getbyname (phytree)

Ветви и листы от объекта phytree

Синтаксис

S = getbyname(Tree, Expression)
S = getbyname(Tree, Key)
S = getbyname(Tree, Key, 'Exact', ExactValue)

Аргументы

Tree

объект phytree, созданный phytree функция (конструктор Object) или phytreeread функция.

Expression

Регулярное выражение или массив ячеек регулярных выражений, чтобы искать в Tree.

Key

Вектор символов или массив ячеек из символьных векторов, чтобы искать в Tree.

ExactValueСредства управления, должно ли полное точное имя узла совпадать с вектором (векторами) символов, игнорируя регистр. Выбором является true или false (значение по умолчанию). Когда trueS числовой вектор-столбец, указывающий, какие имена узла совпадают с запросом точно, полностью.

Описание

S = getbyname(Tree, Expression) ищет имена узлов в Tree, объект phytree, для регулярного выражения (выражений) задан Expression. Это возвращает S, логическая матрица размера NumNodes- M, где M любой 1 или длина Expression. Каждая строка в S соответствует узлу, и каждый столбец соответствует запросу в Expression. Логический матричный S указывает на имена узла то соответствие Expression'IgnoringCase' .

S = getbyname(Tree, Key) ищет имена узлов в Tree, объект phytree, для вектора (векторов) символов задан Key. Это возвращает S, логическая матрица размера NumNodes- M, где M любой 1 или длина Key. Каждая строка в S соответствует узлу, и каждый столбец соответствует запросу в Key. Логический матричный S указывает на имена узла то соответствие Key'IgnoringCase' .

S = getbyname(Tree, Key, 'Exact', ExactValue) задает, должно ли полное точное имя узла совпадать с вектором (векторами) символов, игнорируя регистр. Выбором является true или false (значение по умолчанию). Когда trueS числовой вектор-столбец, указывающий, какие имена узла совпадают с запросом точно, полностью.

Примеры

  1. Считайте филогенетический древовидный файл, созданный из семейства белков в объект phytree.

    tr = phytreeread('pf00002.tree');
  2. Определите всю мышь и человеческие белки путем поиска узлов, которые включают векторы символов 'mouse' и 'human' на их имена.

    sel = getbyname(tr,{'mouse','human'});
    view(tr,any(sel,2));

Смотрите также

| | | |

Представлено до R2006a
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте