Структура данных, содержащая филогенетическое дерево
Объект phytree является структурой данных, содержащей филогенетическое дерево. Филогенетические деревья являются базированными деревьями двоичного файла, что означает, что каждая ветвь является родительским элементом двух других ветвей, двух листов, или одной ветви и одного листа. Объект phytree может быть ультраметрикой или nonultrametric.
Следующее является методами объекта phytree:
| cluster (phytree) | Подтвердите кластеры в филогенетическом дереве |
| get (phytree) | Получите информацию о филогенетическом древовидном объекте |
| getbyname (phytree) | Ветви и листы от объекта phytree |
| getcanonical (phytree) | Вычислите каноническую форму филогенетического дерева |
| getmatrix (phytree) | Преобразуйте объект phytree в матрицу отношения |
| getnewickstr (phytree) | Создайте Newick-отформатированный вектор символов |
| pdist (phytree) | Вычислите попарные принадлежащие отцам церкви расстояния в объекте phytree |
| plot (phytree) | Чертите филогенетическое дерево |
| prune (phytree) | Удалите узлы ветви из филогенетического дерева |
| reorder (phytree) | Переупорядочьте листы филогенетического дерева |
| reroot (phytree) | Измените корень филогенетического дерева |
| select (phytree) | Выберите древовидные ветви и листы в объекте phytree |
| subtree (phytree) | Извлеките филогенетическое поддерево |
| view (phytree) | Просмотрите филогенетическое дерево |
| weights (phytree) | Вычислите веса для филогенетического дерева |
Примечание
Вы не можете изменить эти свойства непосредственно. Можно получить доступ к этим свойствам с помощью get метод.
| Свойство | Описание |
|---|---|
NumLeaves | Количество листов |
NumBranches | Количество ветвей |
NumNodes | Количество узлов (NumLeaves + NumBranches) |
Pointers | Перейдите к списку возможностей соединения листа/ветви |
Distances | Длина ребра для каждого листа/ветви |
LeafNames | Имена листов |
BranchNames | Имена ветвей |
NodeNames | Имена всех узлов |
phytree | phytreeread | phytreeviewer | phytreewrite | seqlinkage | seqneighjoin | seqpdist | cluster | get | getbyname | getcanonical | getmatrix | getnewickstr | pdist | plot | prune | reroot | select | subtree | view | weights