weights (phytree)

Вычислите веса для филогенетического дерева

Синтаксис

W = weights(Tree)

Аргументы

Tree

Филогенетическое дерево (phytree объект) созданный с функцией phytree.

Описание

W = weights(Tree) вычисляет ветвь пропорциональные веса для каждого листа в дереве (Tree) использование метода Томпсона-Хиггинса-Гибсона. Расстояние каждого сегмента дерева настроено путем деления его количеством листов, которые это содержит. Веса последовательности являются результатом нормализации к единице новые принадлежащие отцам церкви расстояния между каждым листом и корнем.

Примеры

  1. Создайте ультраметрическое дерево с заданными расстояниями ветви.

    bd = [1 2 3]';
    tr_1 = phytree([1 2;3 4;5 6],bd)
  2. Просмотрите дерево.

    view(tr_1)

  3. Отобразите расчетные веса.

    weights(tr_1)
    
    ans =
    
        1.0000
        1.0000
        0.8000
        0.8000

Ссылки

[1] Томпсон ДЖД, Хиггинс ДГ, Гибсон ТДЖ (1994), "CLUSTAL W: Улучшение чувствительности прогрессивных несколько упорядочивают выравнивание посредством взвешивания последовательности, специфичных для положения штрафов разрыва и матричного выбора веса", Исследование Нуклеиновых кислот, 22 (22):4673-4680.

[2] Хеникофф С, Хеникофф ДЖГ (1994), “Основанные на положении веса последовательности”, Молекулярная биология Журнала, 243 (4):574-578.

Смотрите также

| | |

Представлено до R2006a
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте