Выполните дифференциальный анализ выражения данных о количестве RNA-seq
diffTable = rnaseqde(countTable,conditionVariables1,conditionVariables2)countTable и выполняет дифференциальный анализ выражения между условиями (или выборки) в conditionVariables1 и conditionVariables2. Строки countTable представляйте гены (или функции), и столбцы представляют условия. Функция сначала делит каждое условие на фактор размера библиотеки, чтобы нормировать количество до выполнения теста гипотезы. Этот фактор размера равен среднему отношению каждой функции по геометрическому среднему значению функции во всех условиях. Функция использует точный тест, чтобы определить различия между двумя группами количеств, которые каждый приняты, чтобы следовать за отрицательным биномиальным распределением [1].
diffTable = rnaseqde(___,Name=Value)
Используйте данные о количестве RNA-seq, которые состоят из двух биологических, реплицирует управления, которое (необработанные) выборки и два биологических реплицируют (обработанных) выборок сокрушительного удара [6]. Загрузка таблица с чтением значит гены.
load("pasilla_count_noMM.mat","geneCountTable")
Отобразите первые несколько строк таблицы.
head(geneCountTable,10)
ans =
10x6 table
ID Reference untreated3 untreated4 treated2 treated3
_______________ _________ __________ __________ ________ ________
{'FBgn0000003'} {'3R'} 0 1 1 2
{'FBgn0000008'} {'2R'} 142 117 138 132
{'FBgn0000014'} {'3R'} 20 12 10 19
{'FBgn0000015'} {'3R'} 2 4 0 1
{'FBgn0000017'} {'3L'} 6591 5127 4809 6027
{'FBgn0000018'} {'2L'} 469 530 492 574
{'FBgn0000024'} {'3R'} 5 6 10 8
{'FBgn0000028'} {'X' } 0 0 2 1
{'FBgn0000032'} {'3R'} 1160 1143 1138 1415
{'FBgn0000036'} {'3R'} 0 0 0 1
Выполните дифференциальный анализ управления и обработанных выборок с помощью данных о количестве чтения для генов. Укажите, что оба реплицируют для каждого условия. Вход geneCountTable имеет ID столбец. Опционально, можно добавить этот столбец к выходной таблице при помощи IDColumns .
diffTable = rnaseqde(geneCountTable,["untreated3", "untreated4"],... ["treated2", "treated3"],IDColumns="ID"); head(diffTable,5)
ans =
5x6 table
ID Mean1 Mean2 Log2FoldChange PValue AdjustedPValue
_______________ _______ _______ ______________ _________ ______________
{'FBgn0000003'} 0.51415 1.3808 1.4253 1 1
{'FBgn0000008'} 135.9 129.48 -0.069799 0.74585 0.93123
{'FBgn0000014'} 16.838 13.384 -0.33119 0.5874 0.8423
{'FBgn0000015'} 3.1234 0.42413 -2.8806 0.23542 0.58422
{'FBgn0000017'} 6151.8 5117.4 -0.26559 0.0013225 0.013374
Посмотрите на различие в экспрессии гена между двумя условиями путем отображения изменения сгиба log2 для каждого гена.
figure scatter(log2(mean([diffTable.Mean1,diffTable.Mean2], 2)),diffTable.Log2FoldChange,3,diffTable.AdjustedPValue,'o') colormap(flipud(cool(256))) colorbar; ylabel("log2(Fold change)") xlabel("log2(Mean of normalized counts)") title("Fold change by FDR")
Можно также аннотировать значения в графике с соответствующими названиями генов, в интерактивном режиме избранными генами, и экспортировать списки генов в рабочую область.
warnSettings = warning('off','bioinfo:mairplot:ZeroValues'); mairplot(diffTable.Mean2,diffTable.Mean1,Labels=geneCountTable.ID,Type="MA"); set(get(gca,"Xlabel"),"String","mean of normalized counts") set(get(gca,"Ylabel"),"String","log2(fold change)")
warning(warnSettings);
[1] Андерс, Саймон и Вольфганг Хубер. “Дифференциальный Анализ Выражения для Последовательности считает Данные”. Биология генома 11, № 10 (октябрь 2010): R106. https://doi.org/10.1186/gb-2010-11-10-r106.
[2] Робинсон, Марк Д. и Гордон К. Смит. “Оценка небольшой выборки Отрицательной Биномиальной Дисперсии, с Приложениями к Данным SAGE”. Биостатистика 9, № 2 (11 июля 2007): 321–32.
[3] Мариони, J. C. К. Э. Мэйсон, С. М. Мэйн, М. Стивенс и И. Гилад. “RNA-Seq: Оценка Технической Воспроизводимости и Сравнения с Массивами Экспрессии гена”. Исследование генома 18, № 9 (30 июля 2008): 1509–17.
[4] Benjamini, Y. и Hochberg, Y. 1995. Управление ложным уровнем открытия: практический и мощный подход к нескольким тестирование. Закон Ж. Руаяля Soc. 57:289–300.
[5] Ярус, Джон Д. “Прямой Подход к Ложным Уровням Открытия”. Журнал Королевского Статистического Общества: Серии B (Статистическая Методология) 64, № 3 (август 2002): 479–98.
[6] Ручьи, A. N. Л. Янг, М. О. Дафф, К. Д. Хансен, J. W. Припаркуйтесь, С. Дудойт, С. Э. Бреннер и Б. Р. Грэвели. “Сохранение RNA Регулирующая Карта между Дрозофилой и Млекопитающими”. Исследование генома 21, № 2 (1 февраля 2011): 193–202.