samsort

Сортировка файлов SAM

свернуть все на странице

Синтаксис

sortedFile = samsort(inFile)
samsort(inFile,outFile)

Описание

пример

sortedFile = samsort(inFile) сортирует файл SAM inFile и возвращает имя отсортированного файла SAM sortedFile. Функциональные виды записи выравнивания ссылочной последовательностью называют сначала, и затем положением в ссылке.

пример

samsort(inFile,outFile) виды inFile и производит отсортированный файл с именем SAM outFile.

Примеры

свернуть все

Скрипт Open Live Script

Сортировка демонстрационного файла SAM. Отсортированный файл имеет то же базовое имя как входной файл, но с дополнительным ".sorted.sam". По умолчанию отсортированный файл сохранен в текущем каталоге.

sortedFile = samsort("ex1.sam")
sortedFile = 
"ex1.sorted.sam"

Можно поменять имя выходного файла путем определения его как второго входа.

samsort("ex1.sam","sortedEx1.sam")
ans = 
"sortedEx1.sam"

Можно также сохранить выходной файл в существующую директорию путем предоставления информации о пути к файлу. 

mkdir("./OutputEx1SAM");
samsort("ex1.sam","./OutputEx1SAM/sortedEx1.sam")
ans = 
"./OutputEx1SAM/sortedEx1.sam"

Входные параметры

свернуть все

Имя файла входа SAM к виду в виде строки или вектора символов. Можно задать имя файла или путь и имя файла. Имя файла должно иметь дополнительный .sam.

Пример: "./InputData/ex1.sam"

Типы данных: char | string

Имя файла выхода SAM в виде строки или вектора символов. Можно задать имя файла или путь и имя файла. Имя файла должно иметь дополнительный .sam. Файл сохранен в текущем каталоге по умолчанию, если вы не указываете информацию пути. Если вы задаете путь к файлу, перечисленные директории должны существовать, прежде чем вы запустите функцию.

Пример: "./OutputData/ex1Sorted.sam"

Типы данных: char | string

Выходные аргументы

свернуть все

Имя файла выхода SAM, возвращенного как строка. sortedFile имеет то же базовое имя как inFile но с дополнительным .sorted.sam. Файл сохранен в текущем каталоге по умолчанию.

Смотрите также

| | | |

Темы

Внешние веб-сайты

Введенный в R2019b

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте