Преобразуйте файлы GTF в файлы SAM
cuffgtf2sam( преобразует собранные расшифровки стенограммы в файле GTF input,output)input к SAM-файлу-формата output
[1].
cuffgtf2sam требует Пакета поддержки Запонок для Bioinformatics Toolbox™. Если пакет поддержки не установлен, то функция обеспечивает ссылку на загрузку. Для получения дополнительной информации смотрите Пакеты Программной поддержки Bioinformatics Toolbox.
Примечание
cuffgtf2sam поддерживается на Mac и UNIX® платформы только.
cuffgtf2sam( дополнительные опции использования заданы одним или несколькими аргументами пары "имя-значение". Например, input,output,Name,Value)gtf2sam('hum37_2_1M.gtf','hum37_2_1M.sam','UseFPKM',true) вставляет значение FPKM в записи SAM.
[1] Trapnell, Капуста, Брайан А Уильямс, Гео Pertea, Али Мортэзэви, Гордон Кван, Мэриджк Дж ван Бэрен, Стивен Л Залцберг, Барбара Дж Уолд и Лайор Пэчтер. “Блок расшифровки стенограммы и Квантификация RNA-Seq Показывают Неаннотируемые Расшифровки стенограммы и Изоформу, Переключающуюся во время Клеточной дифференцировки”. Биотехнология природы 28, № 5 (май 2010): 511–15.
[2] Литий, H., Б. Хэндсэкер, А. Визокер, Т. Феннелл, Цз. Жуань, Н. Гомер, Г. Март, Г. Абекэзис, Р. Дербин и 1 000 Подгрупп Обработки данных Проекта Генома. “Sequence Alignment / Формат Карты и SAMtools”. Биоинформатика 25, № 16 (15 августа 2009): 2078–79.