Класс: BioMap
Создайте компактное выравнивание, представленное в BioMap объект
CompAlignment = getCompactAlignment(BioObj, StartPos, EndPos)
CompAlignment = getCompactAlignment(BioObj, StartPos, EndPos, R)
CompAlignment = getCompactAlignment(...,
'ParameterName', ParameterValue)
[CompAlignment, Indices]
= getCompactAlignment(...)
[CompAlignment, Indices, Rows]
= getCompactAlignment(...)
CompAlignment = getCompactAlignment(BioObj, StartPos, EndPos)CompAlignment, символьный массив, содержащий выровненные последовательности чтения от BioObjA BioMap объект, в компактном формате. Последовательности чтения должны выровняться в определенной области ссылочной последовательности, которая задана StartPos и EndPos, два положительных целых числа, таким образом, что StartPos меньше EndPos, и оба меньше, чем длина ссылочной последовательности.
CompAlignment = getCompactAlignment(BioObj, StartPos, EndPos, R)getCompactAlignment восстанавливает выравнивание.
CompAlignment = getCompactAlignment(...,
'ParameterName', ParameterValue)ParameterName в одинарных кавычках.
[ возвращает CompAlignment, Indices]
= getCompactAlignment(...)Indices, вектор из индексов, задающих последовательности чтения, которые выравниваются в определенной области ссылочной последовательности.
[ возвращает CompAlignment, Indices, Rows]
= getCompactAlignment(...)Rows, вектор из положительных чисел, задающих строку в CompAlignment где каждая последовательность чтения лучше всего отображена.
|
Объект |
|
Положительное целое число, которое задает запуск области ссылочной последовательности. |
|
Положительное целое число, которое задает конец области ссылочной последовательности. |
|
Положительное целое число, индексирующее |
|
Задает, включать ли только последовательности чтения, которые полностью выравниваются с заданной областью ссылочной последовательности, то есть, они полностью содержатся в области и не расширяют вне области. Выбором является По умолчанию: false |
|
Задает, обрезать ли пустые начальные и конечные столбцы от выравнивания. Выбором является По умолчанию: false |
|
Символьный массив, содержащий выровненные последовательности чтения от |
|
Вектор из индексов, задающих последовательности чтения от |
|
Вектор из положительных чисел, задающих строку в |
Создайте a BioMap объект, и затем создает компактное выравнивание между положениями 30 и 59 ссылочной последовательности:
% Construct a BioMap object from a SAM file
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
% Construct the compact alignment between positions 30 and 59 of
% the reference sequence, and return the indices of the reads in the
% compact alignment, as well as the row each read is in.
[CompAlignment, Ind, Row] = getCompactAlignment(BMObj1, 30, 59)CompAlignment =
TAACTCG GCCCAGCATTAGGGAGC
TAACTCGT CATTAGGGAGC
TAACTCGTCC ATTAGGGAGC
TAACTCTTCTCT TTAGGGAGC
TAACTCGTCCATGG TAGGGAGC
TAACTCGTCCCTGGCCCA C
TAACTCGTCCATGGCCCAG
TAACTCGTCCATTGCCCAGC
TAACTCGTCCATGGCCCAGCATT
TAACTCGTCCATGGCCCAGCATTTGGG
TAACTCGTCCATGGCCCAGCATTAGGG
TAACTCGTCCATGGCCCAGCATTAGGGAGC
TAACTCGTCCATGGCCCAGCATTAGGGATC
TAACTCGTCCATGGCCCAGCATTAGGGAGC
AACTCGTCCATGGCCCAGCATTAGGGAGC
GTACATGGCCCAGCATTAGGGAGC
TCCATGGCCCAGCATTAGGGCGC
Ind =
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
Row =
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
1
2
3
4
5
6getCompactAlignment принимает, что ссылочная последовательность не имеет никаких разрывов. Поэтому положения в чтениях, соответствующих вставкам (I) и дополняющих (P), не появляются в выравнивании.
Поскольку мягкие отсеченные положения (S) не сопоставлены с положениями, которые выравниваются к ссылочной последовательности, они не появляются в выравнивании.
Пропущенное положение (N) появляется как - (дефис) в выравнивании.
Трудно отсеченные положения (H) не появляются в последовательностях или выравнивании.