(Чтобы быть удаленным), Структура данных, содержащая типовые взаимосвязанные данные раньше, реализовывала ориентированного графа
biograph object и его методы будут удалены в будущем релизе. Используйте graph или digraph вместо этого. Для получения дополнительной информации см. Вопросы совместимости.
Биообъект диаграмм является структурой данных, содержащей типовые взаимосвязанные данные, используемые, чтобы реализовать ориентированного графа. Узлы представляют белки, гены или любую другую биологическую сущность, и ребра представляют взаимодействия, зависимости или любое другое отношение между узлами. Биообъект диаграмм также хранит информацию, такую как свойства цвета и характеристики текстовой метки, используемые, чтобы создать 2D визуализацию графика.
Вы создаете биообъект диаграмм с помощью функции конструктора Object biograph. Можно просмотреть графическое представление биообъекта диаграмм с помощью view метод.
Следующее является методами биообъекта диаграмм:
| allshortestpaths (biograph) | (Чтобы быть удаленным), Находят все кратчайшие пути в биообъекте диаграмм |
| conncomp (biograph) | (Чтобы быть удаленным), Находят строго или слабо соединенные компоненты в биообъекте диаграмм |
| dolayout (biograph) | (Чтобы быть удаленным), Вычисляют положения узла и траектории ребра |
| get (biograph) | (Чтобы быть удаленным), Получают информацию о биообъекте диаграмм |
| getancestors (biograph) | (Чтобы быть удаленным), Находят предков узла в биообъекте диаграмм |
| getdescendants (biograph) | (Чтобы быть удаленным), Находят потомков узла в биообъекте диаграмм |
| getedgesbynodeid (biograph) | (Чтобы быть удаленным), Получают указатели на ребра в биообъекте диаграмм |
| getmatrix (biograph) | (Чтобы быть удаленным), Делают пересадку матрица от биообъекта диаграмм |
| getnodesbyid (biograph) | (Чтобы быть удаленным), Получают указатели на узлы |
| getrelatives (biograph) | (Чтобы быть удаленным), Находят родственников узла в биообъекте диаграмм |
| getweightmatrix (biograph) | (Чтобы быть удаленным), Делают пересадку матрица с весами от биообъекта диаграмм |
| isdag (biograph) | (Чтобы быть удаленным) Тест для циклов в биообъекте диаграмм |
| isomorphism (biograph) | (Чтобы быть удаленным), Находят изоморфизм между двумя биообъектами диаграмм |
| isspantree (biograph) | (Чтобы быть удаленным), Определяют, охватывает ли дерево, созданное из биообъекта диаграмм, дерево |
| maxflow (biograph) | (Чтобы быть удаленным), Вычисляют максимальный поток в биообъекте диаграмм |
| minspantree (biograph) | (Чтобы быть удаленным), Находят минимальное дерево охвата в биообъекте диаграмм |
| set (biograph) | (Чтобы быть удаленным) свойство Set биообъекта диаграмм |
| shortestpath (biograph) | (Чтобы быть удаленным), Решают задачу кратчайшего пути в биообъекте диаграмм |
| topoorder (biograph) | (Чтобы быть удаленным), Выполняют топологический вид направленного графа без петель, извлеченного из биообъекта диаграмм |
| traverse (biograph) | (Чтобы быть удаленным) биообъект диаграмм Пересечения следующими смежными узлами |
| view (biograph) | (Чтобы быть удаленным), Чертят фигуру от биообъекта диаграмм |
Следующее является методами объекта узла:
| getancestors (biograph) | (Чтобы быть удаленным), Находят предков узла в биообъекте диаграмм |
| getdescendants (biograph) | (Чтобы быть удаленным), Находят потомков узла в биообъекте диаграмм |
| getrelatives (biograph) | (Чтобы быть удаленным), Находят родственников узла в биообъекте диаграмм |
Биообъект диаграмм содержит два вида объектов, объектов узла и объектов ребра, которые имеют их собственные свойства. Для списка свойств объектов узла и объектов ребра, см. следующие таблицы.
