Класс: GFFAnnotation
Получите подмножество элементов от GFFAnnotation объект
NewObj = getSubset(AnnotObj,StartPos,EndPos)
NewObj = getSubset(AnnotObj,Subset)
NewObj = getSubset(___,Name,Value)
NewObj = getSubset(AnnotObj,StartPos,EndPos)NewObj, новый объект, содержащий подмножество элементов от AnnotObj это находится в пределах каждого ссылочного диапазона последовательности, указанного StartPos и EndPos.
NewObj = getSubset(AnnotObj,Subset)NewObj, новый объект, содержащий подмножество элементов, задан Subset, вектор из целых чисел.
NewObj = getSubset(___,Name,Value)NewObj, новый объект, содержащий подмножество элементов от AnnotObj, использование любого из входных параметров от предыдущих синтаксисов и дополнительных опций задано одним или несколькими Name,Value парные аргументы.
|
Объект |
|
Неотрицательное целое число, задающее запуск области значений в каждой ссылочной последовательности в |
|
Неотрицательное целое число, задающее конец области значений в каждой ссылочной последовательности в |
|
Вектор из положительных равных целых чисел или меньше, чем количество записей в объекте. Используйте векторный |
Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value аргументы. Name имя аргумента и Value соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.
|
Вектор символов или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько ссылочных последовательностей в |
|
Вектор символов или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько функций в |
|
Минимальное количество основных положений, которые аннотация должна перекрыть в области значений, чтобы быть включенной в
Значение по умолчанию: |
|
Объект |
Создайте a GFFAnnotation объект с помощью GFF-отформатированного файла, которому предоставляют Bioinformatics Toolbox™.
GFFAnnotObj = GFFAnnotation('tair8_1.gff');Создайте подмножество данных, содержащих только функции белка.
subsetGFF1 = getSubset(GFFAnnotObj,'Feature','protein')
subsetGFF1 =
GFFAnnotation with properties:
FieldNames: {1x9 cell}
NumEntries: 200Создайте a GFFAnnotation объект с помощью GFF-отформатированного файла, которому предоставляют Bioinformatics Toolbox.
GFFAnnotObj = GFFAnnotation('tair8_1.gff');Получите подмножество данных сначала к пятым элементам GFFAnnotObj.
subsetGFF2 = getSubset(GFFAnnotObj,[1:5])
subsetGFF2 =
GFFAnnotation with properties:
FieldNames: {1x9 cell}
NumEntries: 5Получите только первые, пятые и восьмые элементы GFFAnnotObj.
subsetGFF3 = getSubset(GFFAnnotObj,[1 5 8])
subsetGFF3 =
GFFAnnotation with properties:
FieldNames: {1x9 cell}
NumEntries: 3 getSubset метод выбирает аннотации из диапазона, указанного StartPos и EndPos для всех ссылочных последовательностей в AnnotObj если вы не используете Reference аргумент пары "имя-значение", чтобы ограничить ссылочные последовательности.
После создания объекта из подмножества можно получить доступ к количеству записей, области значений ссылочной последовательности, охваченной аннотациями, именами полей и ссылочными именами. Чтобы получить доступ к значениям всех полей, создайте структуру данных с помощью getData метод.
GTFAnnotation | GFFAnnotation | getData (GFFAnnotation) | getFeatureNames (GFFAnnotation) | getIndex (GFFAnnotation) | getRange (GFFAnnotation) | getReferenceNames (GFFAnnotation) | getSubset (GFFAnnotation)