Exponenta Banner

sptread

Считайте данные из файла SPOT

Синтаксис

SPOTData = sptread(File)
SPOTData = sptread(File, 'CleanColNames', CleanColNamesValue)

Аргументы

File

Вектор символов или строка, задающая имя файла, путь и имя файла или URL, указывающий на файл. Файл, на который ссылаются, является отформатированным ПЯТНОМ файлом (текстовый ASCII-файл). Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на MATLAB® путь поиска файлов или в Текущей папке MATLAB.

CleanColNamesValue

Управляет использованием допустимых имен переменной MATLAB.

Описание

SPOTData = sptread(File) чтения File, отформатированный ПЯТНОМ файл, и создает SPOTData, структура MATLAB, содержащая следующие поля:

Header
Data
Blocks
Columns
Rows
IDs
ColumnNames
Indices
Shape

SPOTData = sptread(File, 'CleanColNames', CleanColNamesValue) управляет использованием допустимых имен переменной MATLAB. Имена столбцов в отформатированном ПЯТНОМ файле содержат периоды и некоторые символы, которые не могут использоваться на имена переменной MATLAB. Если вы планируете использовать имена столбцов в качестве имен переменных в функции, используйте эту опцию с CleanColNames установите на true и функция возвратит поле ColumnNames с допустимыми именами переменной.

Indices поле структуры включает индексы, которые можно использовать для графического вывода карт тепла данных.

Примеры

  1. Читайте в демонстрационном файле SPOT и постройте среднюю приоритетную интенсивность для канала на 635 нм. Обратите внимание на то, что файл в качестве примера spotdata.txt не предоставлен программное обеспечение Bioinformatics Toolbox™.

    spotStruct = sptread('spotdata.txt')
maimage(spotStruct,'Rmedian');

  2. Альтернативно, создайте подобный график с помощью более основных графических команд.

    Rmedian = magetfield(spotStruct,'Rmedian');
imagesc(Rmedian(spotStruct.Indices));
colormap bone
colorbar

Смотрите также

| | | | | | | | |

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка