bamsort

Сортировка файлов BAM

свернуть все на странице

Синтаксис

sortedFile = bamsort(inFile)
bamsort(inFile,outFile)

Описание

пример

sortedFile = bamsort(inFile) сортирует файл BAM inFile и возвращает имя отсортированного файла BAM sortedFile. Функциональные виды записи выравнивания ссылочной последовательностью называют сначала, и затем положением в ссылке.

пример

bamsort(inFile,outFile) виды inFile и производит отсортированный файл с именем BAM outFile.

Примеры

свернуть все

Скрипт Open Live Script

Сортировка демонстрационного файла BAM. Отсортированный файл имеет то же базовое имя как входной файл, но с дополнительным ".sorted.bam". По умолчанию отсортированный файл сохранен в текущем каталоге.

sortedFile = bamsort("ex1.bam")
sortedFile = 
"ex1.sorted.bam"

Можно поменять имя выходного файла путем определения его как второго входа.

bamsort("ex1.bam","sortedEx1.bam")
ans = 
"sortedEx1.bam"

Можно также сохранить выходной файл в существующую директорию путем предоставления информации о пути к файлу. 

mkdir("./OutputEx1BAM");
bamsort("ex1.bam","./OutputEx1BAM/sortedEx1.bam")
ans = 
"./OutputEx1BAM/sortedEx1.bam"

Входные параметры

свернуть все

Имя файла входа BAM к виду в виде строки или вектора символов. Можно задать имя файла или путь и имя файла. Имя файла должно иметь дополнительный .bam.

Пример: "./InputData/ex1.bam"

Типы данных: char | string

Имя файла выхода BAM в виде строки или вектора символов. Можно задать имя файла или путь и имя файла. Имя файла должно иметь дополнительный .bam. Файл сохранен в текущем каталоге по умолчанию, если вы не указываете информацию пути. Если вы задаете путь к файлу, перечисленные директории должны существовать, прежде чем вы запустите функцию.

Пример: "./OutputData/ex1Sorted.bam"

Типы данных: char | string

Выходные аргументы

свернуть все

Имя файла выхода BAM, возвращенного как строка. sortedFile имеет то же базовое имя как inFile но с дополнительным .sorted.bam. Файл сохранен в текущем каталоге по умолчанию.

Смотрите также

| | | |

Темы

Внешние веб-сайты

Введенный в R2019b

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте