Exponenta Banner

align2cigar

Преобразуйте выровненные последовательности в соответствующие подписи в формате CIGAR

свернуть все на странице

Синтаксис

[Cigars,Starts] = align2cigar(Alignment,Ref)

Описание

[Cigars,Starts] = align2cigar(Alignment,Ref) преобразует выровненные последовательности, представленные в Alignment, массив ячеек выровненных векторов символов, представьте в виде строки вектор или символьный массив, в Cigars, массив ячеек соответствующих отформатированных СИГАРОЙ векторов символов или вектора строки, с помощью ссылочной последовательности задан Ref, вектор символов или строка. Это также возвращает Starts, вектор из целых чисел, указывающих на положение запуска каждой выровненной последовательности относительно несодержащей разрывы ссылочной последовательности.

Входные параметры

Alignment

Массив ячеек вектора символов, представьте в виде строки вектор или символьный массив, представляющий выровненные последовательности. Мягкие усечения приняты, чтобы быть представленными строчными буквами в выровненных последовательностях. Пропущенные положения приняты, чтобы быть представленными. в выровненных последовательностях.

Ref

Вектор символов или строка, задающая выровненную ссылочную последовательность. Длина Ref должен равняться количеству столбцов в Alignment.

Выходные аргументы

Cigars

Массив ячеек отформатированных СИГАРОЙ векторов символов или вектора строки, соответствующего каждой выровненной последовательности в Alignment.

Starts

Вектор из целых чисел, указывающих на положение запуска каждой выровненной последовательности относительно несодержащей разрывы ссылочной последовательности.

Примеры

свернуть все

Скрипт Open Live Script

В этом примере показано, как преобразовать выровненные строки в строки CIGAR

Создайте массив ячеек выровненных строк, создайте строку, задающую ссылочную последовательность, и затем преобразуйте выравнивание в строки CIGAR:

aln = ['ACG-ATGC'; 'ACGT-TGC'; '  GTAT-C']
aln = 3x8 char array
    'ACG-ATGC'
    'ACGT-TGC'
    '  GTAT-C'


ref =  'ACGTATGC';
[cigar, start] = align2cigar(aln, ref)
cigar = 1x3 cell
    {'3=1D4='}    {'4=1D3='}    {'4=1D1='}


start = 1×3

     1     1     3

Смотрите также

| | | | |

Темы

Внешние веб-сайты

Представленный в R2010b

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка