phytree object

Структура данных, содержащая филогенетическое дерево

Описание

Объект phytree является структурой данных, содержащей филогенетическое дерево. Филогенетические деревья являются базированными деревьями двоичного файла, что означает, что каждая ветвь является родительским элементом двух других ветвей, двух листов, или одной ветви и одного листа. Объект phytree может быть ультраметрикой или nonultrametric.

Сводные данные метода

Следующее является методами объекта phytree:

cluster (phytree)Подтвердите кластеры в филогенетическом дереве
get (phytree)Получите информацию о филогенетическом древовидном объекте
getbyname (phytree)Ветви и листы от объекта phytree
getcanonical (phytree)Вычислите каноническую форму филогенетического дерева
getmatrix (phytree)Преобразуйте объект phytree в матрицу отношения
getnewickstr (phytree)Создайте Newick-отформатированный вектор символов
pdist (phytree)Вычислите попарные принадлежащие отцам церкви расстояния в объекте phytree
plot (phytree)Чертите филогенетическое дерево
prune (phytree)Удалите узлы ветви из филогенетического дерева
reorder (phytree)Переупорядочьте листы филогенетического дерева
reroot (phytree)Измените корень филогенетического дерева
select (phytree)Выберите древовидные ветви и листы в объекте phytree
subtree (phytree)Извлеките филогенетическое поддерево
view (phytree)Просмотрите филогенетическое дерево
weights (phytree)Вычислите веса для филогенетического дерева

Сводные данные свойства

Примечание

Вы не можете изменить эти свойства непосредственно. Можно получить доступ к этим свойствам с помощью get метод.

СвойствоОписание
NumLeavesКоличество листов
NumBranchesКоличество ветвей
NumNodesКоличество узлов (NumLeaves + NumBranches)
PointersПерейдите к списку возможностей соединения листа/ветви
Distances Длина ребра для каждого листа/ветви
LeafNamesИмена листов
BranchNamesИмена ветвей
NodeNamesИмена всех узлов

Представленный в R2006b
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте