fastqwrite

Запишите в файл с помощью формата FASTQ

Синтаксис

fastqwrite(File, FASTQStruct)
fastqwrite(File, Header, Sequence, Qual)

Описание

fastqwrite(File, FASTQStruct) пишет содержимое MATLAB® структура или массив структур к FASTQ-отформатированному файлу. Если вы задаете существующий FASTQ-отформатированный файл, fastqwrite добавляет данные к файлу, вместо того, чтобы перезаписать файл.

fastqwrite(File, Header, Sequence, Qual) заголовок записей, последовательность и информация о качестве к FASTQ-отформатированному файлу.

Совет

Чтобы добавить FASTQ-отформатированные-данные к существующему файлу, просто задайте то имя файла. fastqwrite добавляют данные в конец файла.

Если вы используете fastqwrite в скрипте можно отключить добавлять предупреждающее сообщение путем ввода следующих командных строк перед fastqwrite команда:

warnState = warning %Save the current warning state
warning('off','Bioinfo:fastqwrite:AppendToFile'); 
Затем введите следующую командную строку после fastqwrite команда:
warning(warnState) %Reset warning state to previous settings

Входные параметры

File

Вектор символов или строка, задающая или имя файла или путь и имя файла для сохранения FASTQ-отформатированных-данных. Если вы задаете только имя файла, fastqwrite сохранил файл к Текущей папке MATLAB. Если вы задаете существующий файл, fastqwrite добавляет данные к файлу, вместо того, чтобы перезаписать файл.

FASTQStruct

Структура MATLAB или массив структур, содержащих поля Header, Sequence, и Quality, такой, как возвращено fastqread.

Header

Вектор символов или информация о заголовке строки, содержащей о последовательности нуклеотида. Этот текст появляется в заголовке FASTQ-отформатированного файла, File.

Sequence

Вектор символов или строка, содержащая последовательность нуклеотида с помощью стандартной буквы IUB/IUPAC или целочисленных кодов. Для списка допустимых символов смотрите Поиск Поиска или Нуклеотида Аминокислоты.

Qual

Вектор символов или представление ASCII строки, содержащей качественной музыки на основу к последовательности нуклеотида.

Примеры

Запишите несколько последовательностей в файл FASTQ от массива структур:

% Read the contents of a FASTQ-formatted file into
% an array of structures
reads = fastqread('SRR005164_1_50.fastq');
% Create another array of structures for the first five reads
reads5 = reads(1:5);
% Write the first five reads to a separate FASTQ-formatted file
fastqwrite('fiveReads.fastq', reads5)

Запишите одну последовательность в файл FASTQ от отдельных переменных:

% Create separate variables for the header, sequence, and 
% quality information of a nucleotide sequence
h = 'MYSEQ-000_1_1_1_953_493';
s = 'GTTACCATGATGTTATTTCTTCATTTGGAGGTAAAA';
q = ']]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]T]]]]RJRZTQLOA';
% Write the information to a FASTQ-formatted file
fastqwrite('oneRead.fastq', h, s, q)

Больше о

свернуть все

FASTQ-формат-файла

FASTQ-отформатированный файл содержит последовательность нуклеотида и информацию о качестве о четырех линиях:

  • Line 1 — Информация о заголовке снабжается префиксом @ символ

  • Line 2 — Последовательность нуклеотида

  • Line 3 — Информация о заголовке снабжается префиксом + символ

  • Line 4 — Представление ASCII качественной музыки на основу к использованию последовательности нуклеотида Phred или кодированию Solexa

Представленный в R2009b
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте