Exponenta Banner

probesetlookup

Ищите информацию для набора зонда Affymetrix

Синтаксис

PSStruct = probesetlookup(AffyStruct, ID)

Входные параметры

AffyStruct Структура, созданная affyread функция от Affymetrix® Файл CHP или файл библиотеки Affymetrix CDF для испытания выражения.
IDВектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий один или несколько тестовых идентификаторов/имен набора или генных идентификаторов.

Выходные аргументы

PSStructСтруктура или массив структур, содержащих следующие поля для тестового набора:

  • Identifier — Генный ID сопоставлен с тестовым набором

  • ProbeSetName — Тестовый ID/имя набора

  • CDFIndex — Индексируйте в структуру CDF для тестового набора

  • GINIndex — Индексируйте в структуру GIN для тестового набора

  • Description — Описание тестового набора

  • Source — Источник (источники) тестового набора

  • SourceURL — Источник URL для тестового набора

Описание

PSStruct = probesetlookup(AffyStruct, ID) возвращает структуру или массив структур, содержащих информацию для набора зонда Affymetrix, заданного ID, вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий один или несколько тестовых идентификаторов/имен набора или генных идентификаторов, и AffyStruct, структура создается из файла CHP Affymetrix или файла библиотеки Affymetrix CDF для испытания выражения.

Примечание

Эта функция работает с файлами CHP, и CDF-файлы для выражения оценивает только. Это требует, чтобы файл библиотеки GIN сопоставил с файлом CHP или CDF-файлом, который будет расположен в той же папке как файл библиотеки CDF.

Примеры

Следующий пример использует файл библиотеки CDF от E. coli массив Генома Антисмысла, с которого можно загрузить:

https://www.affymetrix.com/support/technical/sample_data/demo_data.affx

Следующий пример принимает что Ecoli_ASv2.CDF файл библиотеки хранится в D:\Affymetrix\LibFiles\Ecoli.

  1. Считайте содержимое файла библиотеки CDF в MATLAB® структура.

    cdfStruct = affyread('D:\Affymetrix\LibFiles\Ecoli\Ecoli_ASv2.CDF');

  2. Ищите генный ID (Identifier) сопоставленный с argG_b3172_at тестовый набор.

    probesetlookup(cdfStruct,'argG_b3172_at')

ans = 

      Identifier: '3315278'
    ProbeSetName: 'argG_b3172_at'
        CDFIndex: 5213
        GINIndex: 3074
     Description: [1x82 char]
          Source: 'NCBI EColi Genome'
       SourceURL: [1x74 char]

Смотрите также

| | | | | |

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка