010a) MATLAB или позже, смотрите Настройки Java Heap Memory.
Если у вас есть версия 7.9 (R2009b) MATLAB или ранее, см. https://www.mathworks.com/matlabcentral/answers/92813-how-do-i-increase-the-heap-space-for-the-java-vm-in-matlab-6-0-r12-and-later-versions.
ProbeStructure содержит следующие поля.
| Поле | Описание |
|---|---|
CDFName | Имя файла файла библиотеки Affymetrix CDF. |
CELNames | Массив ячеек имен файлов Affymetrix CEL. |
NumChips | Количество чтения файлов CEL в структуру. |
NumProbeSets | Количество тестовых наборов в каждом файле CEL. |
NumProbes | Количество зондов в каждом файле CEL. |
ProbeSetIDs | Массив ячеек тестовых идентификаторов набора из файла библиотеки Affymetrix CDF. |
ProbeIndices | Вектор-столбец, содержащий информацию об индексации зонда. Зондами в тестовом наборе является пронумерованный |
GroupNumbers | Вектор-столбец, содержащий числа группы для зондов в тестовом наборе. Для данных об экспрессии гена номером группы для всех зондов является
|
PMIntensities | Матрица, содержащая идеальную пару (PM), зондируют значения интенсивности. Каждая строка соответствует зонду, и каждый столбец соответствует файлу CEL. Строкам упорядочивают тот же путь как в |
MMIntensities (дополнительный) | Матрица, содержащая несоответствие (MM), зондирует значения интенсивности. Каждая строка соответствует зонду, и каждый столбец соответствует файлу CEL. Строкам упорядочивают тот же путь как в |
ProbeStructure =
celintensityread(..., 'Verbose', VerboseValue,
...)VerboseValue false, никакой отчет о выполнении работ не отображен. Значением по умолчанию является true.
Следующий пример принимает, что у вас есть HG_U95Av2.CDF файл библиотеки хранится в D:\Affymetrix\LibFiles\HGGenome, и что ваша текущая папка указывает на местоположение, содержащее файлы CEL, сопоставленные с этим файлом библиотеки CDF. В этом примере, celintensityread функционируйте читает все файлы CEL в текущей папке и CDF-файл в заданной папке. Следующая командная строка использует rmabackadj функция, чтобы выполнить фоновую корректировку на премьер-министре зондирует интенсивность в PMIntensities поле PMProbeStructure.
PMProbeStructure = celintensityread('*', 'HG_U95Av2.CDF',...
'CDFPath', 'D:\Affymetrix\LibFiles\HGGenome');
BackAdjustedMatrix = rmabackadj(PMProbeStructure.PMIntensities);
affygcrma | affyinvarsetnorm | affyprobeseqread | affyread | affyrma | affysnpintensitysplit | agferead | gcrma | gcrmabackadj | gprread | ilmnbsread | probelibraryinfo | probesetlink | probesetlookup | probesetplot | probesetvalues | rmabackadj | rmasummary | sptread