Свойства биообъекта диаграмм
| Свойство | Описание |
|---|---|
ID
| Вектор символов, чтобы идентифицировать биообъект диаграмм. Значением по умолчанию является ''. |
Label | Вектор символов, чтобы пометить биообъект диаграмм. Значением по умолчанию является ''. |
Description | Вектор символов, который описывает биообъект диаграмм. Значением по умолчанию является ''. |
LayoutType
| Вектор символов, который задает алгоритм для механизма размещения. Выбор:
|
EdgeType | Вектор символов, который задает, как ребра отображаются. Выбор:
Примечание Изогнутые или сегментированные ребра происходят только при необходимости, чтобы избежать преграды узлами. Биообъекты диаграмм с |
Scale | Положительное число, которое постмасштабирует координаты узла. Значением по умолчанию является 1. |
LayoutScale | Положительное число, которое масштабирует размер узлов прежде, чем вызвать механизм размещения. Значением по умолчанию является 1. |
EdgeTextColor | Трехэлементный числовой вектор из значений RGB. Значением по умолчанию является [0, 0, 0], который задает черный. |
EdgeFontSize | Положительное число, которое устанавливает размер шрифта ребра в точках. Значением по умолчанию является 8. |
ShowArrows | Управляет отображением стрел с ребрами. Выбором является 'on' (значение по умолчанию) или 'off'. |
ArrowSize | Положительное число, которое устанавливает размер стрелок в точках. Значением по умолчанию является 8. |
ShowWeights | Управляет отображением текста, указывающего на вес ребер. Выбором является 'on' или 'off' (значение по умолчанию). |
ShowTextInNodes | Вектор символов, который задает свойство узла, раньше помечал узлы, когда вы отображаете биообъект диаграмм с помощью
|
NodeAutoSize | Средства управления, предварительно вычисляющие размер узла прежде, чем вызвать механизм размещения. Выбором является Примечание Установите его на
|
NodeCallback | Пользовательский коллбэк для всех узлов. Введите имя функции, указателя на функцию или массива ячеек с несколькими указателями на функцию. После использования view функционируйте, чтобы отобразить биообъект диаграмм в Средстве просмотра Биографика, можно дважды кликнуть узел, чтобы активировать первый коллбэк, или щелкнуть правой кнопкой и выбрать коллбэк, чтобы активироваться. Значением по умолчанию является анонимная функция, @(node) inspect(node), который отображает диалоговое окно Property Inspector. |
EdgeCallback | Пользовательский коллбэк для всех ребер. Введите имя функции, указателя на функцию или массива ячеек с несколькими указателями на функцию. После использования view функционируйте, чтобы отобразить биообъект диаграмм в Средстве просмотра Биографика, можно щелкнуть правой кнопкой и выбрать коллбэк, чтобы активироваться. Значением по умолчанию является анонимная функция, @(edge) inspect(edge), который отображает диалоговое окно Property Inspector. |
CustomNodeDrawFcn | Указатель на функцию к индивидуально настраиваемой функции, чтобы чертить узлы. Значением по умолчанию является []. |
Nodes | Вектор-столбец только для чтения с указателями на объекты узла биообъекта диаграмм. Размер вектора является количеством узлов. Для свойств объектов узла смотрите Свойства Объекта узла. |
Edges | Вектор-столбец только для чтения с указателями на объекты ребра биообъекта диаграмм. Размер вектора является количеством ребер. Для свойств объектов ребра смотрите Свойства Объекта Ребра. |
Свойства объекта узла
| Свойство | Описание |
|---|---|
ID | Вектор символов задал, когда биообъект диаграмм создается, любой NodeIDs входной параметр или внутренне biograph функция конструктора. Можно изменить это свойство с помощью set метод, но ID каждого объекта узла |
Label | Вектор символов для маркировки узла, когда вы отображаете биообъект диаграмм с помощью view метод. Значением по умолчанию является ''. |
Description | Вектор символов, который описывает узел. Значением по умолчанию является ''. |
Position | Двухэлементный числовой вектор из x- и y- координаты, например, [150, 150]. Если вы не задаете это свойство, значением по умолчанию является первоначально [], затем, когда алгоритмы макета выполняются, это становится двухэлементным числовым вектором из x- и y- координаты вычисляются механизмом размещения. |
Shape
| Вектор символов, который задает форму узлов. Выбор:
|
Size
| Двухэлементный числовой вектор, вычисленный прежде, чем вызвать механизм размещения с помощью фактического размера шрифта и формы узла. Значением по умолчанию является [10, 10]. |
Color
| Трехэлементный числовой вектор из значений RGB, который задает цвет заливки узла. Значением по умолчанию является [1, 1, 0.7], который задает желтый. |
LineWidth
| Положительное число. Значением по умолчанию является 1. |
LineColor
| Трехэлементный числовой вектор из значений RGB, который задает цвет контура узла. Значением по умолчанию является [0.3, 0.3, 1], который задает синий. |
FontSize
| Положительное число, которое устанавливает размер шрифта узла в точках. Значением по умолчанию является 8. |
TextColor
| Трехэлементный числовой вектор из значений RGB, который задает цвет меток узла. Значением по умолчанию является [0, 0, 0], который задает черный. |
UserData | Разные, пользовательские данные, которые вы хотите сопоставить с узлом. Узел не использует это свойство, но можно получить доступ и задать его с помощью get и set функции. Значением по умолчанию является []. |
Свойства объекта ребра
| Свойство | Описание |
|---|---|
ID
| Вектор символов автоматически сгенерировал от узла IDs, когда биообъект диаграмм создается biograph функция конструктора. Можно изменить это свойство с помощью set метод, но каждый объект ребра ID должно быть уникальным. |
Label
| Вектор символов для маркировки ребра. Значением по умолчанию является ''. |
Description
| Вектор символов, который описывает ребро. Значением по умолчанию является ''. |
Weight | Значение, которое представляет вес (стоимость, расстояние, длина или способность) сопоставленный с ребром. Значением по умолчанию является 1. |
LineWidth
| Положительное число. Значением по умолчанию является 0.5. |
LineColor
| Трехэлементный числовой вектор из значений RGB, который задает цвет ребра. Значением по умолчанию является [0.5, 0.5, 0.5], который задает серый. |
UserData | Разные, пользовательские данные, которые вы хотите сопоставить с ребром. Ребро не использует это свойство, но можно получить доступ и задать его с помощью get и set функции. Значением по умолчанию является []. |
