Exponenta Banner

fastainfo

Возвратите информацию о файле FASTA

свернуть все на странице

Синтаксис

info = fastainfo(file)
info = fastainfo(file,'TimeOut',TO)

Описание

пример

info = fastainfo(file) возвращает структуру info содержа итоговую информацию о file FASTA.

пример

info = fastainfo(file,'TimeOut',TO) устанавливает тайм-аут связи (в секундах) считывать данные из удаленного файла или URL.

Примеры

свернуть все

Скрипт Open Live Script
info = fastainfo('ex1ref.fasta')
info = struct with fields:
           Filename: 'ex1ref.fasta'
           FilePath: '/mathworks/devel/bat/BR2021bd/build/matlab/toolbox/bioinfo/bioinfodata'
        FileModDate: '07-May-2010 16:12:06'
           FileSize: 1612
    NumberOfEntries: 1
             Header: 'Reference for ex1'
             Length: 1569

Входные параметры

свернуть все

Файл FASTA в виде одного из следующего:

  • Вектор символов или строка, задающая имя файла FASTA, путь и имя файла FASTA или URL, указывающий на файл FASTA. Если вы задаете только имя файла, файл должен быть на MATLAB® путь поиска файлов или в текущей папке.

  • Символьный массив, содержащий текст файла FASTA.

Типы данных: char | string

Тайм-аут связи, чтобы считать данные из удаленного файла в виде положительной скалярной величины. Для получения дополнительной информации смотрите здесь.

Типы данных: double
Поддержка комплексного числа: Да

Выходные аргументы

свернуть все

Итоговая информация о файле FASTA, возвращенном как структура. Структура содержит следующие поля.

Поле Описание

Filename

Имя файла.

FilePath

Путь к файлу.

FileModDate

Дата модификации файла.

FileSize

Размер файла в байтах.

NumberOfEntries

Количество записей последовательности в файле.

Header

Если file содержит только одну последовательность, затем это - вектор символов, содержащий информацию о заголовке из файла FASTA. В противном случае это поле пусто.

Length

Если file содержит только одну последовательность, затем это - скаляр, задающий длину последовательности. В противном случае это поле пусто.

Смотрите также

| | | |

Темы

Представленный в R2009b

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка