Класс: BioMap
Возвратите покрытие выравнивания основы основой ссылочной последовательности в BioMap объект
Cov = getBaseCoverage(BioObj, StartPos, EndPos)
Cov = getBaseCoverage(BioObj, StartPos, EndPos, R)
Cov = getBaseCoverage(..., Name,Value)
[Cov, BinStart]
= getBaseCoverage(...)
Cov = getBaseCoverage(BioObj, StartPos, EndPos)Cov, вектор-строка из неотрицательных целых чисел. Этот вектор указывает на покрытие выравнивания основы основой области значений или набор областей значений в ссылочной последовательности в BioObjA BioMap объект. Область значений или набор областей значений заданы StartPos и EndPosstartPos и EndPos могут быть два неотрицательных целых числа, таким образом что StartPos меньше EndPos, и оба целых числа меньше, чем длина ссылочной последовательности. StartPos и EndPos могут также быть два вектор-столбца, представляющие набор областей значений (наложение или сегментированный). Когда StartPos и EndPos укажите сегментированный диапазон, Cov содержит NaN значения для основных положений между сегментами.
Cov = getBaseCoverage(BioObj, StartPos, EndPos, R)getBaseCoverage вычисляет покрытие.
Cov = getBaseCoverage(..., Name,Value)Name,Value парные аргументы.
[ возвращает Cov, BinStart]
= getBaseCoverage(...)BinStart, вектор-строка из положительных целых чисел, задающих положение запуска каждого интервала (когда раскладывание происходит).
|
Объект |
|
Любое из следующего:
|
|
Любое из следующего:
|
|
Положительное целое число, индексирующее |
Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value аргументы. Name имя аргумента и Value соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.
|
Положительное целое число, задающее ширину интервала, в количестве пар оснований (BP). Интервалы сосредоточены в течение Примечание Вы не можете задать оба |
|
Положительное целое число, задающее количество интервалов равной ширины, чтобы использовать, чтобы охватить требуемую область. Интервалы сосредоточены в течение Примечание Вы не можете задать оба |
|
Вектор символов или строка, задающая алгоритм раскладывания. Выбор:
Значение по умолчанию: |
|
Задает, возвратить ли покрытие выравнивания для основных положений между сегментами, вместо в сегментах. Если По умолчанию: false |
|
Логическое определение, соединены ли короткие чтения во время отображения (как в mRNA к геному, сопоставляющем). N символы в По умолчанию: false |
|
Вектор-строка из неотрицательных целых чисел. Этот вектор задает количество последовательностей чтения, которые выравниваются с каждым основным положением или интервалом в требуемых областях. Набор областей значений может перекрываться или сегментированный. Для области значений, длины |
|
Вектор-строка из положительных целых чисел, задающих положение запуска каждого интервала. |
Создайте a BioMap объект, и затем возвращает покрытие выравнивания каждого из первых 12 основных положений ссылочной последовательности:
% Construct a BioMap object from a SAM file
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
% Return the number of reads that align to each of
% the first 12 base positions of the reference sequence
cov = getBaseCoverage(BMObj1, 1, 12)cov =
1 1 2 2 3 4 4 4 5 5 5 5Создайте a BioMap объект, и затем возвращает покрытие выравнивания области значений между 1 и 1000, на базисе интервала интервалом, с помощью интервалов с шириной 100 BP:
% Construct a BioMap object from a SAM file
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
% Return the number of reads that align to each 100-bp bin
% in the 1:1000 range of the reference sequence. Also return the
% start position of each bin
[cov, bin_starts] = getBaseCoverage(BMObj1, 1, 1000, 'binWidth', 100)
cov =
17 20 41 44 45 48 48 45 46 42
bin_starts =
1 101 201 301 401 501 601 701 801 901BioMap | getCounts | getIndex | getAlignment | getCompactAlignment | align2cigar | cigar2align