Exponenta Banner

oligoprop

Вычислите свойства последовательности олигонуклеотида ДНК

Синтаксис

SeqProperties = oligoprop(SeqNT)
SeqProperties = oligoprop(SeqNT, ...'Salt', SaltValue, ...)
SeqProperties = oligoprop(SeqNT, ...'Temp', TempValue, ...)
SeqProperties = oligoprop(SeqNT, ...'Primerconc', PrimerconcValue, ...)
SeqProperties = oligoprop(SeqNT, ...'HPBase', HPBaseValue, ...)
SeqProperties = oligoprop(SeqNT, ...'HPLoop', HPLoopValue, ...)
SeqProperties = oligoprop(SeqNT, ...'Dimerlength', DimerlengthValue, ...)

Входные параметры

SeqNT Последовательность олигонуклеотида ДНК, представленная любым следующим:

  • Вектор символов или строка, содержащая буквы ACGT, или N

  • Вектор из целых чисел, содержащих целые числа 1, 2, 3, 4, или 15

  • Структура, содержащая Sequence поле, которое содержит последовательность нуклеотида

SaltValueЗначение, которое задает соленую концентрацию при родинках/литр для расчетов температуры плавления. Значением по умолчанию является 0.05 родинки/литр.
TempValueЗначение, которое задает температуру, в градусах Цельсия для вычислений ближайшего соседа свободной энергии. Значением по умолчанию является 25 градусы Цельсия.
PrimerconcValueЗначение, которое задает концентрацию при родинках/литр для расчетов температуры плавления. Значением по умолчанию является 50e-6 родинки/литр.
HPBaseValueЗначение, которое задает минимальное количество парных основ, которые формируют шею шпильки. Значением по умолчанию является 4 пары оснований.
HPLoopValueЗначение, которое задает минимальное количество основ, которые формируют цикл шпильки. Значением по умолчанию является 2 основы.
DimerlengthValueЗначение, которое задает минимальное количество выровненных основ между последовательностью и ее реверсом. Значением по умолчанию является 4 основы.

Выходные аргументы

SeqPropertiesСтруктура, содержащая свойства последовательности для олигонуклеотида ДНК.

Описание

SeqProperties = oligoprop(SeqNT) возвращает свойства последовательности для олигонуклеотида ДНК как структура со следующими полями:

Поле Описание
GCСодержимое GC процента для олигонуклеотида ДНК. Неоднозначный N символы в SeqNT как рассматривается, потенциально любой нуклеотид. Если SeqNT содержит неоднозначный N символы, GC значение средней точки, и его неопределенность описывается GCdelta.
GCdeltaРазличие между GC (значение средней точки) и или максимальное или минимальное значение GC мог принять. Максимальные и минимальные значения вычисляются путем принятия всего N символы являются G/C или не G/C, соответственно. Поэтому GCdelta задает возможную область значений содержимого GC.
HairpinsH- длиной (SeqNT) матрица символов, отображающих все потенциальные структуры шпильки для последовательности SeqNT. Каждая строка является потенциальной структурой шпильки последовательности с нуклеотидами формирования шпильки, определяемыми прописными буквами. H количество потенциальных структур шпильки для последовательности. Неоднозначный N символы в SeqNT как рассматривается, потенциально дополняют любой нуклеотид.
Dimers D- длиной (SeqNT) матрица символов, отображающих все потенциальные димеры для последовательности SeqNT. Каждая строка является потенциальным димером последовательности с самодимеризирующимися нуклеотидами, определяемыми прописными буквами. D количество потенциальных димеров для последовательности. Неоднозначный N символы в SeqNT как рассматривается, потенциально дополняют любой нуклеотид.
MolWeightМолекулярная масса олигонуклеотида ДНК. Неоднозначный N символы в SeqNT как рассматривается, потенциально любой нуклеотид. Если SeqNT содержит неоднозначный N символы, MolWeight значение средней точки, и его неопределенность описывается MolWeightdelta.
MolWeightdeltaРазличие между MolWeight (значение средней точки) и или максимальное или минимальное значение MolWeight мог принять. Максимальные и минимальные значения вычисляются путем принятия всего N символами является G или C, соответственно. Поэтому MolWeightdelta задает возможную область значений молекулярной массы для SeqNT.
TmВектор со значениями температуры плавления, в градусах Цельсия, вычисленными шестью различными методами, перечисленными в следующем порядке:

Неоднозначный N символы в SeqNT как рассматривается, потенциально любой нуклеотид. Если SeqNT содержит неоднозначный N символы, Tm значение средней точки, и его неопределенность описывается Tmdelta.

TmdeltaВектор, содержащий различия между Tm (значение средней точки) и или максимальное или минимальное значение Tm мог принять для каждого из этих шести методов. Поэтому Tmdelta задает возможную область значений температур плавления для SeqNT.
Thermo

4- 3 матрица термодинамических вычислений.

Строки соответствуют параметрам ближайшего соседа от:

Столбцы соответствуют:

  • дельта H — Энтальпия в килокалориях на моль, kcal/mol

  • дельта S — Энтропия в калориях на степени родинки Келвин, cal / (K) (молекулярная масса)

  • дельта G — Свободная энергия в килокалориях на моль, kcal/mol

Неоднозначный N символы в SeqNT как рассматривается, потенциально любой нуклеотид. Если SeqNT содержит неоднозначный N символы, Thermo значение средней точки, и его неопределенность описывается Thermodelta.
Thermodelta4- 3 матрица, содержащая различия между Thermo (значение средней точки) и или максимальное или минимальное значение Thermo мог принять для каждого вычисления и метода. Поэтому Thermodelta задает возможную область значений термодинамических значений для SeqNT.

SeqProperties = олигоопора (SeqNTPropertyName ', PropertyValue, ...) вызовы oligoprop с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

SeqProperties = oligoprop(SeqNT, ...'Salt', SaltValue, ...) задает соленую концентрацию при родинках/литр для расчетов температуры плавления. Значением по умолчанию является 0.05 родинки/литр.

SeqProperties = oligoprop(SeqNT, ...'Temp', TempValue, ...) задает температуру, в градусах Цельсия для вычислений ближайшего соседа свободной энергии. Значением по умолчанию является 25 градусы Цельсия.

SeqProperties = oligoprop(SeqNT, ...'Primerconc', PrimerconcValue, ...) задает концентрацию при родинках/литр для температур плавления. Значением по умолчанию является 50e-6 родинки/литр.

SeqProperties = oligoprop(SeqNT, ...'HPBase', HPBaseValue, ...) задает минимальное количество парных основ, которые формируют шею шпильки. Значением по умолчанию является 4 пары оснований.

SeqProperties = oligoprop(SeqNT, ...'HPLoop', HPLoopValue, ...) задает минимальное количество основ, которые формируют цикл шпильки. Значением по умолчанию является 2 основы.

SeqProperties = oligoprop(SeqNT, ...'Dimerlength', DimerlengthValue, ...) задает минимальное количество выровненных основ между последовательностью и ее реверсом. Значением по умолчанию является 4 основы.

Примеры

Пример 46. Вычисление свойств для последовательности ДНК

  1. Создайте случайную последовательность.

    seq = randseq(25)

seq =

TAGCTTCATCGTTGACTTCTACTAA

  2. Вычислите свойства последовательности последовательности.

    S1 = oligoprop(seq)

S1 = 

                GC: 36
           GCdelta: 0
          Hairpins: [0x25 char]
            Dimers: 'tAGCTtcatcgttgacttctactaa'
         MolWeight: 7.5820e+003
    MolWeightdelta: 0
                Tm: [52.7640 60.8629 62.2493 55.2870 54.0293 61.0614]
           Tmdelta: [0 0 0 0 0 0]
            Thermo: [4x3 double]
       Thermodelta: [4x3 double]

  3. Перечислите термодинамические вычисления для последовательности.

    S1.Thermo

ans =

 -178.5000 -477.5700  -36.1125
 -182.1000 -497.8000  -33.6809
 -190.2000 -522.9000  -34.2974
 -191.9000 -516.9000  -37.7863
Пример 47. Вычисление свойств для последовательности ДНК с неоднозначными символами

  1. Вычислите свойства последовательности последовательности ACGTAGAGGACGTN.

    S2 = oligoprop('ACGTAGAGGACGTN')

S2 = 

                GC: 53.5714
           GCdelta: 3.5714
          Hairpins: 'ACGTagaggACGTn'
            Dimers: [3x14 char]
         MolWeight: 4.3329e+003
    MolWeightdelta: 20.0150
                Tm: [38.8357 42.2958 57.7880 52.4180 49.9633 55.1330]
           Tmdelta: [1.4643 1.4643 10.3885 3.4633 0.2829 3.8074]
            Thermo: [4x3 double]
       Thermodelta: [4x3 double]

  2. Перечислите потенциальные димеры для последовательности.

    S2.Dimers

ans =

ACGTagaggacgtn
ACGTagaggACGTn
acgtagagGACGTN

Ссылки

[1] Breslauer, K.J., Франк, R., Blöcker, H. и Marky, Лос-Анджелес (1986). Предсказание устойчивости двойной спирали ДНК от последовательности оснований. Продолжения Национальной Академии наук США 83, 3746–3750.

[2] Чен, S.H., Лин, C.Y., Чо, C.S., Ло, C.Z., и Сюн, C.A. (2003). Ассистент проекта краткой информации (PDA): веб-Design Tool краткой информации. Исследование Нуклеиновых кислот 31 (13), 3751–3754.

[3] Howley, пополудни, Израиль, M.A., Закон, M., и Мартин, M.A. (1979). Быстрый метод для обнаружения и отображения гомологии между несоответствующими ДНК. Оценка полиомавирусных геномов. Журнал Биологической Химии 254 (11), 4876–4883.

[4] Marmur, J., и Гнилой, P. (1962). Определение основного состава дезоксирибонуклеиновой кислоты от ее тепловой температуры денатурации. Журналируйте Молекулярную биологию 5, 109–118.

[5] Панйкович, A. и Мело, F. (2005). Сравнение различных методов расчета температуры плавления для коротких последовательностей ДНК. Биоинформатика 21 (6), 711–722.

[6] SantaLucia младший, J., Аллави, H.T., и Seneviratne, P.A. (1996). Улучшенные параметры ближайшего соседа для предсказания устойчивости двойной спирали ДНК. Биохимия 35, 3555–3562.

[7] SantaLucia младший, J. (1998). Объединенное представление полимера, гантели и ДНК олигонуклеотида термодинамика ближайшего соседа. Продолжения Национальной Академии наук США 95, 1460–1465.

[8] Sugimoto, N., Nakano, S., Yoneyama, M. и Honda, K. (1996). Улучшенные термодинамические параметры и спиральный фактор инициирования, чтобы предсказать устойчивость двойных спиралей ДНК. Исследование Нуклеиновых кислот 24 (22), 4501–4505.

[9] http://www.basic.northwestern.edu/biotools/oligocalc.html для вычислений веса.

Смотрите также

Темы

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка