Считайте данные из файла SPOT
SPOTData = sptread(File)
SPOTData = sptread(File,
'CleanColNames', CleanColNamesValue)
File | Вектор символов или строка, задающая имя файла, путь и имя файла или URL, указывающий на файл. Файл, на который ссылаются, является отформатированным ПЯТНОМ файлом (текстовый ASCII-файл). Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на MATLAB® путь поиска файлов или в Текущей папке MATLAB. |
CleanColNamesValue | Управляет использованием допустимых имен переменной MATLAB. |
SPOTData = sptread(File)File, отформатированный ПЯТНОМ файл, и создает SPOTData, структура MATLAB, содержащая следующие поля:
Header Data Blocks Columns Rows IDs ColumnNames Indices Shape
управляет использованием допустимых имен переменной MATLAB. Имена столбцов в отформатированном ПЯТНОМ файле содержат периоды и некоторые символы, которые не могут использоваться на имена переменной MATLAB. Если вы планируете использовать имена столбцов в качестве имен переменных в функции, используйте эту опцию с SPOTData = sptread(File,
'CleanColNames', CleanColNamesValue)CleanColNames установите на true и функция возвратит поле ColumnNames с допустимыми именами переменной.
Indices поле структуры включает индексы, которые можно использовать для графического вывода карт тепла данных.
Читайте в демонстрационном файле SPOT и постройте среднюю приоритетную интенсивность для канала на 635 нм. Обратите внимание на то, что файл в качестве примера spotdata.txt не предоставлен программное обеспечение Bioinformatics Toolbox™.
spotStruct = sptread('spotdata.txt')
maimage(spotStruct,'Rmedian');Альтернативно, создайте подобный график с помощью более основных графических команд.
Rmedian = magetfield(spotStruct,'Rmedian'); imagesc(Rmedian(spotStruct.Indices)); colormap bone colorbar
affyread | agferead | celintensityread | geoseriesread | geosoftread | gprread | ilmnbsread | imageneread | maboxplot | magetfield